Anduril (motor de flujo de trabajo)

Anduril es un marco de trabajo de flujo de trabajo basado en componentes de código abierto para el análisis de datos científicos ^{[ 2 ]} desarrollado en el Laboratorio de Biología de Sistemas de la Universidad de Helsinki .

Anduril está diseñado para permitir un análisis de datos sistemático, flexible y eficiente, especialmente en el campo de los experimentos de alto rendimiento en la investigación biomédica. El sistema de flujo de trabajo actualmente proporciona componentes para varios tipos de análisis, como secuenciación , expresión génica , SNP , ChIP-on-chip , hibridación genómica comparativa y análisis de microarrays de exones, así como citometría y análisis de imágenes celulares .

Un flujo de trabajo es una serie de pasos de procesamiento interconectados, de modo que el resultado de un paso se utiliza como entrada para otro. Los pasos de procesamiento implementan tareas de análisis de datos, como la importación de datos, pruebas estadísticas y la generación de informes. En Anduril, los pasos de procesamiento se implementan mediante componentes, que son código ejecutable reutilizable que se puede escribir en cualquier lenguaje de programación. Los componentes se conectan entre sí para formar un flujo de trabajo, o una red de componentes, que es ejecutada por el motor de flujo de trabajo de Anduril. La configuración del flujo de trabajo se realiza mediante AndurilScript, un lenguaje de scripting sencillo pero potente. La configuración y ejecución del flujo de trabajo se pueden realizar desde Eclipse , una popular interfaz gráfica de usuario multipropósito, o desde la línea de comandos.

El motor principal de Anduril está escrito en Java y sus componentes en diversos lenguajes de programación, como Java, R , MATLAB , Lua , Perl y Python . Algunos componentes pueden depender de bibliotecas de terceros, como Bioconductor . Se proporcionan componentes para el análisis de imágenes celulares y microarrays, pero los usuarios pueden implementar componentes adicionales. El núcleo de Anduril ha sido probado en Linux y Windows.

Hola mundo en AndurilScript es simplemente

std.echo ( " ¡ Hola mundo! " )

Los comentarios siguen la sintaxis de Java:

// Un comentario simple /* Otro comentario simple */ /** Una descripción que se incluirá en la descripción del componente */

Los componentes se invocan asignando sus llamadas a instancias de componentes con nombre. Los nombres no se pueden reutilizar dentro de un mismo flujo de trabajo. Existen componentes especiales para archivos de entrada que incluyen archivos externos al script. Los tipos atómicos admitidos son entero, flotante, booleano y cadena, y la tipificación se realiza de forma implícita.

in1 = INPUT ( path = "myFile.csv" ) constant1 = 1 componentInstance1 = MyComponent ( inputPort1 = in1 , inputParam1 = constant1 )

Los flujos de trabajo se construyen asignando las salidas de las instancias de componentes a las entradas de los componentes siguientes.

componentInstance2 = AnotherComponent ( inputPort1 = componentInstance1 . outputPort1 )

Las instancias de componentes también pueden encapsularse como funciones.

función MyFunction ( InType1 in1 , ..., opcional InTypeM inM , ParType1 param1 , ..., ParTypeP paramP = defaultP ) -> ( OutType1 out1 , ..., OutTypeN outN ) { ... instrucciones ... devolver registro ( out1 = x1 , ..., outN = xN ) }

Además de las sentencias if-else y switch-case estándar, AndurilScript también incluye bucles for.

// Itera sobre 1, 2, ..., 10 array = record () for i : std . range ( 1 , 10 ) { array [ i ] = SomeComponent ( k = i ) }

Anduril se puede extender en múltiples niveles. Los usuarios pueden agregar nuevos componentes a los paquetes de componentes existentes. Sin embargo, si el nuevo componente o componentes realizan tareas que no están relacionadas con los paquetes existentes, los usuarios también pueden crear nuevos paquetes.

Moksiskaan

Moksiskaan es un marco de integración de datos para la investigación del cáncer y la biología molecular . ^{[ 3 ]} Este marco proporciona una base de datos relacional que representa un grafo de entidades biológicas como genes, proteínas, fármacos, vías metabólicas, enfermedades, procesos biológicos, componentes celulares y funciones moleculares. Además, cuenta con un amplio conjunto de herramientas de análisis y acceso construidas sobre estos datos. La gran mayoría de estas herramientas se implementan como componentes y funciones de Anduril.

Moksiskaan se utiliza principalmente para interpretar listas de genes candidatos obtenidas de estudios genómicos. Sus herramientas permiten generar gráficos de entidades biológicas relacionadas con los genes de entrada. La función exacta de estos gráficos puede variar, desde predicciones de dianas farmacológicas hasta series temporales de cascadas de señalización. Algunos de los objetivos de estas herramientas están estrechamente relacionados con IPA .

