Articulo de referencia

Agrupación de datos de alta dimensión

La agrupación de datos de alta dimensión es el análisis de clústeres de datos con entre unas pocas docenas y miles de dimensiones . Estos espacios de datos de alta dimensión se ...

La agrupación de datos de alta dimensión es el análisis de clústeres de datos con entre unas pocas docenas y miles de dimensiones . Estos espacios de datos de alta dimensión se encuentran a menudo en áreas como la medicina , donde la tecnología de microarrays de ADN puede producir muchas mediciones a la vez, y la agrupación de documentos de texto , donde, si se utiliza un vector de frecuencia de palabras, el número de dimensiones es igual al tamaño del vocabulario .

Problemas

Para realizar la agrupación en datos de alta dimensión es necesario superar cuatro problemas: [ 1 ]

  • Pensar en múltiples dimensiones es difícil, visualizarlas es imposible y, debido al crecimiento exponencial del número de valores posibles con cada dimensión, la enumeración completa de todos los subespacios se vuelve intratable a medida que aumenta la dimensionalidad. Este problema se conoce como la maldición de la dimensionalidad .
  • El concepto de distancia se vuelve menos preciso a medida que aumenta el número de dimensiones, ya que la distancia entre dos puntos cualesquiera en un conjunto de datos determinado converge. La distinción entre el punto más cercano y el más lejano, en particular, pierde sentido.
límiteddistmáximodistmindistmin=0{\displaystyle \lim _{d\to \infty }{\frac {{\mathit {dist}}_{\max }-{\mathit {dist}}_{\min }}{{\mathit {dist}}_{\min }}}=0}
  • Un clúster tiene como objetivo agrupar objetos relacionados, basándose en las observaciones de los valores de sus atributos. Sin embargo, dado un gran número de atributos, algunos de ellos generalmente no serán relevantes para un clúster determinado. Por ejemplo, en el cribado neonatal, un clúster de muestras podría identificar a recién nacidos con valores sanguíneos similares, lo que podría aportar información sobre la relevancia de ciertos valores para una enfermedad. Pero para diferentes enfermedades, distintos valores sanguíneos podrían formar un clúster, mientras que otros podrían no estar correlacionados. Esto se conoce como el problema de la relevancia de las características locales : diferentes clústeres podrían encontrarse en distintos subespacios, por lo que un filtrado global de atributos no es suficiente.
  • Dado un gran número de atributos, es probable que algunos estén correlacionados . Por lo tanto, podrían existir clústeres en subespacios afines orientados arbitrariamente .

Investigaciones recientes indican que los problemas de discriminación solo ocurren cuando hay un gran número de dimensiones irrelevantes, y que los enfoques de vecinos más cercanos compartidos pueden mejorar los resultados. [ 2 ]

Aproches

Los enfoques para agrupar en subespacios afines paralelos a los ejes o orientados arbitrariamente difieren en cómo interpretan el objetivo general, que es encontrar grupos en datos con alta dimensionalidad. [ 1 ] Un enfoque completamente diferente es encontrar grupos basados ​​en patrones en la matriz de datos, a menudo denominado biclustering , que es una técnica frecuentemente utilizada en bioinformática .

Agrupamiento de subespacios

Ejemplo de espacio 2D con agrupaciones de subespacios

El agrupamiento de subespacios tiene como objetivo buscar clústeres en diferentes combinaciones de dimensiones (es decir, subespacios) y, a diferencia de muchos otros enfoques de agrupamiento, no asume que todos los clústeres en un conjunto de datos se encuentren en el mismo conjunto de dimensiones. [ 3 ] El agrupamiento de subespacios puede adoptar enfoques ascendentes o descendentes. Los métodos ascendentes (como CLIQUE) identifican heurísticamente las dimensiones relevantes dividiendo el espacio de datos en una estructura de cuadrícula, seleccionando unidades densas y luego enlazándolas iterativamente si son adyacentes y densas. [ 3 ]

La imagen adyacente muestra un simple espacio bidimensional donde se pueden identificar varios grupos. En los subespacios unidimensionales, los gruposdoa{\displaystyle c_{a}}(en subespacio{incógnita}{\displaystyle \{x\}}) ydob{\displaystyle c_{b}},dodo{\displaystyle c_{c}},dod{\displaystyle c_{d}}(en subespacio{y}{\displaystyle \{y\}}) se puede encontrar.dodo{\displaystyle c_{c}}no puede considerarse un grupo en un (sub)espacio bidimensional, ya que está distribuido de forma demasiado dispersa en elincógnita{\displaystyle x}eje. En dos dimensiones, los dos gruposdoab{\displaystyle c_{ab}}ydoad{\displaystyle c_{ad}}se puede identificar.

