Secuencia resbaladiza

Una secuencia resbaladiza es una pequeña sección de secuencias de nucleótidos de codones (generalmente UUUAAAC) que controla la velocidad y la probabilidad de cambio de marco ribosómico . Una secuencia resbaladiza provoca una transferencia ribosómica más rápida que, a su vez, puede hacer que el ribosoma de lectura se "deslice". Esto permite que un ARNt se desplace 1 base (−1) después de haberse emparejado con su anticodón, cambiando el marco de lectura. ^[2]^[3]^[4]^[5]^[6] Un cambio de marco −1 desencadenado por una secuencia de este tipo es un cambio de marco ribosómico −1 programado . Le sigue una región espaciadora y una estructura secundaria de ARN. Estas secuencias son comunes en las poliproteínas de los virus . ^[1]

El desplazamiento del marco de lectura se produce debido al apareamiento oscilatorio. La energía libre de Gibbs de las estructuras secundarias aguas abajo da una pista de la frecuencia con la que se produce el desplazamiento del marco de lectura. ^[7] La tensión en la molécula de ARNm también desempeña un papel. ^[8] Huang et al. ofrecen una lista de secuencias resbaladizas que se encuentran en los virus animales. ^[9]

Se han construido secuencias resbaladizas que causan un deslizamiento de 2 bases (desplazamiento del marco de lectura de −2) a partir de la secuencia UUUUUUA del VIH. ^[8]

Véase también

Referencias

^ ab Jacks T, Madhani HD, Masiarz FR, Varmus HE (noviembre de 1988). "Señales para el cambio de marco de lectura ribosómico en la región gag-pol del virus del sarcoma de Rous". Cell . 55 (3): 447–58. doi :10.1016/0092-8674(88)90031-1. PMC 7133365 . PMID 2846182. S2CID 25672863.
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Enlaces externos

Pseudobase
Recodificar
Frameshifting,+Ribosomal en los Encabezados de Temas Médicos (MeSH) de la Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU.
Wise2: alinea una proteína con una secuencia de ADN , lo que permite cambios de marco e intrones.
FastY: compara una secuencia de ADN con una base de datos de secuencias de proteínas , lo que permite espacios y cambios de marco
Path Archivado el 19 de julio de 2011 en Wayback Machine : herramienta que compara dos proteínas con desplazamiento del marco de lectura ( principio de retrotraducción )
Recode2 - Base de datos de genes recodificados, incluidos aquellos que requieren un cambio de marco de traducción programado.
Página para el elemento de estimulación del cambio de marco del coronavirus en Rfam

[:6-1] Jacks T, Madhani HD, Masiarz FR, Varmus HE (noviembre de 1988). "Señales para el cambio de marco de lectura ribosómico en la región gag-pol del virus del sarcoma de Rous". Cell . 55 (3): 447–58. doi :10.1016/0092-8674(88)90031-1. PMC 7133365 . PMID 2846182. S2CID 25672863.

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[4] "Descripción de la investigación del Dr. Ian Brierley". Departamento de Patología, Universidad de Cambridge . Archivado desde el original el 2013-10-02 . Consultado el 28 de julio de 2013 .

[5] "Biología molecular: el cambio de marco de lectura ocurre en secuencias resbaladizas". Molecularstudy.blogspot.com. 16 de octubre de 2012. Consultado el 28 de julio de 2013 .

[6] Farabaugh PJ, Björk GR (marzo de 1999). "Cómo la precisión traduccional influye en el mantenimiento del marco de lectura". The EMBO Journal . 18 (6): 1427–34. doi :10.1093/emboj/18.6.1427. PMC 1171232 . PMID 10075915.

[7] Cao S, Chen SJ (marzo de 2008). "Predicción de la eficiencia del cambio de marco de lectura ribosomal". Physical Biology . 5 (1): 016002. Bibcode :2008PhBio...5a6002C. doi :10.1088/1478-3975/5/1/016002. PMC 2442619 . PMID 18367782.

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[9] Huang X, Cheng Q, Du Z (2013). "Un análisis de todo el genoma de pseudonudos de ARN que estimulan el desplazamiento eficiente del marco de lectura del ribosoma -1 o la lectura continua en virus animales". BioMed Research International . 2013 : 984028. doi : 10.1155/2013/984028 . PMC 3835772 . PMID 24298557.