Articulo de referencia

Fibrobacterota

{{cite journal | vauthors = Oren A, Garrity GM | title = Valid publication of the names of forty-two phyla of prokaryotes | journal = Int J Syst Evol Microbiol | year = 2021 | v...

Fibrobacterota es un pequeño filo bacteriano que incluye muchas de las principales bacterias del rumen , lo que permite la degradación de la celulosa vegetal en los rumiantes . Los miembros de este filo se clasificaron en otros filos. El género Fibrobacter se separó del género Bacteroides en 1988. [ 2 ]

Filogenia y estudios genómicos comparativos

Aunque Fibrobacterota se reconoce actualmente como un filo distinto, los estudios filogenéticos basados ​​en las secuencias de las proteínas RpoC y Gyrase B indican que Fibrobacter succinogenes está estrechamente relacionado con las especies de los filos Bacteroidetes y Chlorobi . [ 3 ] Las especies de estos tres filos también se ramifican en la misma posición según indels característicos conservados en varias proteínas importantes. [ 4 ] Por último, y lo más importante, los estudios genómicos comparativos han identificado dos indels característicos conservados (una inserción de 5-7 aminoácidos en la proteína RpoC y una inserción de 13-16 aminoácidos en la serina hidroximetiltransferasa ) y una proteína característica (PG00081) que son compartidas exclusivamente por todas las especies de estos tres filos. [ 5 ] Todos estos resultados proporcionan evidencia convincente de que las especies de estos tres filos compartieron un ancestro común exclusivo de todas las demás bacterias y se ha propuesto que todas deberían ser reconocidas como parte de un único superfilo “FCB”. [ 3 ] [ 5 ]

Filogenia

Filogenia de Fibrobacterota.

Taxonomía

La taxonomía actualmente aceptada se basa en la Lista de nombres procariotas con estatus en la nomenclatura (LSPN) [ 12 ] y el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI). [ 13 ]

El filo Fibrobacterota y algunos de sus vecinos filogenéticos
  • Clase Chitinispirillia Sorokin et al. 2016
  • Clase Chitinivibrionia Sorokin et al. 2014
  • Clase Fibrobacteria España et al. 2012
    • Orden Fibrobacterales Spain et al. 2012 ["Fibromonadales" Abdul Rahman et al. 2016 ]
      • Familia Fibrobacteraceae Spain et al. 2012 [Fibromonadaceae" Abdul Rahman et al. 2016 ]
        • Género Fibrobacter Montgomery et al. 1988
          • Especie F. intestinalis Montgomery et al. 1988
          • Especie F. succinogenes (Hungate 1950) Montgomery et al. 1988
            • Subespecie F. s. elongatus Montgomery et al. 1988
            • Subespecie F. s. succinogenes (Hungate 1950) Montgomery et al. 1988
        • Género " Candidatus Fibromonas " Abdul Rahman et al. 2016
          • Especie " Ca. F. termitidis" Abdul Rahman et al. 2016
        • Género " Hallerella " Wylensek et al. 2020
          • Especie " H. porci " Wylensek et al. 2021
          • Especie " H. succinigenes " Wylensek et al. 2020

Distribución

El filo Fibrobacterota se considera estrechamente relacionado con el CFB [Cytophaga-Flavibacterium-Bacteroidota]. [ 5 ] Contiene el género Fibrobacter , que tiene cepas presentes en los intestinos de muchos mamíferos, incluidos el ganado vacuno y los cerdos. [ 14 ] Las dos especies descritas en este género, a saber, Fibrobacter succinogenes y Fibrobacter intestinalis, son miembros importantes de las comunidades fibrolíticas en los intestinos de los mamíferos y han recibido mucha atención en las últimas décadas debido al interés de larga data en los microbios capaces de degradar la fibra vegetal.

La evidencia molecular basada en la amplificación de genes de ARNr 16 de diversos entornos sugiere que el filo está mucho más extendido de lo que se pensaba anteriormente. [ 15 ] [ 16 ] La mayoría de los clones de entornos de mamíferos se agrupan junto con los aislados conocidos en lo que se ha denominado subfilo 1. [ 16 ] Sin embargo, los miembros del subfilo 2 se han encontrado hasta ahora solo en el intestino de las termitas. [ 16 ] [ 17 ] y en algunas cucarachas que se alimentan de hojarasca. [ 18 ] El predominio del subfilo 2 en las comunidades bacterianas asociadas a fibras celulolíticas en el intestino posterior de Nasutitermes corniger, que se alimenta de madera, sugiere que desempeñan un papel importante en la descomposición de la materia vegetal en las termitas superiores. [ 19 ]

