Hispanopedia WikiBioFabric es una aplicación de software de código abierto para dibujar gráficos . [1] [2] [3] Presenta gráficos como un diagrama de nodos-enlaces, pero a diferencia de otras herramientas de dibujo de gráficos que representan los nodos utilizando símbolos discretos, representa los nodos utilizando líneas horizontales. [4] [5]
Razón fundamental
Los métodos tradicionales de nodos-enlace para visualizar redes se deterioran en términos de legibilidad cuando se trata de redes grandes, debido a la proliferación de cruces de bordes que se acumulan en lo que se denomina despectivamente "bolas de pelo". [6] [7] BioFabric es uno de los diversos enfoques alternativos diseñados explícitamente para abordar este problema de escalabilidad, [6] eligiendo hacerlo representando nodos como líneas en el eje horizontal, una por fila; bordes como líneas en el eje vertical, una por columna, que terminan en las dos filas asociadas con los nodos de punto final. Como tal, a los nodos y bordes se les proporciona su propia dimensión (a diferencia de solo los bordes con nodos que son puntos adimensionales). BioFabric explota el grado adicional de libertad así producido para colocar los extremos de los bordes incidentes en grupos. Esta colocación puede potencialmente llevar información semántica, mientras que en los gráficos de nodos-enlace la colocación a menudo se genera arbitrariamente dentro de las restricciones de la estética, como durante el dibujo de gráficos dirigidos por fuerza, y puede dar lugar a artefactos aparentemente informativos.
Los bordes se dibujan (verticalmente) en un tono más oscuro que los nodos (horizontales), lo que crea una distinción visual. Los bordes adicionales aumentan el ancho del gráfico.
Ambos extremos de un enlace se representan como un cuadrado para reforzar el efecto anterior incluso en escalas pequeñas. Los gráficos dirigidos también incorporan puntas de flecha. [ cita requerida ]
Desarrollo
La primera versión, 1.0.0, se publicó en julio de 2012. El trabajo de desarrollo de BioFabric está en curso. En 2013 se publicó una implementación de código abierto de R, RBioFabric , [8] para su uso con el paquete igraph, [9] y posteriormente se describió en el blog del proyecto. [10]
Características
Aporte
- Las redes se pueden importar utilizando archivos SIF como entrada.
Trabajo relacionado
Blakley et al. [11] han descrito cómo la técnica utilizada por BioFabric, a la que se refieren como una representación cartográfica , se puede utilizar para comparar las redes A y B mediante la yuxtaposición de los bordes en ( A \ B ), ( A ∩ B ), y ( B \ A ), una técnica que evoca un diagrama de Venn . Rossi y Magnani [12] [13] han desarrollado sociogramas clasificados , que es una presentación similar a BioFabric donde el orden de los nodos se basa en una métrica de clasificación. Este enfoque atribuye un significado semántico a la longitud de las líneas de los bordes y se puede utilizar para visualizar la asortatividad o dissortatividad de una red.
Véase también
Referencias
- ^ Longabaugh, William (2012), "Peinando la bola de pelo con BioFabric: un nuevo enfoque para la visualización de redes grandes", BMC Bioinformatics , 13 : 275, doi : 10.1186/1471-2105-13-275 , PMC 3574047 , PMID 23102059.
- ^ Andrews, Christopher (15 de abril de 2014). "Middlebury College CS465 Primavera de 2014, Clase 18: Jerarquías, gráficos y redes (¡Dios mío!) segunda parte" (PDF) . Consultado el 7 de enero de 2016 .
- ^ Kirk, Andy (19 de febrero de 2013). "Lo mejor de la web de visualización... enero de 2013 - Visualización de datos". Archivado desde el original el 11 de febrero de 2015. Consultado el 10 de febrero de 2015 .
- ^ Iliinsky, Noah (2013). "Ejemplos de visualización más profunda" (PDF) . Archivado desde el original (PDF) el 2015-02-11 . Consultado el 2015-02-10 .
- ^ Jeffries, Tanya (6 de febrero de 2013). "BioFabric: ¡Cómo eliminar las líneas de las bolas de pelo!" . Consultado el 10 de febrero de 2015 .
- ^ ab Krzywinski, M.; Birol, I.; Jones, SJ; Marra, MA (2011). "Gráficos de colmena: enfoque racional para visualizar redes". Briefings in Bioinformatics . 13 (5): 627–644. doi : 10.1093/bib/bbr069 . ISSN 1467-5463. PMID 22155641.
- ^ Kosara, Robert (1 de febrero de 2012). "Gráficos más allá de la bola de pelo" . Consultado el 10 de febrero de 2015 .
- ^ Longabaugh, William (1 de julio de 2013). «GitHub: wjrl/RBioFabric». GitHub . Consultado el 7 de marzo de 2015 .
- ^ El equipo central de igraph. "Paquete igraph R" . Consultado el 7 de marzo de 2015 .
Instalar y comenzar a utilizar el paquete igraph R
- ^ Longabaugh, William (1 de julio de 2013). "Combing the hairball: July 2013" (Peinando la bola de pelo: julio de 2013) . Consultado el 7 de marzo de 2015.
Comentario sobre BioFabric (www.BioFabric.org), una nueva forma de visualizar redes.
- ^ Blakley, Bob; Blakley, GR; Blakley, Sean M (3 de marzo de 2014). "Cómo dibujar gráficos: visualización y redefinición de redes grandes en seguridad y biología"". arXiv : 1405.5523 [cs.HC].
- ^ Rossi, Luca; Magnani, Matteo (2015), "Hacia una analítica visual eficaz en redes multiplexadas y multicapa", Chaos, Solitons & Fractals , 72 : 68–76, arXiv : 1501.01666 , Bibcode :2015CSF....72...68R, doi :10.1016/j.chaos.2014.12.022, S2CID 7102328.
- ^ Rossi, Luca; Magnani, Matteo (7 de enero de 2015). "Hacia una analítica visual eficaz en redes multiplexadas y multicapa". arXiv : 1501.01666 [cs.SI].
Enlaces externos
- Sitio de BioFabric