El problema de la agrupación de subespacios viene dado por el hecho de que hay2d{\displaystyle 2^{d}}diferentes subespacios de un espacio cond{\displaystyle d}dimensiones. Si los subespacios no son paralelos a los ejes, es posible un número infinito de subespacios. Por lo tanto, los algoritmos de agrupamiento de subespacios utilizan algún tipo de heurística para seguir siendo computacionalmente factibles, a riesgo de producir resultados inferiores. Por ejemplo, la propiedad de cierre descendente (cf. reglas de asociación ) puede utilizarse para construir subespacios de dimensiones superiores solo combinando subespacios de dimensiones inferiores, ya que cualquier subespacio T que contenga un clúster, dará como resultado un espacio completo S que también contendrá ese clúster (es decir, S ⊆ T), un enfoque adoptado por la mayoría de los algoritmos tradicionales como CLIQUE, [ 4 ] SUBCLU . [ 5 ] También es posible definir un subespacio utilizando diferentes grados de relevancia para cada dimensión, un enfoque adoptado por iMWK-Means , [ 6 ] EBK-Modes [ 7 ] y CBK-Modes. [ 8 ]

Agrupamiento proyectado

El agrupamiento proyectado busca asignar cada punto a un clúster único, pero los clústeres pueden existir en diferentes subespacios. El enfoque general consiste en utilizar una función de distancia especial junto con un algoritmo de agrupamiento regular .

Por ejemplo, el algoritmo PreDeCon comprueba qué atributos parecen respaldar una agrupación para cada punto y ajusta la función de distancia de manera que las dimensiones con baja varianza se amplifiquen en la función de distancia. [ 9 ] En la figura anterior, el clústerdodo{\displaystyle c_{c}}podría encontrarse utilizando DBSCAN con una función de distancia que pone menos énfasis en elincógnita{\displaystyle x}eje y por lo tanto exagera la baja diferencia en ely{\displaystyle y}-eje suficientemente suficiente para agrupar los puntos en un clúster.

PROCLUS utiliza un enfoque similar con un agrupamiento k-medoid . [ 10 ] Se estiman los medoides iniciales y, para cada medoide, se determina el subespacio generado por los atributos con baja varianza. Se asignan puntos al medoide más cercano, considerando únicamente el subespacio de dicho medoide para determinar la distancia. El algoritmo procede entonces como el algoritmo PAM convencional.

Si la función de distancia pondera los atributos de manera diferente, pero nunca con 0 (y por lo tanto nunca descarta los atributos irrelevantes), el algoritmo se denomina algoritmo de agrupamiento proyectado "suave" .

Agrupamiento basado en proyecciones

La agrupación basada en proyección se basa en una proyección no lineal de datos de alta dimensión en un espacio bidimensional. [ 11 ] Los métodos de proyección típicos como t-distributed stochastic neighbor embedding (t-SNE), [ 12 ] o neighbor retrieval visualizer (NerV) [ 13 ] se utilizan para proyectar datos explícitamente en dos dimensiones, ignorando los subespacios de dimensión superior a dos y preservando solo vecindarios relevantes en datos de alta dimensión. En el siguiente paso, se calcula el grafo de Delaunay [ 14 ] entre los puntos proyectados, y cada vértice entre dos puntos proyectados se pondera con la distancia de alta dimensión entre los puntos de datos de alta dimensión correspondientes. Posteriormente, se calcula el camino más corto entre cada par de puntos utilizando el algoritmo de Dijkstra . [ 15 ] Los caminos más cortos se utilizan luego en el proceso de agrupación, que implica dos opciones dependiendo del tipo de estructura en los datos de alta dimensión. [ 11 ] Esta elección booleana puede decidirse observando el mapa topográfico de estructuras de alta dimensión. [ 16 ] En una evaluación comparativa de 34 métodos de agrupamiento comparables, el agrupamiento basado en proyección fue el único algoritmo que siempre pudo encontrar la estructura de alta dimensión basada en distancia o densidad del conjunto de datos. [ 11 ] El agrupamiento basado en proyección está disponible en el paquete de R de código abierto "ProjectionBasedClustering" en CRAN. [ 17 ]

Agrupamiento basado en Bootstrap

La agregación bootstrap (bagging) se puede utilizar para crear múltiples clústeres y agregar los resultados. Esto se hace tomando submuestras aleatorias de los datos, realizando un análisis de clúster en cada una de ellas y luego agregando los resultados de los clústeres para generar una medida de disimilitud que luego se puede utilizar para explorar y agrupar los datos originales. [ 18 ] [ 19 ] Dado que es probable que los datos de alta dimensión tengan muchas características no informativas, se pueden utilizar ponderaciones durante el proceso de bagging para aumentar el impacto de los aspectos más informativos. Esto produce "disimilitudes ABC" que luego se pueden utilizar para explorar y agrupar los datos originales y también para evaluar qué características parecen ser más impactantes en la definición de los clústeres. [ 20 ] [ 21 ] [ 22 ]

