Etiqueta web

Webtag ^[1] es una herramienta bioinformática en línea que proporciona secuencias de oligonucleótidos (generalmente llamadas etiquetas o anclas) que no se encuentran en un genoma específico . Estas etiquetas se pueden agregar a cebadores específicos de genes para experimentos de reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa ( RT-PCR ), evitando así la contaminación del ADN genómico .

Fondo

La RT-PCR es una técnica que se utiliza para detectar incluso transcripciones de ARNm con un número muy bajo de copias . ^[2] La sensibilidad de la técnica también la hace susceptible a la contaminación del ADN. Dado que la PCR no puede distinguir entre dianas de ADNc y contaminación de ADN genómico, es posible que se produzcan falsos positivos o resultados cuantitativos erróneos. ^[3]^[4]

Para superar la contaminación del ADN genómico en los estudios transcripcionales, se utiliza la reacción en cadena de la polimerasa específica de plantilla inversa, una modificación de la RT-PCR. La posibilidad de utilizar etiquetas cuyas secuencias no se encuentran en el genoma mejora aún más los experimentos de reacción en cadena de la polimerasa específica inversa. El uso de anclajes, o etiquetas, en la región 5' de un cebador específico de un gen o cola poli-T permite la amplificación específica del ARN y constituye una estrategia viable. Técnicas como la RS-PCR ^[5] y la RT-PCR (EXACT) se basan en la integración de dichas etiquetas (secuencias únicas no presentes en el ADN genómico) en el extremo 5' de la primera cadena de ADNc, lo que permite la amplificación específica del ARN sin pérdida de sensibilidad.

Etiqueta web

Este servicio basado en la web se basa en la herramienta Tagenerator ^[6] , pero es muy rápido porque todas las etiquetas se generan previamente y se almacenan en una base de datos. También es una mejora significativa, ya que Webtag tiene en cuenta las interacciones de la etiqueta con los cebadores que se utilizarán en el experimento. Tenerlo como un servicio basado en la web también significa que el biólogo molecular no tiene que descargar e instalar software con todas las dependencias en su propia computadora.

Webtag genera etiquetas que combinan la ausencia de genoma con buenas propiedades de iniciación para experimentos basados en RT-PCR. El uso de dichas etiquetas evitará deliberadamente la amplificación por PCR del ADN genómico, lo que permitirá la amplificación exclusiva del ADNc y, por lo tanto, evitará los efectos de la contaminación del ADN genómico en una muestra de ARN.

Referencias

^ Lopes Pinto, Fernando; Håkan Svensson; Peter Lindblad (25 de octubre de 2007). "Webtag: una nueva herramienta web que proporciona etiquetas/anclajes para experimentos de RT-PCR con procariotas". BMC Biotechnology . 7 : 73. doi : 10.1186/1472-6750-7-73 . PMC 2147000 . PMID 17961214.
^ Chelly, Jamel; Jean-Claude Kaplan; Pascal Maire; Sophie Gautron; Axel Kahn (30 de junio de 1988). "Transcripción del gen de la distrofina en tejidos musculares y no musculares humanos". Nature . 333 (6176): 858–860. Bibcode :1988Natur.333..858C. doi :10.1038/333858a0. PMID 3290682. S2CID 4315236.
^ Borst, A.; ATA Box; AC Fluit (9 de marzo de 2004). "Resultados falsos positivos y contaminación en ensayos de amplificación de ácidos nucleicos: sugerencias para una estrategia de prevención y destrucción". Revista Europea de Microbiología Clínica y Enfermedades Infecciosas . 23 (4): 289–299. doi : 10.1007/s10096-004-1100-1 . PMID 15015033. S2CID 25894933.
^ Martel, Fatima; Dirk Grundemann; Edgar Schöig (31 de marzo de 2002). "Un método simple para la eliminación de resultados falsos positivos en RT-PCR". J Biochem Mol Biol . 35 (2): 248–250. doi : 10.5483/BMBRep.2002.35.2.248 . PMID 12297038.
^ Shuldiner, Alan R.; Ajay Nirula; Jesse Roth (1990). "Reacción en cadena de la polimerasa específica de la plantilla de ARN (RS-PCR): una nueva estrategia para reducir drásticamente los falsos positivos". Gene . 91 (1): 139–142. doi :10.1016/0378-1119(90)90176-R. PMID 1698167.
^ Lopes Pinto, Fernando; Håkan Svensson; Peter Lindblad (5 de junio de 2006). "Generación de secuencias de oligonucleótidos no genómicos para PCR específica de plantilla de ARN". BMC Biotechnology . 6 : 31. doi : 10.1186/1472-6750-6-31 . PMC 1526424 . PMID 16820068.

Enlaces externos

Página web oficial
Generador de etiquetas

[1] Lopes Pinto, Fernando; Håkan Svensson; Peter Lindblad (25 de octubre de 2007). "Webtag: una nueva herramienta web que proporciona etiquetas/anclajes para experimentos de RT-PCR con procariotas". BMC Biotechnology . 7 : 73. doi : 10.1186/1472-6750-7-73 . PMC 2147000 . PMID 17961214.

[2] Chelly, Jamel; Jean-Claude Kaplan; Pascal Maire; Sophie Gautron; Axel Kahn (30 de junio de 1988). "Transcripción del gen de la distrofina en tejidos musculares y no musculares humanos". Nature . 333 (6176): 858–860. Bibcode :1988Natur.333..858C. doi :10.1038/333858a0. PMID 3290682. S2CID 4315236.

[3] Borst, A.; ATA Box; AC Fluit (9 de marzo de 2004). "Resultados falsos positivos y contaminación en ensayos de amplificación de ácidos nucleicos: sugerencias para una estrategia de prevención y destrucción". Revista Europea de Microbiología Clínica y Enfermedades Infecciosas . 23 (4): 289–299. doi : 10.1007/s10096-004-1100-1 . PMID 15015033. S2CID 25894933.

[4] Martel, Fatima; Dirk Grundemann; Edgar Schöig (31 de marzo de 2002). "Un método simple para la eliminación de resultados falsos positivos en RT-PCR". J Biochem Mol Biol . 35 (2): 248–250. doi : 10.5483/BMBRep.2002.35.2.248 . PMID 12297038.

[5] Shuldiner, Alan R.; Ajay Nirula; Jesse Roth (1990). "Reacción en cadena de la polimerasa específica de la plantilla de ARN (RS-PCR): una nueva estrategia para reducir drásticamente los falsos positivos". Gene . 91 (1): 139–142. doi :10.1016/0378-1119(90)90176-R. PMID 1698167.

[6] Lopes Pinto, Fernando; Håkan Svensson; Peter Lindblad (5 de junio de 2006). "Generación de secuencias de oligonucleótidos no genómicos para PCR específica de plantilla de ARN". BMC Biotechnology . 6 : 31. doi : 10.1186/1472-6750-6-31 . PMC 1526424 . PMID 16820068.