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ARN SmY

Los ácidos ribonucleicos SmY ( ARN SmY ) son una familia de ARN nucleares pequeños que se encuentran en algunas especies de gusanos nematodos . Se cree que participan en el tran...

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Los ácidos ribonucleicos SmY ( ARN SmY ) son una familia de ARN nucleares pequeños que se encuentran en algunas especies de gusanos nematodos . Se cree que participan en el trans-splicing del ARNm .

Los ARN SmY tienen aproximadamente 70–90 nucleótidos de longitud y comparten una estructura secundaria común , con dos bucles de tallo que flanquean un sitio de unión consenso para la proteína Sm . [ 2 ] [ 3 ] La proteína Sm es un componente compartido de las snRNP del espliceosoma .

Distribución filogenética de los genes de ARN SmY conocidos y predichos, y el número de genes y pseudogenes encontrados en cada especie. Los números de genes se basan en el análisis computacional (utilizando el programa Infernal) de ensamblajes de genomas ; en algunos casos, se trata de borradores de genomas que pueden estar incompletos. [ 1 ]

Se han encontrado ARN SmY en nematodos de la clase Chromadorea , que incluye los nematodos más estudiados (como Caenorhabditis , Pristionchus y Ascaris ), pero no en Trichinella spiralis, más distantemente relacionada y perteneciente a la clase Dorylaimia . El número de genes SmY varía en cada especie: la mayoría de las especies de Caenorhabditis y Pristionchus tienen entre 10 y 26 copias parálogas relacionadas , mientras que otros nematodos tienen entre 1 y 5. [ 1 ]

Descubrimiento

El primer ARN SmY se descubrió en 1996 en preparaciones purificadas de espliceosomas de Ascaris lumbricoides , al igual que otro llamado ARN SmX que no es detectablemente homólogo a SmY. [ 2 ] Se identificaron computacionalmente doce homólogos de SmY en Caenorhabditis elegans y diez en Caenorhabditis briggsae . [ 3 ] Varios transcritos de estos genes SmY se clonaron y secuenciaron en un estudio sistemático de pequeños transcritos de ARN no codificante en C. elegans . [ 4 ]

Un estudio sistemático de los transcritos con caperuza 5′ de 2,2,7-trimetilguanosina (TMG) en C. elegans mediante anticuerpos anti-TMG identificó dos transcritos SmY con caperuza TMG. [ 5 ] El análisis de secuencia de los posibles sitios de unión de Sm en estos transcritos indicó que los transcritos SmY, U5 snRNA , U3 snoRNA y los ARN líderes empalmados ( SL1 y SL2 ) contienen una secuencia de unión de SM consenso muy similar (AAU 4 – 5 GGA). Los sitios de unión de SM predichos identificados en los transcritos U1 , U2 y U4 snRNA variaron de este consenso. [ 5 ]

Función

En C. elegans , los ARN SmY se copurifican con el espliceosoma y con las proteínas Sm, SL75p y SL26p , mientras que el ARNsn SL1 de trans-empalme de C. elegans, mejor caracterizado, se copurifica en un complejo con Sm, SL75p y SL21p (un parálogo de SL26p). [ 2 ] [ 3 ] La pérdida de función de SL21p o SL26p individualmente causa solo un fenotipo débilmente sensible al frío , mientras que la inactivación de ambos es letal, al igual que la inactivación de SL75p. Con base en estos resultados, se cree que los ARN SmY tienen una función en el trans-empalme.

Referencias

  1. ^ Jones TA, Otto W, Marz M, Eddy SR, Stadler PF (2009) . "Un estudio de los ARN SmY de nematodos" . Biol de ARN . 6 (1): 5– 8. doi : 10.4161/rna.6.1.7634 . PMID 19106623 . 
  2. 1 2 3 Maroney PA, Yu YT, Jankowska M, Nilsen TW (agosto de 1996). "Análisis directo de los espliceosomas cis y trans de nematodos: un papel funcional para el ARNsn U5 en el trans-splicing de adición de líder empalmado y la identificación de nuevos Sm snRNP" . RNA . 2 (8): 735–745 . PMC 1369411. PMID 8752084 .  
  3. 1 2 3 MacMorris M, Kumar M, Lasda E, Larsen A, Kraemer B, Blumenthal T (abril de 2007). " Una nueva familia de snRNP de C. elegans contiene proteínas asociadas con el trans-splicing" . RNA . 13 (4): 511– 520. doi : 10.1261/rna.426707 . PMC 1831854. PMID 17283210 .  
  4. ↑ Deng W, Zhu X, Skogerbø G, et al. (enero de 2006). "Organización del transcriptoma pequeño no codificante de Caenorhabditis elegans: características genómicas, biogénesis y expresión" . Genome Research . 16 ( 1): 20– 29. doi : 10.1101/gr.4139206 . PMC 1356125. PMID 16344563 .   
  5. 1 2 Jia D, Cai L, He H, Skogerbø G, Li T, Aftab N, Chen R (septiembre de 2007). "Identificación sistemática de estructuras de capuchón de 2,2,7-trimetilguanosina de ARN no codificante en Caenorhabditis elegans " . BMC Molecular Biology . 8 : 86. doi : 10.1186/1471-2199-8-86 . PMC 2200864. PMID 17903271 .  
  • Página del ARN espliceosómico SmY en Rfam