Véase también

Referencias

  1. Oren A, Garrity GM (2021). "Publicación válida de los nombres de cuarenta y dos filos de procariotas" . Int J Syst Evol Microbiol . 71 (10): 5056. doi : 10.1099/ijsem.0.005056 . PMID 34694987. S2CID 239887308 .  
  2. Montgomery L, Flesher B, Stahl D (1988). "Transferencia de Bacteroides succinogenes (Hungate) a Fibrobacter gen. nov. como Fibrobacter succinogenes comb. nov. y descripción de Fibrobacter intestinalis sp. nov." . Int. J. Syst. Bacteriol . 38 (4): 430– 435. doi : 10.1099/00207713-38-4-430 .
  3. 1 2 Gupta, RS (2004). "La filogenia y las secuencias características de Fibrobacteres, Chlorobi y Bacteroidetes". Critical Reviews in Microbiology . 30 (2): 123– 140. doi : 10.1080/10408410490435133 . PMID 15239383 . S2CID 24565648 .  
  4. Griffiths, E; Gupta, RS (2001). "El uso de secuencias características en diferentes proteínas para determinar el orden de ramificación relativo de las divisiones bacterianas: evidencia de que Fibrobacter divergió en un momento similar a Chlamydia y la división Cytophaga-Flavobacterium-Bacteroides" . Microbiology . 147 (9): 2611–22 . doi : 10.1099/00221287-147-9-2611 . PMID 11535801 . 
  5. 1 2 3 Gupta, RS; Lorenzini, E. (2007). "Filogenia y firmas moleculares (proteínas conservadas e inserciones/deleciones) que son específicas de las especies Bacteroidetes y Chlorobi" . BMC Evolutionary Biology . 7 : 71. doi : 10.1186/1471-2148-7-71 . PMC 1887533. PMID 17488508 .  
  6. "El LTP" . Consultado el 10 de diciembre de 2024 .
  7. "Árbol LTP_all en formato newick" . Consultado el 10 de diciembre de 2024 .
  8. "Notas de la versión LTP_10_2024" (PDF) . Consultado el 10 de diciembre de 2024 .
  9. "GTDB versión 09-RS220" . Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 10 de mayo de 2024 .
  10. "bac120_r220.sp_labels" . Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 10 de mayo de 2024 .
  11. "Historial de taxones" . Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 10 de mayo de 2024 .
  12. Fibrobacterota en LPSN ; Freese, HM; Meier-Kolthoff, JP; Sardà Carbasse, J.; Afolayan, AO; Göker, M. (29 de octubre de 2025). "TYGS y LPSN en 2025: un recurso global de datos biológicos básicos para la clasificación y nomenclatura basadas en el genoma de procariotas dentro de la Diversidad Digital de DSMZ". Nucleic Acids Research . 53 : D1– D12. doi : 10.1093/nar/gkaf1110 .
  13. Schoch CL; et al. "Fibrobacterota" . Base de datos taxonómica del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) . Consultado el 5 de junio de 2025 . 
  14. Qi, M.; Nelson, KE; Daugherty, SC; Nelson, WC; Hance, IR; Morrison, M.; Forsberg, CW (2005). "Características moleculares novedosas de la bacteria intestinal fibrolítica Fibrobacter intestinalis que no se comparten con Fibrobacter succinogenes , determinadas mediante hibridación sustractiva supresora" . Journal of Bacteriology . 187 (11): 3739– 3751. doi : 10.1128/jb.187.11.3739-3751.2005 . PMC 1112041. PMID 15901698 .  
  15. McDonald, JE; Lockhart, RJ; Cox, MJ; Allison, HE; ​​McCarthy, AJ (2008). "Detección de nuevas poblaciones de Fibrobacter en vertederos y determinación de su abundancia relativa mediante PCR cuantitativa". Environmental Microbiology . 10 (5): 1310– 1319. doi : 10.1111/j.1462-2920.2007.01544.x . PMID 18266756 . 
  16. 1 2 3 Hongoh, Y.; Deevong, P.; Hattori, S.; Inoue, T.; Noda, S.; Noparatnaraporn, N.; Kudo, T.; Ohkuma, M. (2006). "Diversidad filogenética, localización y morfologías celulares de miembros del filo candidato TG3 y un subfilo en el filo Fibrobacteres , grupos bacterianos recientemente descubiertos dominantes en intestinos de termitas" . Microbiología Aplicada y Ambiental . 72 (10): 6780– 6788. Bibcode : 2006ApEnM..72.6780H . doi : 10.1128/aem.00891-06 . PMC 1610327. PMID 17021231 .  
  17. Mikaelyan, A.; Dietrich, C.; Köhler, T.; Poulsen, M.; Sillam-Dussès, D.; Brune, A. (2015). "La dieta es el principal determinante de la estructura de la comunidad bacteriana en el intestino de las termitas superiores". Molecular Ecology . 24 (20): 5824– 5895. doi : 10.1111/mec.13376 . PMID 26348261 . S2CID 206182668 .  
  18. Mikaelyan, A.; Köhler, T.; Lampert, N.; Rohland, J.; Boga, H.; Meuser, K.; Brune, A. (2015). "Clasificación de la microbiota intestinal bacteriana de termitas y cucarachas: una base de datos de referencia filogenética curada (DictDb)". Systematic and Applied Microbiology . 38 (7): 472– 482. doi : 10.1016/j.syapm.2015.07.004 . PMID 26283320 . 
  19. Mikaelyan, A.; Strassert, J.; Tokuda, G.; Brune, A. (2014). "La comunidad bacteriana celulolítica asociada a la fibra en el intestino posterior de termitas superiores que se alimentan de madera (Nasutitermes spp.)". Environmental Microbiology . 16 (9): 2711– 2722. doi : 10.1111/1462-2920.12425 .
  • Holt JG, ed. (1994). Manual de bacteriología determinativa de Bergey (9.ª  ed.). Williams & Wilkins. ISBN 978-0-683-00603-2.
  • Lista de nombres procariotas con estatus en la nomenclatura - Género Fibrobacter
  • Clasificación de Systema Naturae 2000: Filo Fibrobacteres. Archivado el 14 de marzo de 2006 en Wayback Machine.