Estudio de descubrimiento

Discovery Studio es un conjunto de programas para simular sistemas de moléculas pequeñas y macromoléculas . Lo desarrolla y distribuye Dassault Systemes BIOVIA ^[1] (anteriormente Accelrys).

La suite de productos cuenta con un sólido programa de colaboración académica, ^[2] apoya la investigación científica y hace uso de una serie de algoritmos de software desarrollados originalmente en la comunidad científica, incluidos CHARMM , ^[3] MODELLER , ^[4] DELPHI , ^[5] ZDOCK, ^[6] DMol3 ^[7]^[8] y más.

Alcance

Discovery Studio ofrece aplicaciones de software que cubren las siguientes áreas:

Simulaciones
- Incluyendo mecánica molecular , dinámica molecular y mecánica cuántica.
- Para simulaciones basadas en mecánica molecular: incluya modelos de solventes y modelos de membrana implícitos y explícitos
- También incluye la capacidad de realizar cálculos híbridos QM/MM.
Diseño de ligando
- Incluye herramientas para enumerar bibliotecas moleculares y optimizar bibliotecas.
Modelado de farmacóforos
- Incluyendo creación, validación y selección virtual ^[9]^[10]
Diseño basado en la estructura
- Incluye herramientas para la colocación y refinamiento basados en fragmentos , ^[11] acoplamiento receptor-ligando y refinamiento de la postura, diseño de novo
Diseño y validación de macromoléculas
Ingeniería de macromoléculas
- Herramientas especializadas para el acoplamiento proteína-proteína ^[12]
- Herramientas especializadas para el diseño de anticuerpos ^[13] y su optimización
- Herramientas especializadas para proteínas unidas a la membrana , incluidos los GPCR
QSAR
- Abarca métodos como regresión lineal múltiple , mínimos cuadrados parciales , particionamiento recursivo , aproximación de funciones genéticas y QSAR basado en campos 3D.
AdmE
Toxicidad predictiva

Véase también

Referencias

^ https://www.3dsbiovia.com/ ^{[ URL básica ]}
^ http://accelrys.com/innovation/academic-collaborator-program/ ^{[ URL básica ]}
^ Brooks BR, Brooks III CL, Mackerell AD, Nilsson L., Petrella RJ, Roux B., Won Y., Archontis G., Bartels C., Boresch S., Caflisch A., Caves L., Cui Q., Dinner AR, Feig M., Fischer S., Gao J., Hodoscek M., Im W., Kuczera K., Lazaridis T., Ma J., Ovchinnikov V., Paci E., Pastor RW, Post CB, Pu JZ, Schaefer M., Tidor B., Venable RM, Woodcock HL, Wu X., Yang W., York DM y Karplus M. CHARMM: El programa de simulación biomolecular, J. Comput. Chem. 2009 , 30, 1545-1615.
^ Eswar N., Marti-Renom MA, Webb B., Madhusudhan MS, Eramian D., Shen M., Pieper U., Sali A. Modelado comparativo de la estructura de proteínas con MODELLER. Protocolos actuales en bioinformática, John Wiley & Sons, Inc. , 2006 , Suplemento 15, 5.6.1-5.6.30.
^ W. Rocchia, E. Alexov y B. Honig. Ampliación de la aplicabilidad de la ecuación no lineal de Poisson-Boltzmann: constantes dieléctricas múltiples e iones multivalentes. J. Phys. Chem. B , 2001 , 105, 6507-6514.
^ Chen R., Weng Z. ZDOCK: Un algoritmo de acoplamiento de proteínas en etapa inicial. Proteins 2003 , 52, 80-87.
^ Matsuzawa N., Seto J., Dixon D. A., J. Phys. Chem. A , 1997 , 101, 9391.
^ Delley Bi, J. Chem. Física. , 1990 , 92, 508; ibídem, 1991, 94, 7245; ibídem, 2000, 7756.
^ Sutter A., Jiabo L., Maynard AJ, Goupil A., Luu T., Katalin N., Nuevas características que mejoran las herramientas de farmacóforo de Accelrys
^ Luu T., Malcolm N., Nadassy K., Métodos de modelado de farmacóforos en la selección de bibliotecas enfocadas: aplicaciones en el contexto de un nuevo esquema de clasificación, Comb. Chem. & High Thr. Screening , 2011 , 14(6), págs. 488-499(12)
^ Haider MK, Bertrand H.-O., Hubbard RE, Predicción de posiciones de unión de fragmentos utilizando un enfoque combinado MCSS MM-GBSA, J. Chem. Inf. Model. , 2011 , 51 (5), págs. 1092–1105
^ Corradia V., Mancinib M, Santuccib MA, Carlomagnoc T., Sanfelicec D., Moria M., Vignarolia G., Falchia F., Manettia F., Radia M., Botta M., Las técnicas computacionales son herramientas valiosas para el descubrimiento de inhibidores de la interacción proteína-proteína: el caso 14-3-3σ
^ Almagro JC, Beavers MP, Hernandez-Guzman F., Maier J., Shaulsky J., Butenhof K., Labute P., Thorsteinson N., Kelly K., Teplyakov A., Luo J., Sweet R., Gilliland GL, Evaluación de modelado de anticuerpos, Proteínas: estructura, función y bioinformática , 2011 , 79(11), páginas 3050–3066.

