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Articulo de referencia

Templo F. Smith

{{Cite journal | last1 = Smith | first1 = T. | last2 = Waterman | first2 = M. S. | author-link2 = Michael Waterman| title = Identification of common molecular subsequences | doi...

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Temple Ferris Smith (nacido el 7 de marzo de 1939) es un profesor emérito de ingeniería biomédica [ 3 ] [ 4 ] que desarrolló el algoritmo Smith-Waterman con Michael Waterman en 1981. [ 1 ] El algoritmo Smith-Waterman sirve como base para comparaciones de secuencias múltiples, identificando el segmento con la máxima similitud de secuencia local, ver alineación de secuencias . Este algoritmo se utiliza para identificar segmentos similares de ADN , ARN y proteínas . Fue director del Centro de Investigación de Ingeniería Biomolecular [ 3 ] en la Universidad de Boston durante veinte años y ahora es profesor emérito .

Educación

Smith obtuvo su licenciatura en 1963 del Departamento de Física de la Universidad de Purdue , seguida de un doctorado en 1969 en el Departamento de Física de la Universidad de Colorado en Boulder . [ 5 ]

Investigación y carrera

Tras obtener su doctorado, Smith realizó una investigación postdoctoral desde marzo de 1969 hasta agosto de 1971 en el Departamento de Biofísica y Genética de la Facultad de Medicina de la Universidad de Colorado en Boulder.

Su investigación se centra en la aplicación de diversos métodos matemáticos y de informática para el descubrimiento de patrones sintácticos y semánticos en secuencias de ácidos nucleicos y aminoácidos. En los últimos años, se ha enfocado en la evolución molecular de familias de proteínas, como las hélices beta con repeticiones WD, las GTPasas asociadas a la traducción y las proteínas ribosómicas. [ 6 ] Es conocido por la creación del algoritmo de Smith-Waterman . [ 1 ]

Smith ha ocupado los siguientes cargos:

  • 1965–1966: Instructor , Base Aérea Lowery de la Fuerza Aérea de los Estados Unidos, Denver, CO
  • 1971–1984: Profesor , Departamento de Física, Northern Michigan University, Marquette, MI
  • 1985–1991: Director del Centro de Recursos Informáticos para la Investigación en Biología Molecular, Instituto Oncológico Dana-Farber, Facultad de Medicina de Harvard y Escuela de Salud Pública de Harvard.
  • 1991–2009: Director del Centro de Recursos de Ingeniería Biomolecular de la Universidad de Boston.
  • 1999–  : Coorganizador , Día del Descubrimiento de la Biotecnología del Instituto para el Avance Académico de la Juventud de 1999
  • 2000–  : Cofundador y Director de Sistemas de Información , Modular Genetics, Inc.
  • 2000–  : Entrenador de hockey juvenil

