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Articulo de referencia

Subunidad ribosómica grande eucariota (60S)

La subunidad ribosómica grande eucariota (60S) se denomina según sus coeficientes de sedimentación en unidades Svedberg . La subunidad 60S es la subunidad grande del ribosoma eu...

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La subunidad ribosómica grande eucariota (60S) se denomina según sus coeficientes de sedimentación en unidades Svedberg . La subunidad 60S es la subunidad grande del ribosoma eucariota (S80), siendo el otro componente principal la subunidad ribosómica pequeña eucariota (40S) . Está relacionada estructural y funcionalmente con la subunidad 50S de los ribosomas procariotas 70S . [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] [ 6 ] Sin embargo, la subunidad 60S es mucho más grande que la subunidad 50S procariota y contiene muchos segmentos proteicos adicionales, así como segmentos de expansión de ARN ribosómico .

Estructura general

Las características de la subunidad grande, mostradas a continuación en la "Vista de la Corona", incluyen la protuberancia central (CP) y los dos tallos, que se nombran según sus componentes proteicos bacterianos (tallo L1 a la izquierda visto desde la interfaz de la subunidad y L7/L12 a la derecha). Hay tres sitios de unión para el ARNt , el sitio A, el sitio P y el sitio E (ver artículo sobre traducción de proteínas para más detalles). El núcleo de la subunidad 60S está formado por el ARN ribosómico 28S (abreviado ARNr 28S), que es homólogo al ARNr 23S procariótico , que también contribuye al sitio activo ( centro de peptidiltransferasa , PTC) del ribosoma. [ 2 ] [ 4 ] El núcleo de ARNr está decorado con docenas de proteínas. En la figura "Estructura cristalina de la subunidad ribosómica 60S eucariota de T. thermophila ", el núcleo del ARN ribosómico se representa como un tubo gris y los segmentos de expansión se muestran en rojo. Las proteínas que tienen homólogos en eucariotas, arqueas y bacterias se muestran como cintas azules. Las proteínas compartidas únicamente entre eucariotas y arqueas se muestran como cintas naranjas y las proteínas específicas de eucariotas se muestran como cintas rojas.

proteínas ribosómicas 60S

La tabla "Proteínas ribosómicas 60S" muestra los plegamientos proteicos individuales de la subunidad 60S coloreados según su conservación, como se indicó anteriormente. Las extensiones específicas de eucariotas, que van desde unos pocos residuos o bucles hasta hélices alfa muy largas y dominios adicionales, están resaltadas en rojo. [ 2 ]

Históricamente, se han utilizado diferentes nomenclaturas para las proteínas ribosómicas. Por ejemplo, las proteínas se han numerado según sus propiedades de migración en experimentos de electroforesis en gel . Por lo tanto, diferentes nombres pueden referirse a proteínas homólogas de diferentes organismos, mientras que nombres idénticos no necesariamente indican proteínas homólogas. La tabla "Proteínas ribosómicas 60S" relaciona los nombres de las proteínas ribosómicas humanas con sus homólogos de levadura, bacterias y arqueas. [ 7 ] Se puede encontrar información adicional en la base de datos de genes de proteínas ribosómicas (RPG) . [ 7 ]

