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Articulo de referencia

Base de datos de ARNt

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tRNAdb era una base de datos biológica integral de secuencias de ARN de transferencia (ARNt) y genes de ARNt. Se originó como una de las primeras compilaciones especializadas de secuencias de ácidos nucleicos , comenzando como una publicación impresa de Mathias Sprinzl a finales de la década de 1970. [ 2 ] Evolucionó hasta convertirse en un recurso web alojado en la Universidad de Bayreuth y posteriormente se relanzó en 2009 como una base de datos relacional más potente en la Universidad de Leipzig . [ 1 ] Actualmente, la base de datos se considera obsoleta, ya que el recurso con sede en Leipzig ya no está activo. Su función ha sido reemplazada en gran medida por otras bases de datos modernas de ARNt.

tRNADB-CE

La base de datos de genes de ARNt curada por expertos (tRNADB-CE) es una base de datos de genes de ARNt desarrollada y mantenida por investigadores de la Universidad de Niigata y el Instituto de Biociencia y Tecnología de Nagahama en Japón. Una característica clave de tRNADB-CE es su riguroso proceso de curación. Utiliza tres programas diferentes de predicción de genes de ARNt (tRNAscan-SE, ARAGORN y tRNAfinder) e identifica cualquier resultado discordante. Estas predicciones contradictorias son revisadas manualmente por expertos para garantizar una alta precisión. [ 3 ] [ 4 ]

GtRNAdb

La base de datos genómica de ARNt (GtRNAdb) es una base de datos de genes de ARNt presentes en genomas completos y borradores. Alojada en la Universidad de California, Santa Cruz (UCSC) y mantenida por el laboratorio de Todd Lowe, GtRNAdb se construye utilizando predicciones de una única herramienta de software de alta precisión, tRNAscan-SE. [ 5 ] Proporciona información detallada sobre la ubicación genómica, el isotipo y la estructura secundaria, y está estrechamente integrada con el navegador genómico de la UCSC . Su objetivo es proporcionar anotaciones automatizadas de alta calidad de genes de ARNt en todos los dominios de la vida. [ 6 ]

Véase también

Referencias

  1. 1 2 Jühling, F; Mörl, M; Hartmann, RK; Sprinzl, M; Stadler, PF; Pütz, J (1 de enero de 2009). "tRNAdb 2009: compilación de secuencias de ARNt y genes de ARNt" . Nucleic Acids Research . 37 (número especial de bases de datos): D159– D162. doi : 10.1093 / nar/gkn772 . PMC 2686557. PMID 18957446 .  
  2. ↑ Sprinzl, M. (17 de diciembre de 2004). "Compilación de secuencias de ARNt y secuencias de genes de ARNt" (PDF) . Nucleic Acids Research . 33 (número especial de bases de datos). Oxford University Press (OUP): D139– D140. doi : 10.1093/nar/gki012 . ISSN 1362-4962 . PMC 539966. PMID 15608164. Consultado el 15 de julio de 2025 .   
  3. ^ Abe, Takashi; Ikemura, Toshimichi; Ohara, Yasuo; Uehara, Hiroshi; Kinouchi, Makoto; Kanaya, Shigehiko; Yamada, Yuko; Muto, Akira; Inokuchi, Hachiro (8 de octubre de 2008). "tRNADB-CE: base de datos de genes de tRNA seleccionada manualmente por expertos" . Investigación de ácidos nucleicos . 37 (suplemento_1). Prensa de la Universidad de Oxford (OUP): D163 – D168. doi : 10.1093/nar/gkn692 . ISSN 1362-4962 . PMC 2686568 . PMID 18842632 .   
  4. ^ Abe, T.; Ikemura, T.; Sugahara, J.; Kanai, A.; Ohara, Y.; Uehara, H.; Kinouchi, M.; Kanaya, S.; Yamada, Y.; Muto, A.; Inokuchi, H. (11 de noviembre de 2010). "tRNADB-CE 2011: base de datos de genes de tRNA seleccionada manualmente por expertos" (PDF) . Investigación de ácidos nucleicos . 39 (Base de datos). Prensa de la Universidad de Oxford (OUP): D210 – D213. doi : 10.1093/nar/gkq1007 . ISSN 0305-1048 . PMC 3013639 . PMID 21071414 . Consultado el 15 de julio de 2025 .   
  5. ↑ Chan, PP; Lowe, TM (enero de 2009). "GtRNAdb: una base de datos de genes de ARN de transferencia detectados en secuencias genómicas" . Nucleic Acids Research . 37 (número especial de bases de datos): D93– D97. doi : 10.1093/nar/gkn787 . PMC 2686519. PMID 18984615 .  
  6. ↑ Chan, Patricia P.; Lowe, Todd M. (15 de diciembre de 2015). "GtRNAdb 2.0: una base de datos ampliada de genes de ARN de transferencia identificados en genomas completos y borradores" ( PDF) . Nucleic Acids Research . 44 (D1). Oxford University Press (OUP): D184– D189. doi : 10.1093/nar/gkv1309 . ISSN 0305-1048 . PMC 4702915. PMID 26673694. Recuperado el 15 de julio de 2025 .