Enfoques híbridos

No todos los algoritmos intentan encontrar una asignación de clúster única para cada punto o todos los clústeres en todos los subespacios; muchos se conforman con un resultado intermedio, donde se encuentra un conjunto de clústeres que posiblemente se superpongan, pero no necesariamente sean exhaustivos. Un ejemplo es FIRES, que desde su enfoque básico es un algoritmo de agrupamiento de subespacios, pero utiliza una heurística demasiado agresiva para producir de manera creíble todos los clústeres de subespacios. [ 23 ] Otro enfoque híbrido es incluir un humano en el bucle algorítmico: la experiencia humana en el dominio puede ayudar a reducir un espacio de búsqueda exponencial mediante la selección heurística de muestras. Esto puede ser beneficioso en el dominio de la salud donde, por ejemplo, los médicos se enfrentan a descripciones de alta dimensionalidad de las condiciones de los pacientes y mediciones sobre el éxito de ciertas terapias. Una pregunta importante en dichos datos es comparar y correlacionar las condiciones de los pacientes y los resultados de la terapia junto con combinaciones de dimensiones. El número de dimensiones suele ser muy grande, por lo que es necesario mapearlas a un número menor de dimensiones relevantes para que sean más adecuadas para el análisis de expertos. Esto se debe a que las dimensiones irrelevantes, redundantes y conflictivas pueden afectar negativamente la efectividad y la eficiencia de todo el proceso analítico. [ 24 ]

Agrupamiento por correlación

Otro tipo de subespacios se considera en la agrupación por correlación (minería de datos) .

Software

  • ELKI incluye varios algoritmos de agrupamiento por subespacio y correlación.
  • FCPS incluye más de cincuenta algoritmos de agrupamiento [ 25 ]

Referencias

  1. 1 2 Kriegel, HP ; Kröger, P.; Zimek, A. (2009). "Agrupamiento de datos de alta dimensión". ACM Transactions on Knowledge Discovery from Data . 3 : 1– 58. doi : 10.1145/1497577.1497578 . S2CID 17363900 . 
  2. Houle, ME; Kriegel, HP ; Kröger, P.; Schubert, E.; Zimek, A. (2010). ¿Pueden las distancias de vecindad compartida vencer la maldición de la dimensionalidad? (PDF) . Gestión de bases de datos científicas y estadísticas. Notas de clase en informática. Vol. 6187. pág. 482. doi : 10.1007/978-3-642-13818-8_34 . ISBN   978-3-642-13817-1.
  3. 1 2 Parsons, Lance; Haque, Ehtesham; Liu, Huan (2004-06-01). "Agrupamiento de subespacios para datos de alta dimensión: una revisión" . Boletín de ACM SIGKDD Explorations . 6 (1): 90– 105. doi : 10.1145/1007730.1007731 . ISSN 1931-0145 . 
  4. Agrawal, R.; Gehrke, J.; Gunopulos, D.; Raghavan, P. (2005). "Agrupamiento automático de subespacios de datos de alta dimensión". Minería de datos y descubrimiento de conocimiento . 11 : 5–33 . CiteSeerX 10.1.1.131.5152 . doi : 10.1007/s10618-005-1396-1 . S2CID 9289572 .  
  5. Kailing, K.; Kriegel, HP ; Kröger, P. (2004). Agrupamiento de subespacios conectados por densidad para datos de alta dimensión . Actas de la Conferencia Internacional SIAM de 2004 sobre Minería de Datos. pp. 246. doi : 10.1137 /1.9781611972740.23 . ISBN  978-0-89871-568-2.
  6. De Amorim, RC; Mirkin, B. (2012). "Minkowski metric, feature weighting and anomalou cluster initializing in K-Means clustering". Pattern Recognition . 45 (3): 1061. Bibcode : 2012PatRe..45.1061C . doi : 10.1016/j.patcog.2011.08.012 .
  7. Carbonera, Joel Luis; Abel, Mara (noviembre de 2014). «Un algoritmo de agrupamiento de subespacios basado en entropía para datos categóricos». 2014 IEEE 26.ª Conferencia Internacional sobre Herramientas con Inteligencia Artificial . IEEE. págs. 272–277 . doi : 10.1109/ictai.2014.48 . ISBN  9781479965724. S2CID 7208538 . 
  8. Carbonera, Joel Luis; Abel, Mara (2015). "CBK-Modes: Un algoritmo basado en correlación para la agrupación de datos categóricos". Actas de la 17.ª Conferencia Internacional sobre Sistemas de Información Empresarial . SCITEPRESS - Publicaciones de Ciencia y Tecnología. pp. 603–608 . doi : 10.5220/0005367106030608 . ISBN  9789897580963.
  9. Böhm, C.; Kailing, K.; Kriegel, H.-P.; Kröger, P. (2004). Agrupamiento conectado por densidad con preferencias de subespacio local (PDF) . Cuarta Conferencia Internacional IEEE sobre Minería de Datos (ICDM'04). pág. 27. doi : 10.1109/ICDM.2004.10087 . ISBN  0-7695-2142-8.
  10. Aggarwal, CC; Wolf, JL; Yu, PS; Procopiuc, C.; Park, JS (1999). "Algoritmos rápidos para agrupamiento proyectado". ACM SIGMOD Record . 28 (2): 61. CiteSeerX 10.1.1.681.7363 . doi : 10.1145/304181.304188 . 
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