Enlaces externos

Accelrys.com
Estudio de descubrimiento
Herramientas de software libre de apoyo: Discovery Studio Visualizer y controles ActiveX

Artículos de noticias recientes

Artículo de BioIT World News sobre Discovery Studio
BioInform (Web Genómica)

[1] ttps://www.3dsbiovia.com/ ^{[ URL básica ]}

[2] ttp://accelrys.com/innovation/academic-collaborator-program/ ^{[ URL básica ]}

[3] Brooks BR, Brooks III CL, Mackerell AD, Nilsson L., Petrella RJ, Roux B., Won Y., Archontis G., Bartels C., Boresch S., Caflisch A., Caves L., Cui Q., Dinner AR, Feig M., Fischer S., Gao J., Hodoscek M., Im W., Kuczera K., Lazaridis T., Ma J., Ovchinnikov V., Paci E., Pastor RW, Post CB, Pu JZ, Schaefer M., Tidor B., Venable RM, Woodcock HL, Wu X., Yang W., York DM y Karplus M. CHARMM: El programa de simulación biomolecular, J. Comput. Chem. 2009 , 30, 1545-1615.

[4] Eswar N., Marti-Renom MA, Webb B., Madhusudhan MS, Eramian D., Shen M., Pieper U., Sali A. Modelado comparativo de la estructura de proteínas con MODELLER. Protocolos actuales en bioinformática, John Wiley & Sons, Inc. , 2006 , Suplemento 15, 5.6.1-5.6.30.

[5] W. Rocchia, E. Alexov y B. Honig. Ampliación de la aplicabilidad de la ecuación no lineal de Poisson-Boltzmann: constantes dieléctricas múltiples e iones multivalentes. J. Phys. Chem. B , 2001 , 105, 6507-6514.

[6] Chen R., Weng Z. ZDOCK: Un algoritmo de acoplamiento de proteínas en etapa inicial. Proteins 2003 , 52, 80-87.

[7] Matsuzawa N., Seto J., Dixon D. A., J. Phys. Chem. A , 1997 , 101, 9391.

[8] Delley Bi, J. Chem. Física. , 1990 , 92, 508; ibídem, 1991, 94, 7245; ibídem, 2000, 7756.

[9] Sutter A., Jiabo L., Maynard AJ, Goupil A., Luu T., Katalin N., Nuevas características que mejoran las herramientas de farmacóforo de Accelrys

[10] Luu T., Malcolm N., Nadassy K., Métodos de modelado de farmacóforos en la selección de bibliotecas enfocadas: aplicaciones en el contexto de un nuevo esquema de clasificación, Comb. Chem. & High Thr. Screening , 2011 , 14(6), págs. 488-499(12)

[11] Haider MK, Bertrand H.-O., Hubbard RE, Predicción de posiciones de unión de fragmentos utilizando un enfoque combinado MCSS MM-GBSA, J. Chem. Inf. Model. , 2011 , 51 (5), págs. 1092–1105

[12] Corradia V., Mancinib M, Santuccib MA, Carlomagnoc T., Sanfelicec D., Moria M., Vignarolia G., Falchia F., Manettia F., Radia M., Botta M., Las técnicas computacionales son herramientas valiosas para el descubrimiento de inhibidores de la interacción proteína-proteína: el caso 14-3-3σ

[13] Almagro JC, Beavers MP, Hernandez-Guzman F., Maier J., Shaulsky J., Butenhof K., Labute P., Thorsteinson N., Kelly K., Teplyakov A., Luo J., Sweet R., Gilliland GL, Evaluación de modelado de anticuerpos, Proteínas: estructura, función y bioinformática , 2011 , 79(11), páginas 3050–3066.