Hispanopedia WikiLa proteína transmembrana 98 es una proteína de membrana de un solo paso que en los seres humanos está codificada por el gen TMEM98 . [4] [5] La función de esta proteína es actualmente desconocida. TMEM98 también se conoce como UNQ536/PRO1079. [6]
Gene
Este gen se encuentra en la cadena positiva del cromosoma 17 en el locus 17q11.2. [5] Abarca desde los pares de bases 31.254.928 hasta 31.272.124. [7]
Variantes
Existen dos variantes de transcripción conocidas que codifican TMEM98. La variante uno corresponde a la más larga de las dos, tiene 8 exones y tiene una longitud de 1808 bases. [8] La variante dos codifica la misma proteína, pero es ligeramente más corta en el exón 2 y le falta el exón 3; tiene una longitud de 1732 bases. [9] Esta región faltante corresponde a 85 pares de bases cerca del final del UTR 5'. [9] La variante uno es más abundante que la variante dos con 17 veces la cantidad de ARNm extraído en varios experimentos con tejido humano. [10]
Evolución
Parálogos
No se conocen parálogos para TMEM98. [7] Aunque no son funcionales, hay dos pseudogenes encontrados en los cromosomas 6 y 14 en el Homo sapiens . [11]
Ortólogos
La proteína transmembrana 98 está muy conservada en peces, anfibios, reptiles, aves y otros mamíferos no humanos. Está solo ligeramente conservada en invertebrados e insectos y no se encuentra en bacterias, arqueas , protistas , plantas u hongos.
Filogenia
El gráfico de cambio porcentual a lo largo del tiempo se realizó utilizando Time Tree. [12]
Proteína
Las variantes uno y dos codifican la misma proteína de 226 aminoácidos . [5] La proteína tiene 24,6 kdal con un punto isoeléctrico de 4,26. [13]
Dominios
No hay péptido señal en esta proteína. [14] El dominio transmembrana tiene 22 aminoácidos de longitud y se ubica entre los aminoácidos 6 y 28. Los aminoácidos del extremo N se ubican fuera de la célula, y los del extremo C se ubican fuera de la célula. [15]
El dominio paralógico que interactúa con Grap2 y ciclina D (pfam13324) se extiende desde 81 a 151 y está altamente conservado en los ortólogos . [16] Esta región está involucrada en la regulación de la proliferación y la diferenciación celular mediante vías de señalización mediadas por Grap2 y ciclina D. [17]
Estructura secundaria
TMEM98 está compuesto de 7 hélices alfa como lo predijo NCBI CBLAST con un valor e de 9x10 −7 . [18]
Regulación
Nivel de ARNm
La región promotora tiene una longitud de 901 pares de bases. A continuación se muestran los factores de transcripción predichos más conservados . [19]
Posibles bucles de tallo El UTR 5' tiene dos posibles bucles de tallo. Estos se encuentran entre 279 y 303 y entre 342 y 372. En el UTR 3', hay un posible bucle de tallo ubicado entre 1487 y 1502. [20]
Sitios de unión de microARN Hay un sitio de unión de miARN en el 3' UTR como se predijo utilizando TargetScan . [21] [22] Este miARN, hsa-miR-4782-3p, puede desempeñar un papel en el cáncer de mama. [23]
Nivel de proteína
TMEM98 tiene 4 sitios de glicación previstos en los aminoácidos 44, 118, 120 y 133. [24] Hay sitios de fosforilación de serina en 60, 122, 124, 136, 145 y 191 y sitios de fosforilación de treonina en 55, 105 y 160. [25] Todos estos sitios están en el lado N-terminal de la región transmembrana y están dentro del citosol de la célula.
Expresión
La TMEM98 se expresa en gran medida en la retina, el tejido adiposo, el embrión, el ovario, el cordón umbilical, el útero, la próstata, los intestinos grueso y delgado, los pulmones, el epitelio olfativo médico, el órgano nasal, el estómago, la vejiga y los tejidos de las glándulas suprarrenales. Se expresa en niveles muy bajos en los óvulos fertilizados, los ovocitos, los linfocitos B, el músculo esquelético, la epidermis de la lengua y el timo.
También se expresa con mayor intensidad en etapas embrionarias posteriores. [26]
Aspectos clínicos
Las mutaciones en TMEM98 causan nanoftalmos autosómico dominante. [27]
Referencias
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