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TIGRFAMs

TIGRFAMs es una base de datos de familias de proteínas diseñada para apoyar la anotación manual y automatizada del genoma . [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] Cada entrada incluye un alineamient...

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TIGRFAMs es una base de datos de familias de proteínas diseñada para apoyar la anotación manual y automatizada del genoma . [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] Cada entrada incluye un alineamiento de secuencias múltiples y un modelo oculto de Markov (HMM) construido a partir del alineamiento. Las secuencias que obtienen una puntuación superior a los umbrales definidos de un HMM de TIGRFAMs dado se asignan a esa familia de proteínas y pueden recibir las anotaciones correspondientes. La mayoría de los modelos describen familias de proteínas que se encuentran en bacterias y arqueas.

Al igual que Pfam , TIGRFAMs utiliza el paquete HMMER escrito por Sean Eddy. [ 4 ]

Historia

TIGRFAMs se produjo originalmente en el Instituto de Investigación Genómica (TIGR) y su sucesor, el Instituto J. Craig Venter (JCVI), pero se trasladó en abril de 2018 al Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI). TIGRFAMs sigue siendo una base de datos miembro en InterPro . La última versión de JCVI, la versión 15.0, contenía 4488 modelos. TIGRFAMs ahora continúa en NCBI como parte de una colección más grande de HMM, llamada NCBIFAMs, utilizada en sus pipelines de anotación genómica RefSeq y PGAP. [ 5 ] La curación y revisión activa de los modelos TIGRFAMs continúa en NCBI, pero la creación de modelos TIGRFAMs propiamente dichos ha terminado, ya que los HMM recién construidos del grupo RefSeq reciben designaciones diferentes cuando se agregan a NCBIFAMs.

Referencias

  1. ↑ Haft, DH; Selengut, JD; White, O (2003). "La base de datos TIGRFAMs de familias de proteínas" . Nucleic Acids Research . 31 (1): 371–3 . doi : 10.1093 / nar/gkg128 . PMC 165575. PMID 12520025 .  
  2. ↑ Selengut, JD; Haft, DH; Davidsen, T; Ganapathy, A; Gwinn-Giglio, M; Nelson, WC; Richter, AR; White, O (2007). "TIGRFAMs y propiedades del genoma: herramientas para la asignación de función molecular y proceso biológico en genomas procariotas" . Nucleic Acids Research . 35 (número especial de bases de datos): D260–4. doi : 10.1093/nar/gkl1043 . PMC 1781115. PMID 17151080 .  
  3. ↑ Haft, DH; Selengut, JD; Richter, RA; Harkins, DM; Basu, MK; Beck, E (2012). "TIGRFAMs y propiedades del genoma en 2013" . Nucleic Acids Research . 41 (número especial de bases de datos): D387-95. doi : 10.1093/nar/ gks1234 . PMC 3531188. PMID 23197656 .  
  4. ↑ Eddy, SR (2009). "Una nueva generación de herramientas de búsqueda de homología basadas en inferencia probabilística". Genome Informatics. Conferencia Internacional sobre Informática Genómica . 23 (1): 205– 11. PMID 20180275 . 
  5. ↑ Li W, O'Neill KR, Haft DH, DiCuccio M, Chetvernin V, Badretdin A; et al. (2021). "RefSeq: ampliando el alcance del Pipeline de Anotación del Genoma Procariota con la curación de modelos de familias de proteínas" . Nucleic Acids Res . 49 (D1): D1020– D1028. doi : 10.1093/nar/gkaa1105 . PMC 7779008. PMID 33270901 .   {{cite journal}}: CS1 maint: varios nombres: lista de autores ( enlace )
  • nih.gov - Página principal de TIGRFAM
  • https://www.ebi.ac.uk/interpro/ - Página principal de InterPro
  • nih.gov - Búsqueda de texto de TIGRFAMs en NCBI
  • nih.gov - Sitio FTP con las versiones más recientes de TIGRFAMs, como parte de una colección más amplia.