Cibercelda

La base de datos CyberCell (CCDB) es una base de datos gratuita y accesible a través de la web que proporciona datos genómicos , proteómicos y metabolómicos cuantitativos sobre Escherichia coli. ^{[ 1 ]} Escherichia coli (cepa K12) es quizás la bacteria mejor estudiada del planeta y ha sido el organismo elegido para varios proyectos internacionales de simulación celular. Estos proyectos requieren recursos actualizados y accesibles a través de la web que proporcionen datos completos, no redundantes y cuantitativos sobre esta bacteria. El objetivo de CCDB es facilitar la recopilación, revisión, coordinación y almacenamiento de la información clave necesaria para la simulación in silico de E. coli. ^{[ 1 ]}

La CCDB contiene cuatro bases de datos navegables que proporcionan información sobre genes/proteínas (CCDB), datos de estructura proteica 3D (CC3D), información sobre ARNt y ARNr (CCRD) y datos de metabolitos (CCMD), respectivamente. Los datos se han recopilado o generado utilizando diversas fuentes y herramientas, incluidos libros de texto, artículos científicos publicados, bases de datos electrónicas, software propio y programas web. Cada base de datos existe como una tabla sinóptica reformateable y de fácil navegación que permite a los usuarios desplazarse por las diferentes bases de datos. Se puede obtener información detallada sobre cada gen, proteína, ARN, estructura 3D o metabolito haciendo clic en la "ColiCard" en la columna izquierda. Cada tarjeta contiene más de 60 campos relacionados con todos los aspectos de la secuencia, función o estructura de una molécula determinada, así como hipervínculos a otras fuentes de información como EcoGene ^{[ 2 ]} y EcoCyc ^{[ 3 ]} , resúmenes científicos y applets interactivos para visualizar estructuras o mapas cromosómicos. Una de las características más atractivas de CCDB es su capacidad para realizar búsquedas y ordenar datos en la base de datos. Ofrece utilidades para búsquedas BLAST locales , búsquedas de texto booleanas , búsquedas de estructuras químicas y extracción de datos de bases de datos relacionales . Los resultados de estas últimas se pueden exportar en varios formatos, incluyendo HTML , Excel y una vista de applet de cromosoma circular . Una de las funciones más populares de CCDB son sus páginas de "Estadísticas de E. coli" (disponibles a través del enlace "Estadísticas" en la parte superior de la página principal de CCDB). Este enlace proporciona una amplia fuente de información sobre el contenido, las dimensiones y las características físico-químicas de la célula de E. coli.

Para facilitar la corrección y el envío de datos, la base de datos CyberCell permite a los usuarios editar o actualizar electrónicamente las «ColiCards». Estas modificaciones se añaden de forma permanente solo después de haber sido revisadas y aprobadas por un archivista. Además de las modificaciones realizadas por los usuarios, la base de datos también realiza actualizaciones automáticas periódicas, lo que la mantiene siempre al día.

Todos los datos de la CCDB son de dominio público o provienen de fuentes públicas. Son de libre acceso y están disponibles para cualquier persona. Además, casi todos los datos son completamente rastreables y se referencian explícitamente a su fuente original. Los datos de la CCDB están disponibles a través de una interfaz web pública y mediante descargas.

• E. coli
• EXPLOSIÓN