• Sistemas de gestión de flujos de trabajo bioinformáticos
• Patrón genético
• Kepler
• Taberna Apache
• Sistema de gestión de flujos de trabajo

• En el artículo "Científicos desarrollan una nueva base de datos que proporciona una visión integral del genoma del glioblastoma multiforme" publicado en Cancer Genome Atlas Research Briefs en marzo de 2011, por Catherine Evans.
• Almeida, JS (2010). " Ecosistemas computacionales para la genómica médica basada en datos" . Genome Medicine . 2 (9): 67. doi : 10.1186/gm188 . PMC 3092118. PMID 20854645 .  
• Sahu, B.; Laakso, M.; Ovaska, K.; Mirtti, T.; Lundin, J.; Rannikko, A.; Sankila, A.; Turunén, JP; Lundin, M.; Konsti, J.; Vesterinen, T.; Nordling, S.; Kallioniemi, O.; Hautaniemi, S.; Jänne, OA (2011). "Doble función de FoxA1 en la unión del receptor de andrógenos a la cromatina, la señalización de andrógenos y el cáncer de próstata" . La Revista EMBO . 30 (19): 3962– 3976. doi : 10.1038/emboj.2011.328 . PMC 3209787 . PMID 21915096 .  
• Pihlajamaa, P.; Zhang, F.-P.; Saarinen, L.; Mikkonen, L.; Hautaniemi, S.; Janne, OA (2011). "El fitoestrógeno genisteína es un modulador del receptor de andrógenos específico de tejido" . Endocrinología . 152 (11): 4395– 4405. doi : 10.1210/en.2011-0221 . PMID 21878517 . 
• Blom, H.; Rönnlund, D.; Scott, L.; Spicarova, Z.; Rantanen, V.; Widengren, J.; Aperia, A.; Brismar, H. (2011). "Análisis del vecino más cercano de los receptores de dopamina D1 y las Na+-K+-ATPasas en espinas dendríticas disecadas mediante microscopía STED". Microscopy Research and Technique . 75 (2): 220– 228. doi : 10.1002/jemt.21046 . PMID 21809413 . S2CID 206067902 .  
• Ehlers, PI; Kivimäki, AS; Turpeinen, AM; Korpela, R.; Vapaatalo, H. (2011). "Efectos vasoprotectores y reductores de la presión arterial alta de los productos lácteos en la hipertensión experimental" . British Journal of Nutrition . 106 (9): 1353– 1363. doi : 10.1017/S0007114511001723 . PMID 21736845 . 
• Maliniemi, P.; Carlsson, E.; Kaukola, A.; Ovaska, K.; Niiranen, K.; Saksela, O.; Jeskanen, L.; Hautaniemi, S.; Ranki, A. (2011). "Cambios en el número de copias de NAV3 y genes diana en cánceres de células basales y de células escamosas". Dermatología Experimental . 20 (11): 926– 931. doi : 10.1111/j.1600-0625.2011.01358.x . PMID 21995814 . S2CID 26219786 .  
• Chen, P.; Lepikhova, T.; Hu, Y.; Monni, O.; Hautaniemi, S. (2011). "Método integral de procesamiento de datos de matrices de exones para el análisis cuantitativo de variantes de empalme alternativo" . Nucleic Acids Research . 39 (18): e123. doi : 10.1093/nar/gkr513 . PMC 3185423. PMID 21745820 .  
• Karinen S., Heikkinen T.; et  al. (2011). "Flujo de trabajo de integración de datos para la búsqueda de genes impulsores de enfermedades y variantes genéticas" . PLOS ONE . 6 (4) e18636. doi : 10.1371/journal.pone.0018636 . PMC 3075259. PMID 21533266 .  
• Heinonen M., Hemmes A.; et  al. (2011). "Función de la proteína de unión a ARN HuR en el carcinoma ductal in situ de mama" . The Journal of Pathology . 224 (4): 529– 539. doi : 10.1002/path.2889 . PMC 3504799. PMID 21480233 .  
• Louhimo R., Hautaniemi S. (2011). "CNAmet: un paquete de R para integrar datos de número de copias, metilación y expresión" . Bioinformatics . 27 (6): 887– 888. doi : 10.1093/bioinformatics/btr019 . PMID 21228048 . 

• Sitio web oficial de Anduril
• Repositorio de código Anduril
• Sitio web oficial de Moksiskaan
• Implementación en AndurilScript de "99 Bottles of Beer" de Donald Knuth.