Polimorfismo de conformación de cadena simple

El polimorfismo de conformación de cadena simple ( SSCP ), o polimorfismo de cadena simple , se define como una diferencia conformacional de secuencias de nucleótidos de cadena simple de idéntica longitud, inducida por diferencias en las secuencias bajo ciertas condiciones experimentales. Esta propiedad permite distinguir las secuencias mediante electroforesis en gel , que separa los fragmentos según sus diferentes conformaciones. ^{[ 1 ]}

Un cambio de un solo nucleótido en una secuencia particular, como se observa en el ADN de doble cadena, no puede distinguirse mediante técnicas de electroforesis en gel , lo cual se debe a que las propiedades físicas de las cadenas dobles son casi idénticas para ambos alelos. Tras la desnaturalización, el ADN de cadena simple experimenta un plegamiento tridimensional característico y puede adoptar un estado conformacional único en función de su secuencia. La diferencia de forma entre dos cadenas de ADN de cadena simple con secuencias diferentes puede provocar que migren de forma distinta a través de un gel de electroforesis, incluso si el número de nucleótidos es el mismo; de hecho, esta es una aplicación de la técnica SSCP.

SSCP solía ser una forma de descubrir nuevos polimorfismos de ADN aparte de la secuenciación de ADN pero ahora está siendo sustituida por técnicas de secuenciación debido a su eficiencia y precisión. ^{[ 2 ]} Hoy en día, SSCP es más aplicable como herramienta de diagnóstico en biología molecular . Para la detección de mutaciones, los ensayos SSCP generalmente se diseñan en torno a fragmentos cortos de PCR porque la sensibilidad de detección disminuye a medida que aumenta la longitud del amplicón; las evaluaciones clásicas encontraron un óptimo alrededor de 150 pb, y la literatura de revisión comúnmente describe fragmentos menores de 300 pb, preferiblemente menores de 200 pb, como el rango práctico. ^{[ 3 ] [ 4 ]} Puede utilizarse en genotipado para detectar individuos homocigotos de diferentes estados alélicos, así como individuos heterocigotos que deberían mostrar patrones distintos en un experimento de electroforesis. ^{[ 5 ]} La SSCP también se utiliza ampliamente en virología para detectar variaciones en diferentes cepas de un virus, partiendo de la idea de que una partícula viral particular presente en ambas cepas habrá sufrido cambios debido a mutaciones, y que estos cambios harán que las dos partículas adopten conformaciones diferentes y, por lo tanto, sean diferenciables en un gel de SSCP. ^{[ 6 ]}