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BioMart

BioMart es un proyecto impulsado por la comunidad para proporcionar un punto de acceso único a datos de investigación distribuidos . El proyecto BioMart aporta software de códig...

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BioMart es un proyecto impulsado por la comunidad para proporcionar un punto de acceso único a datos de investigación distribuidos . El proyecto BioMart aporta software de código abierto y servicios de datos a la comunidad científica internacional . Aunque el software BioMart es utilizado principalmente por la comunidad de investigación biomédica , está diseñado de tal manera que cualquier tipo de datos puede incorporarse al marco de BioMart. El proyecto BioMart se originó en el Instituto Europeo de Bioinformática como una solución de gestión de datos [ 1 ] para el Proyecto Genoma Humano . [ 2 ] Desde entonces, BioMart ha crecido hasta convertirse en una colaboración entre múltiples instituciones que involucra varios proyectos de bases de datos en cinco continentes. [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] [ 6 ]

Integración con Ensembl

BioMart es una potente herramienta para investigadores y bioinformáticos que permite exportar datos de Ensembl, incluyendo identificadores de genes, posiciones genéticas, variaciones asociadas, dominios proteicos y secuencias. BioMart permite exportar los datos a formatos de archivo convenientes como FASTA, XLS, CSV, TSV y HTML. Los investigadores pueden utilizar los datos exportados en diversas aplicaciones, como estudios genómicos, análisis de expresión génica y genómica comparativa. La interfaz intuitiva de BioMart permite personalizar las consultas para acceder fácilmente a conjuntos de datos o características de interés específicas [ 7 ].

Software

BioMart es un sistema de base de datos federada , de código abierto y disponible gratuitamente , que proporciona acceso unificado a fuentes de datos dispares y distribuidas geográficamente. [ 8 ] BioMart permite que las bases de datos alojadas en diferentes servidores se presenten sin problemas a los usuarios, facilitando así los proyectos colaborativos. BioMart contiene varios niveles de optimización de consultas para gestionar eficientemente grandes conjuntos de datos y ofrece una amplia selección de interfaces gráficas de usuario e interfaces de programación de aplicaciones para que las consultas se realicen de la manera más conveniente para el usuario. Las capacidades de BioMart se amplían mediante la integración con varios paquetes de software ampliamente utilizados, como Bioconductor , [ 9 ] Galaxy , [ 10 ] Cytoscape , [ 11 ] y Taverna . [ 12 ]

Fuentes de datos y comunidad

Existen alrededor de 40 fuentes de datos de BioMart, incluyendo el Atlas de Actividad Reguladora de UTR (AURA), la base de datos de cáncer COSMIC , Ensembl Genomes, HapMap , InterPro , Mouse Genome Informatics (MGI), Rfam y UniProt . El acceso es proporcionado por instituciones como el Instituto Europeo de Bioinformática (EBI) y el Wellcome Trust Sanger Institute en el Reino Unido, el Laboratorio Cold Spring Harbor y el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) en los Estados Unidos y el Centro Nacional Francés de Investigación Científica (CNRS). [ 13 ] El Portal Central de BioMart se estableció para proporcionar un punto de acceso único y conveniente a este creciente conjunto de fuentes de datos. [ 3 ] [ 5 ] [ 6 ]

Referencias

  1. ↑ Kasprzyk A, Keefe D, Smedley D, London D, Spooner W, Melsopp C, et  al. (enero de 2004). "EnsMart: un sistema genérico para un acceso rápido y flexible a datos biológicos" . Genome Research . 14 (1): 160– 169. doi : 10.1101/gr.1645104 . PMC 314293. PMID 14707178 .  
  2. ↑ Lander ES, Linton LM, Birren B, Nusbaum C, Zody MC, Baldwin J, et al. (febrero de 2001). "Secuenciación y análisis inicial del genoma humano" . Nature . 409 (6822): 860–921 . Bibcode : 2001Natur.409..860L . doi : 10.1038/35057062 . hdl : 2027.42/62798 . PMID 11237011 .  
  3. 1 2 Smedley D, Haider S, Ballester B, Holland R, London D, Thorisson G, et al. (enero de 2009). " BioMart: consultas biológicas simplificadas" . BMC Genomics . 10:22 . doi : 10.1186/1471-2164-10-22 . PMC 2649164. PMID 19144180 .   
  4. ↑ Kasprzyk A (2011). " BioMart: impulsando un cambio de paradigma en la gestión de datos biológicos" . Database . 2011 bar049. doi : 10.1093/database/bar049 . PMC 3215098. PMID 22083790 .  
  5. 1 2 Haider S, Ballester B, Smedley D, Zhang J, Rice P, Kasprzyk A (julio de 2009). "Portal central BioMart: acceso unificado a datos biológicos" . Nucleic Acids Research . 37 (número especial de servidores web): W23– W27 . doi : 10.1093/nar/gkp265 . PMC 2703988. PMID 19420058 .  
  6. 1 2 Guberman JM, Ai J, Arnaiz O, Baran J, Blake A, Baldock R, et al. (2011). " BioMart Central Portal: una red de bases de datos abiertas para la comunidad biológica" . Database . 2011 bar041. doi : 10.1093/database/bar041 . PMC 3263598. PMID 21930507 .   
  7. ↑ Introducción a BioMart . Consultado el 18 de abril de 2024 a través de www.youtube.com.
  8. ↑ Zhang J, Haider S, Baran J, Cros A, Guberman JM, Hsu J, et al. (2011). " BioMart: un marco de federación de datos para grandes proyectos colaborativos" . Database . 2011 bar038. doi : 10.1093/database/bar038 . PMC 3175789. PMID 21930506 .   
  9. ↑ Durinck S, Moreau Y, Kasprzyk A, Davis S, De Moor B, Brazma A, et al. (agosto de 2005). "BioMart y Bioconductor: un vínculo poderoso entre bases de datos biológicas y análisis de datos de microarrays" . Bioinformatics . 21 (16): 3439– 3440. doi : 10.1093/bioinformatics/bti525 . PMID 16082012 .  
  10. ↑ Liu B, Madduri RK, Sotomayor B, Chard K, Lacinski L, Dave UJ, et al. (junio de 2014). "Plataforma de flujo de trabajo bioinformático basado en la nube para análisis de secuenciación de próxima generación a gran escala" . Journal of Biomedical Informatics . 49 : 119–133 . doi : 10.1016/j.jbi.2014.01.005 . PMC 4203338. PMID 24462600 .   
  11. ↑ Lopes CT, Franz M, Kazi F, Donaldson SL, Morris Q, Bader GD (septiembre de 2010). "Cytoscape Web: un navegador de red interactivo basado en la web" . Bioinformatics . 26 ( 18): 2347– 2348. doi : 10.1093/bioinformatics/btq430 . PMC 2935447. PMID 20656902 .  
  12. ↑ Wolstencroft K, Haines R, Fellows D, Williams A, Withers D, Owen S, et al. (julio de 2013). "El conjunto de herramientas de flujo de trabajo Taverna: diseño y ejecución de flujos de trabajo de servicios web en el escritorio, la web o en la nube" . Nucleic Acids Research . 41 (número especial de servidores web): W557– W561. doi : 10.1093/nar/gkt328 . PMC 3692062. PMID 23640334 .   
  13. ↑ "BioMart" . www.biomart.org . Consultado el 14 de julio de 2016 .
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