Efecto de sombra

El efecto sombra ^[1] es un fenómeno que se observa en los estudios genéticos que utilizan métodos no invasivos de recolección de datos genéticos . Se produce cuando no hay suficientes loci y/o loci que tienen una baja varianza de alelos dentro de la población. Como resultado, los investigadores pueden capturar dos individuos separados y etiquetarlos erróneamente como el mismo individuo. Esto puede crear un sesgo negativo en los datos y retratar a una población como más pequeña y menos diversa genéticamente de lo que es. Esto se observa con mayor frecuencia en los métodos de recolección que se basan en ADN ambiental (eADN) que se recolecta directamente del medio ambiente (como heces o cabello extraído del suelo). ^[2] La precisión de los datos de recolección no invasivos se puede aumentar aumentando la cantidad de loci que se examinan durante el estudio. ^[1]

Existen varios tipos de métodos de rarefacción que se pueden utilizar para estimar el tamaño de una especie de varano duro. El estudio del tamaño y la densidad de la población se enmarca en la demografía , el estudio de las poblaciones de cualquier tipo de organismo. ^{[ cita requerida ]}

El método de marcado y recaptura es una forma habitual de recopilación de datos sobre especies con grandes poblaciones. Poder capturar y marcar una especie de forma no invasiva permite obtener lecturas precisas del tamaño de la población, tanto total como efectiva a lo largo de varias rondas de recaptura. Sin embargo, en el caso de especies que son difíciles de capturar o ver directamente, como las especies en peligro de extinción , puede resultar casi imposible utilizar el método de marcado y recaptura para obtener muestras genéticas. ^{[ cita requerida ]}

Otro método para estimar el tamaño de una población es la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (qPCR). La qPCR es un método molecular que mide la amplificación del ADN a lo largo del tiempo en lugar de solo al final de la reacción. ^[3] Este método es útil porque puede basarse en el ADN ambiental para brindar una estimación de la abundancia de una especie en un hábitat determinado. ^{[ cita requerida ]}

Se pueden lograr formas no invasivas de recolección de datos mediante la recolección de pelo, heces u otros fragmentos de material rico en ADN que queden (eDNA). ^[1] Los avances modernos, que alguna vez se consideraron costosos, han permitido que la recolección de datos no invasiva sea más fácil y brinde más información genética sobre una población. ^[4] El código de barras de ADN es un método de identificación de especies que utiliza eDNA para determinar la composición genética única de los individuos y su especie. Este método requiere un acto de equilibrio: mantener suficientes marcadores de loci en los datos genéticos y seguir siendo rentable. ^{[ cita requerida ]}

La probabilidad de identidad (PI _AV ) es la probabilidad de que una muestra seleccionada al azar de una población produzca el mismo genotipo dos veces si no se utilizan suficientes loci durante el estudio. Si se seleccionan loci con poca variación genética o pocos loci, es probable que se identifiquen varios individuos como demasiado similares genéticamente y se excluyan del conjunto de datos. Esto crea un sesgo estadístico negativo , que empuja los resultados hacia una media más pequeña y menos diversa genéticamente de lo que es preciso para la población. Esto se conoce como el efecto sombra. ^[1]

El topillo de Cabrera ( Microtus cabrerae ) es un pequeño roedor en peligro de extinción que pertenece al género Microtus . Existe principalmente en Portugal, pero sus poblaciones pueden ser difíciles de estimar utilizando los métodos típicos de captura y recaptura debido a su pequeño tamaño y su capacidad para dispersarse rápidamente por grandes franjas de pradera. ^[4] Con la introducción y el costo reducido del uso de ADN ambiental (en este caso, heces), pudimos utilizarlo en un experimento de costo relativamente bajo para estimar el tamaño de la población del topillo de Cabrera en el sur de Portugal a cambio de sacrificar información demográfica (edad, sexo, salud). ^[4]

• Ley de Especies en Peligro de Extinción de 1973