UCbase

UCbase es una base de datos de secuencias ultraconservadas (UCR o UCE) que fueron descritas por primera vez por Bejerano, G. et al. en 2004. ^{[ 2 ]} Son regiones genómicas altamente conservadas que comparten una identidad del 100% entre humanos, ratones y ratas. Las UCR son secuencias de 481 bases de longitud superior a 200 bases. Se encuentran frecuentemente en regiones genómicas implicadas en el cáncer, se expresan diferencialmente en leucemias y carcinomas humanos y, en algunos casos, están reguladas por microARN. ^{[ 3 ]} La primera versión de UCbase fue publicada por Taccioli, C. et al. en 2009. ^{[ 4 ]} Las actualizaciones recientes incluyen una nueva anotación basada en el genoma humano hg19, información sobre trastornos relacionados con las coordenadas cromosómicas utilizando la clasificación SNOMED CT , una herramienta de consulta para buscar SNP y un nuevo cuadro de texto para interrogar directamente la base de datos mediante una interfaz MySQL. Además, una herramienta de comparación de secuencias permite a los investigadores comparar secuencias seleccionadas con elementos ultraconservados ubicados en regiones genómicas implicadas en trastornos específicos. Para facilitar la interpretación visual e interactiva de las coordenadas cromosómicas de UCR, los autores han implementado la función de visualización gráfica de UCbase, creando un enlace al Navegador Genómico de UCSC . UCbase 2.0 ya no proporciona información sobre microARN (miARN), centrándose únicamente en las UCR. La versión oficial de UCbase 2.0 se publicó en 2014. ^{[ 1 ]}

Véase también

Conservación de secuencias

Referencias

^ Lomonaco , Vincenzo; Martoglia R; Mandreoli F; Anderlucci L; Emmet W; Bicciato S; Taccioli C. (enero de 2009). "UCbase 2.0: base de datos de secuencias ultraconservadas (actualización de 2014)" . Base de datos . 2014 bau062. doi : 10.1093/base de datos/bau062 . PMC 4064129 . PMID 24951797 .
↑ Bejerano, Gill; Pheasant M; Makunin I; Stephen S; Kent WJ; Mattick JS; Haussler D. (mayo de 2004). "Elementos ultraconservados en el genoma humano". Science . 304 (5675): 1321– 5. Bibcode : 2004Sci...304.1321B . CiteSeerX 10.1.1.380.9305 . doi : 10.1126/science.1098119 . PMID 15131266 . S2CID 2790337 .
^ Calin GA, Liu CG, Ferracin M, Hyslop T, Spizzo R, Sevignani C, Fabbri M, Cimmino A, Lee EJ, Wojcik SE, Shimizu M, Tili E, Rossi S, Taccioli C, Pichiorri F, Liu X, Zupo S, Herlea V, Gramantieri L, Lanza G, Alder H, Rassenti L, Volinia S, Schmittgen TD, Kipps TJ, Negrini M, Croce CM (septiembre de 2007). "Las regiones ultraconservadas que codifican ncRNA están alteradas en leucemias y carcinomas humanos" . Célula cancerosa . 12 (3): 215– 29. doi : 10.1016/j.ccr.2007.07.027 . PMID 17785203 .
^ Taccioli C, Fabbri E, Visone R, Volinia S, Calin GA, Fong LY, Gambari R, Bottoni A, Acunzo M, Hagan J, Iorio MV, Piovan C, Romano G, Croce CM (enero de 2009). "UCbase & miRfunc: una base de datos de secuencias ultraconservadas y función de microARN" . Ácidos nucleicos Res . 37 (Problema de la base de datos): D41–8. doi : 10.1093/nar/gkn702 . PMC 2686429 . PMID 18945703 .

Enlaces externos

https://web.archive.org/web/20191109191155/http://ucbase.unimore.it/ (archivado)
http://ultraconserved.org

[Taccioli2014-1] Lomonaco , Vincenzo; Martoglia R; Mandreoli F; Anderlucci L; Emmet W; Bicciato S; Taccioli C. (enero de 2009). "UCbase 2.0: base de datos de secuencias ultraconservadas (actualización de 2014)" . Base de datos . 2014 bau062. doi : 10.1093/base de datos/bau062 . PMC 4064129 . PMID 24951797 .

[Bejerano-2] Bejerano, Gill; Pheasant M; Makunin I; Stephen S; Kent WJ; Mattick JS; Haussler D. (mayo de 2004). "Elementos ultraconservados en el genoma humano". Science . 304 (5675): 1321– 5. Bibcode : 2004Sci...304.1321B . CiteSeerX 10.1.1.380.9305 . doi : 10.1126/science.1098119 . PMID 15131266 . S2CID 2790337 .

[Calin-3] Calin GA, Liu CG, Ferracin M, Hyslop T, Spizzo R, Sevignani C, Fabbri M, Cimmino A, Lee EJ, Wojcik SE, Shimizu M, Tili E, Rossi S, Taccioli C, Pichiorri F, Liu X, Zupo S, Herlea V, Gramantieri L, Lanza G, Alder H, Rassenti L, Volinia S, Schmittgen TD, Kipps TJ, Negrini M, Croce CM (septiembre de 2007). "Las regiones ultraconservadas que codifican ncRNA están alteradas en leucemias y carcinomas humanos" . Célula cancerosa . 12 (3): 215– 29. doi : 10.1016/j.ccr.2007.07.027 . PMID 17785203 .

[Taccioli-4] Taccioli C, Fabbri E, Visone R, Volinia S, Calin GA, Fong LY, Gambari R, Bottoni A, Acunzo M, Hagan J, Iorio MV, Piovan C, Romano G, Croce CM (enero de 2009). "UCbase & miRfunc: una base de datos de secuencias ultraconservadas y función de microARN" . Ácidos nucleicos Res . 37 (Problema de la base de datos): D41–8. doi : 10.1093/nar/gkn702 . PMC 2686429 . PMID 18945703 .

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