Rompecabezas de árbol

TREE-PUZZLE ^{[ 1 ]} es un programa informático utilizado para construir árboles filogenéticos a partir de datos de secuencia mediante análisis de máxima verosimilitud . Las longitudes de las ramas se pueden calcular con y sin la hipótesis del reloj molecular .

El software también implementó el mapeo de probabilidad, ^{[ 2 ]} un método para visualizar información filogenética en conjuntos de datos, así como varias pruebas para evaluar si las probabilidades de los árboles son significativamente peores que las de otros árboles.

El programa sucesor es IQ-TREE . ^{[ 3 ]}

Véase también

Filogenética computacional

Referencias

↑ Schmidt, Heiko A.; Strimmer, Korbinian; Vingron, Martin; von Haeseler, Arndt (2002). "TREE-PUZZLE: Análisis filogenético de máxima verosimilitud mediante cuartetos y computación paralela" . Bioinformatics . 18 (3): 502– 504. doi : 10.1093/bioinformatics/18.3.502 . PMID 11934758 .
↑ Strimmer, Korbinian; von Haeseler, Arndt (1997). "Mapeo de probabilidad: un método simple para visualizar el contenido filogenético de una alineación de secuencias" . Proc . Natl. Acad. Sci. USA . 94 (13): 6815– 6819. Bibcode : 1997PNAS...94.6815S . doi : 10.1073/pnas.94.13.6815 . PMC 21241. PMID 9192648 .
↑ Nguyen, Lam-Tung; Schmidt, Heiko A.; von Haeseler, Arndt; Minh, Bui Quang (2015). " IQ-TREE: Un algoritmo estocástico rápido y eficaz para estimar filogenias de máxima verosimilitud" . Biología molecular y evolución . 32 (W1): W268– W274. doi : 10.1093/molbev/msu300 . PMC 4271533. PMID 25371430 .

Enlaces externos

Sitio web oficial

[Schmidt_et_al._2002-1] Schmidt, Heiko A.; Strimmer, Korbinian; Vingron, Martin; von Haeseler, Arndt (2002). "TREE-PUZZLE: Análisis filogenético de máxima verosimilitud mediante cuartetos y computación paralela" . Bioinformatics . 18 (3): 502– 504. doi : 10.1093/bioinformatics/18.3.502 . PMID 11934758 .

[Strimmer_and_von_Haeseler_2002-2] Strimmer, Korbinian; von Haeseler, Arndt (1997). "Mapeo de probabilidad: un método simple para visualizar el contenido filogenético de una alineación de secuencias" . Proc . Natl. Acad. Sci. USA . 94 (13): 6815– 6819. Bibcode : 1997PNAS...94.6815S . doi : 10.1073/pnas.94.13.6815 . PMC 21241. PMID 9192648 .

[Nguyen_et_al._2015-3] Nguyen, Lam-Tung; Schmidt, Heiko A.; von Haeseler, Arndt; Minh, Bui Quang (2015). " IQ-TREE: Un algoritmo estocástico rápido y eficaz para estimar filogenias de máxima verosimilitud" . Biología molecular y evolución . 32 (W1): W268– W274. doi : 10.1093/molbev/msu300 . PMC 4271533. PMID 25371430 .

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