TreeFam

TreeFam (base de datos de familias de árboles) es una base de datos de árboles filogenéticos de genes animales . Su objetivo es desarrollar un recurso curado que proporcione información fiable sobre las asignaciones de ortólogos y parálogos , y la historia evolutiva de diversas familias de genes . ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}

TreeFam define una familia de genes como un grupo de genes que evolucionaron después de la especiación de animales metazoos individuales . También intenta incluir genes de grupos externos como levaduras ( S. cerevisiae y S. pombe ) y plantas ( A. thaliana ) para revelar estos miembros distantes.

TreeFam es también una base de datos de ortólogos . A diferencia de otras bases de datos basadas en alineamientos por pares, TreeFam infiere ortólogos mediante árboles genéticos. Integra un árbol genético en el árbol universal de especies y detecta duplicaciones históricas, especiaciones y eventos de pérdida. TreeFam utiliza esta información para evaluar la construcción de árboles, guiar la curación manual e inferir relaciones complejas entre ortólogos y parálogos .

Los elementos básicos de TreeFam son las familias de genes, que se dividen en dos partes: TreeFam-A y TreeFam-B. Las familias TreeFam-B se crean automáticamente y pueden contener errores debido a la complejidad de sus filogenias . Las familias TreeFam-A se seleccionan manualmente a partir de las familias TreeFam-B. Los nombres de las familias y de los nodos se asignan simultáneamente. El objetivo final de TreeFam es ofrecer un recurso completo y organizado para todas las familias.

TreeFam se gestiona como un proyecto en el Wellcome Trust Sanger Institute , y su software está alojado en SourceForge bajo el nombre de "TreeSoft".

Véase también

Referencias

12 Ruan , J.; Li, H .; Chen, Z.; Coghlan, A.; Moneda, LJM; Guo, Y.; Hériché, J.-K.; Hu, Y.; Kristiansen, K.; Li, R.; Liu, T.; Moisés, A.; Qin, J.; Vang, S.; Vilella, AJ; Ureta-Vidal, A.; Bolund, L.; Wang, J.; Durbin, R. (2007). "TreeFam: Actualización de 2008" . Investigación de ácidos nucleicos . 36 (Problema de base de datos): D735– D740. doi : 10.1093/nar/gkm1005 . PMC 2238856 . PMID 18056084 .
↑ Li, H. ; Coghlan, A.; Ruan, J.; Coin, LJ; Hériché, JK; Osmotherly, L.; Li, R.; Liu, T.; Zhang, Z.; Bolund, L.; Wong, GK; Zheng, W.; Dehal, P.; Wang, J.; Durbin, R. (2006). "TreeFam: Una base de datos curada de árboles filogenéticos de familias de genes animales" . Nucleic Acids Research . 34 (90001): D572– D580. doi : 10.1093 / nar/gkj118 . PMC 1347480. PMID 16381935 .

Enlaces externos

Sitio web de TreeFam
TreeSoft

[pmid18056084-1] 12 Ruan , J.; Li, H .; Chen, Z.; Coghlan, A.; Moneda, LJM; Guo, Y.; Hériché, J.-K.; Hu, Y.; Kristiansen, K.; Li, R.; Liu, T.; Moisés, A.; Qin, J.; Vang, S.; Vilella, AJ; Ureta-Vidal, A.; Bolund, L.; Wang, J.; Durbin, R. (2007). "TreeFam: Actualización de 2008" . Investigación de ácidos nucleicos . 36 (Problema de base de datos): D735– D740. doi : 10.1093/nar/gkm1005 . PMC 2238856 . PMID 18056084 .

[pmid16381935-2] Li, H. ; Coghlan, A.; Ruan, J.; Coin, LJ; Hériché, JK; Osmotherly, L.; Li, R.; Liu, T.; Zhang, Z.; Bolund, L.; Wong, GK; Zheng, W.; Dehal, P.; Wang, J.; Durbin, R. (2006). "TreeFam: Una base de datos curada de árboles filogenéticos de familias de genes animales" . Nucleic Acids Research . 34 (90001): D572– D580. doi : 10.1093 / nar/gkj118 . PMC 1347480. PMID 16381935 .

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