Referencias

  1. ↑ Subunidades del ribosoma 60S en los encabezamientos de materias médicas (MeSH) de la Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU.
  2. 1 2 3 4 Klinge, S; Voigts-Hoffmann, F; Leibundgut, M; Arpagaus, S; Ban, N (2011). "Estructura cristalina de la subunidad ribosómica 60S eucariota en complejo con el factor de iniciación 6". Science . 334 (6058): 941– 948. Bibcode : 2011Sci...334..941K . doi : 10.1126/science.1211204 . PMID 22052974 . S2CID 206536444 .  
  3. 1 2 Ben-Shem, A; Garreau; de Loubresse, N; Melnikov, S; Jenner, L; Yusupova, G; Yusupov, M (dic. 2011). "La estructura del ribosoma eucariota a una resolución de 3,0 Å" . Science . 334 (6062): 1524– 1529. Bibcode : 2011Sci ...334.1524B . doi : 10.1126/science.1212642 . PMID 22096102. S2CID 9099683 .  
  4. 1 2 Ban, N; Nissen, P; Hansen, J; Moore, PB; Steitz, TA (agosto de 2000). "La estructura atómica completa de la subunidad ribosomal grande a una resolución de 2,4 Å". Science . 289 (5481): 905– 920. Bibcode : 2000Sci...289..905B . doi : 10.1126/science.289.5481.905 . PMID 10937989 . 
  5. ↑ Cate, JH; Yusupov, MM; Yusupova, GZ; Earnest, TN; Noller, HF (septiembre de 1999). "Estructuras cristalinas por rayos X de complejos funcionales del ribosoma 70S". Science . 285 (5436): 2095–2104 . doi : 10.1126/science.285.5436.2095 . PMID 10497122 . 
  6. ↑ Yusupov, MM; Yusupova, GZ; Baucom, A; Lieberman, K; Earnest, TN; Cate, JH; Noller, HF (mayo de 2001). "Estructura cristalina del ribosoma a una resolución de 5,5 Å" . Science . 292 ( 5518): 883–896 . Bibcode : 2001Sci...292..883Y . doi : 10.1126/science.1060089 . PMID 11283358. S2CID 39505192 .  
  7. 1 2 3 Nakao, A; Yoshihama, M; Kenmochi, N (2004). "RPG: la base de datos de genes de proteínas ribosomales" . Nucleic Acids Res . 32 (90001): D168–70. doi : 10.1093/nar/gkh004 . PMC 308739. PMID 14681386 .  
  8. ↑ Estructura de las proteínas de 'T. thermophila' a partir de las estructuras de la subunidad grande PDBS 417, 4A19
  9. ↑ La nomenclatura, según la base de datos de genes de proteínas ribosómicas, se aplica a H. sapiens y T. thermophila.
  10. ↑ Ban, Nenad; Beckmann, Roland; Cate, Jamie HD; Dinman, Jonathan D; Dragon, François; Ellis, Steven R; Lafontaine, Denis LJ; Lindahl, Lasse; Liljas, Anders; Lipton, Jeffrey M; McAlear, Michael A; Moore, Peter B; Noller, Harry F; Ortega, Joaquín; Panse, Vikram Govind; Ramakrishnan, V; Spahn, Christian MT; Steitz, Thomas A; Tchorzewski, Marek; Tollervey, David; Warren, Alan J; Williamson, James R; Wilson, Daniel; Yonath, Ada; Yusupov, Marat (2014). "Un nuevo sistema para nombrar proteínas ribosómicas" . Current Opinion in Structural Biology . 24 . Elsevier BV: 165–169 . doi : 10.1016 / j.sbi.2014.01.002 . ISSN 0959-440X . PMC 4358319. PMID 24524803 .   
  11. ↑ Yoshihama, Maki; Uechi, Tamayo; Asakawa, Shuichi; Kawasaki, Kauhiko (2002). "Los genes de la proteína ribosómica humana: secuenciación y análisis comparativo de 73 genes" . Genome Research . 12 (3): 379– 390. doi : 10.1101/gr.214202 . PMC 155282. PMID 11875025 .  
  12. ↑ EAB significa conservado en eucariotas, arqueas y bacterias, EA significa conservado en eucariotas y arqueas y E significa proteína específica de eucariotas
  13. Tradicionalmente, las proteínas ribosómicas se nombraban según su peso molecular aparente en la electroforesis en gel, lo que daba lugar a nombres diferentes para proteínas homólogas de distintos organismos. El RPG ofrece una nomenclatura unificada para los genes de proteínas ribosómicas basada en la homología .
  14. ↑ RPL28 no tiene homólogo detectable en levaduras.
  • Base de datos de genes de proteínas ribosómicas (RPG)