COPASI

COPASI ^{[ 1 ]} (COMplex PAthway SIMulator) es una aplicación de software de código abierto para crear y resolver modelos matemáticos de procesos biológicos como redes metabólicas, vías de señalización celular, redes reguladoras, enfermedades infecciosas y muchos otros.

Historia

COPASI se basa en el software de simulación Gepasi ^{[ 2 ]} , desarrollado a principios de la década de 1990 por Pedro Mendes . El desarrollo inicial de COPASI fue financiado por el Instituto de Bioinformática de Virginia y la Fundación Klaus Tschira . Los esfuerzos de desarrollo actuales cuentan con el apoyo de subvenciones de los Institutos Nacionales de Salud , el BBSRC y el Ministerio de Educación alemán.

Equipo de desarrollo

COPASI es fruto de una colaboración internacional entre la Universidad de Manchester (Reino Unido), la Universidad de Heidelberg (Alemania) y el Instituto de Bioinformática de Virginia (EE. UU.). Los investigadores principales del proyecto son Pedro Mendes y Ursula Kummer. Los arquitectos jefes del software son Stefan Hoops y Sven Sahle.

Características

COPASI incluye funciones para definir modelos de procesos biológicos, simular y analizar estos modelos, generar informes de análisis e importar/exportar modelos en formato SBML .

Definición de modelo : Los modelos se definen como reacciones químicas entre especies moleculares. La dinámica del modelo está determinada por la ley de velocidad asociada a cada reacción. Los modelos también pueden incluir compartimentos, eventos y otras variables globales que ayudan a especificar la dinámica del sistema.
Tareas : Las tareas son diferentes tipos de análisis que se pueden realizar en un modelo. Incluyen análisis de estado estacionario , análisis estequiométrico , simulación de la evolución temporal mediante algoritmos de simulación deterministas y estocásticos, análisis de control metabólico , cálculo del exponente de Lyapunov , separación de escalas de tiempo, análisis de parámetros, optimización y estimación de parámetros.
Importación y exportación : COPASI puede leer modelos en formato SBML y también en formato Gepasi. COPASI puede escribir modelos en varios formatos diferentes, incluidos SBML , código fuente en el lenguaje de programación C , archivos Berkeley Madonna y archivos XPPAUT. Archivado el 18 de abril de 2022 en Wayback Machine .

Véase también

Lista de software de modelado de biología de sistemas

Referencias

↑ Hoops, S.; Sahle, S.; Gauges, R.; Lee, C.; Pahle, J.; Simus, N.; Singhal, M.; Xu, L.; Mendes, P.; Kummer, U. (2006). "COPASI--a COmplex PAthway SIMulator" . Bioinformatics . 22 (24): 3067– 3074. doi : 10.1093/bioinformatics/btl485 . PMID 17032683 .
↑ Mendes, P. (1993). "GEPASI: Un paquete de software para modelar la dinámica, los estados estacionarios y el control de sistemas bioquímicos y otros" . Computer Applications in the Biosciences . 9 (5): 563– 571. doi : 10.1093/bioinformatics/9.5.563 . PMID 8293329 .

Enlaces externos

Página principal de COPASI
Grupo Mendes ,
Departamento de Modelado de Procesos Biológicos , Universidad de Heidelberg

[1] Hoops, S.; Sahle, S.; Gauges, R.; Lee, C.; Pahle, J.; Simus, N.; Singhal, M.; Xu, L.; Mendes, P.; Kummer, U. (2006). "COPASI--a COmplex PAthway SIMulator" . Bioinformatics . 22 (24): 3067– 3074. doi : 10.1093/bioinformatics/btl485 . PMID 17032683 .

[2] Mendes, P. (1993). "GEPASI: Un paquete de software para modelar la dinámica, los estados estacionarios y el control de sistemas bioquímicos y otros" . Computer Applications in the Biosciences . 9 (5): 563– 571. doi : 10.1093/bioinformatics/9.5.563 . PMID 8293329 .

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