Publicaciones seleccionadas

  • M. Mariotti, TF Smith, PH Sudmant y G. Goldberger, “La pseudogenización del gen Lfg5 específico de los testículos precede a la divergencia entre humanos y neandertales”, Journal of Human Genetics 59, 288–291 (2014)
  • Hyman Hartman y Temple F. Smith “La evolución del ribosoma y el código genético”, Life, 4(2), 227–249 (2014)
  • Hartman, H y TF Smith, “GTPasas y el origen del ribosoma”, Biology Direct, 5:36-39, (2010)
  • Hartman, Hyman y Smith, Temple F. “La evolución del cilio y la célula eucariota”. Motilidad celular y citoesqueleto. 66: 215-219. (2009)
  • Hu, Lan, Smith, Temple F. y Goldberger, Gabriel. “LFG: una familia de genes reguladores de la apoptosis candidata”. Apoptosis. 14: 1255-1265. (2009)
  • Smith, Temple F., Lee, Jung C., Gutell, Robin R. y Hartman, Hyman. “El origen y la evolución del ribosoma”. Biology Direct 3: 16, 1–13 (2008).
  • Smith, Temple F. “Capítulo 2: Diversidad de proteínas con repeticiones WD” La familia de proteínas coroninas, 20–30 (2008)
  • Bhutkar, Arjun V., Gelbart, William M. y Smith, Temple F. (2007). Inferencia de la filogenia de reordenamientos a escala genómica y el orden ancestral de los genes: un estudio de caso en Drosophila. Genome Biology 8, R236
  • Bhutkar, Arjun, Russo, Susan M., Smith, Temple F. y Gelbart, William M. “Análisis a escala genómica de genes reubicados posicionalmente” Genome Research 17: 1880-1887 (2007)
  • Hartman, Hyman, Favaretto, Paola y Smith, Temple F. “Los orígenes arqueales del sistema de traducción eucariota” Archaea 2: 1-9 (2006)
  • Bienkowska, Jadwiga, Hartman, Hyman y Smith, Temple F. (2003). ¿Un método de búsqueda de homólogos de proteínas pequeñas, proteínas similares a la ubiquitina en células procariotas? Protein Engineering 16 (12), 897–904.
  • Venkatesan, Kavitha, McManus, Heather R., Mello, Craig C., Smith, Temple F. y Hansen, Ulla. (2003). Conservación funcional entre miembros de una antigua familia duplicada de factores de transcripción, LSF/Grainyhead. Nucleic Acids Research 31(15), 4304–4316.
  • Zhang YX1, Fox JG, Ho Y, Zhang L, Stills HF Jr, Smith TF. Comparación del gen de la proteína principal de la membrana externa (MOMP) de las cepas de Chlamydia trachomatis causantes de neumonitis murina (MoPn) y SFPD de hámster con otras cepas de Chlamydia. Mol Biol Evol. 1993 Nov;10(6):1327–42.
  • Figge J, Smith TF. Motivo de secuencia de división celular. Nature 334 (6178), 109 (14 de julio de 1988) |pmid=3290690 |doi=10.1038/334109a0.

Premios y distinciones

Smith recibió el premio ISCB Senior Scientist Award [ 2 ] y fue elegido miembro de la ISCB en 2009 por la Sociedad Internacional de Biología Computacional . [ 7 ]

En 2002, fue admitido en el Instituto Americano de Ingeniería Médica y Biológica (AIMBE) "por sus extraordinarias contribuciones a la definición y el avance del campo de la bioinformática, con énfasis en nuevos métodos de ingeniería para predecir la estructura y la función de las proteínas".

Referencias

  1. 1 2 3 Smith, T.; Waterman, MS (1981). "Identificación de subsecuencias moleculares comunes". Journal of Molecular Biology . 147 (1): 195– 197. CiteSeerX 10.1.1.63.2897 . doi : 10.1016/0022-2836(81)90087-5 . PMID 7265238 .  
  2. 1 2 Maisel, M. (2007). "ISCB homenajea a Temple F. Smith y Eran Segal" . PLOS Computational Biology . 3 (6): e128. Bibcode : 2007PLSCB...3..128M . doi : 10.1371/journal.pcbi.0030128 . PMC 1904388. PMID 17604447 .  
  3. 1 2 "Centro de Investigación de Ingeniería Biomolecular | Universidad de Boston" . Bmerc-www.bu.edu . Consultado el 24 de marzo de 2017 .
  4. ↑ "Temple Smith" . Archivado del original el 7 de julio de 2007. Consultado el 3 de mayo de 2007 .
  5. ↑ Smith, Temple Ferris (1969). Las amplitudes del deuterón a partir de una teoría de dispersión nuclear de partículas compuestas ( tesis doctoral). Universidad de Colorado en Boulder. OCLC 50252533. ProQuest 302393082 .  
  6. ↑ "Temple F. Smith, Ph.D. » Microbiología » BUMC" . Archivado del original el 4 de abril de 2012. Consultado el 28 de octubre de 2011 .  
  7. ↑ "Miembros de la ISCB" . iscb.org . Sociedad Internacional de Biología Computacional . 2017. Archivado del original el 20 de marzo de 2017.