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secretoma

El secretoma es el conjunto de proteínas que un organismo expresa y secreta al espacio extracelular . En los humanos, este subconjunto del proteoma comprende entre el 13 % y el ...

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El secretoma es el conjunto de proteínas que un organismo expresa y secreta al espacio extracelular . En los humanos, este subconjunto del proteoma comprende entre el 13 % y el 20 % de todas las proteínas, incluyendo citocinas , factores de crecimiento , proteínas y reguladores de la matriz extracelular y receptores liberados. El secretoma de un tejido específico puede medirse mediante espectrometría de masas , y su análisis constituye un tipo de proteómica conocida como secretómica .

Definición

El término secretoma fue acuñado por Tjalsma y colegas en 2004 para designar todos los factores secretados por una célula, junto con los componentes de la vía secretora. [ 1 ] En 2010, esta definición de secretoma fue revisada para incluir solo las proteínas secretadas al espacio extracelular. [ 2 ] Conceptos relacionados incluyen el matrisoma , que es el subconjunto del secretoma que incluye las proteínas de la matriz extracelular y sus proteínas asociadas; [ 3 ] el receptoma , que incluye todos los receptores de membrana, [ 4 ] y el adhesoma , que incluye todas las proteínas involucradas en la adhesión celular . [ 5 ] [ 6 ]

Cuantificación

Las proteínas secretadas en humanos representan entre el 13 y el 20 % del proteoma total e incluyen factores de crecimiento, quimiocinas, citocinas, moléculas de adhesión, proteasas y receptores liberados. [ 2 ] Se predice que los genes humanos que codifican proteínas (39 %, 19613 genes [ 7 ] ) tienen un péptido señal y/o al menos una región transmembrana que sugiere el transporte activo de la proteína correspondiente fuera de la célula (secreción) o su ubicación en uno de los numerosos sistemas de membrana en la célula. Cada vez hay más evidencia de que, además de la carga proteica, los componentes no proteicos, como lípidos, microARN y ARN mensajero, también pueden ser secretados por las células a través de microvesículas (100–>1000 nm de diámetro) − desprendimiento de la membrana plasmática − y exosomas (30–150 nm de diámetro) − liberados a través del evento de exocitosis endosomal. [ 8 ] Los factores presentes en ambos orgánulos representan hasta el 42% del secretoma y se han incorporado como secretoma colectivo. [ 9 ] Existe una amplia gama de metodologías disponibles para estudiar los secretomas celulares de células vegetales, células de mamíferos, células madre y células cancerosas. [ 9 ]

Véase también

Referencias

  1. ^ Tjalsma, H.; Antelmann, H.; Jongbloed, JDH; Braun, PG; Darmon, E.; Dorenbos, R.; Dubois, J.-YF; Westers, H.; Zanen, G.; Quax, WJ; Kuipers, OP; Bron, S.; Hecker, M.; van Dijl, JM (8 de junio de 2004). "Proteómica de la secreción de proteínas por Bacillus subtilis: separando los" secretos "del secretoma" . Reseñas de Microbiología y Biología Molecular . 68 (2): 207– 233. doi : 10.1128/MMBR.68.2.207-233.2004 . PMC 419921 . PMID 15187182 .  
  2. 1 2 Agrawal GK, Jwa NS, Lebrun MH, Job D, Rakwal R (febrero de 2010). "Secretoma vegetal: desvelando los secretos de las proteínas secretadas". Proteomics . 10 ( 4): 799– 827. doi : 10.1002/pmic.200900514 . PMID 19953550. S2CID 20647387 .  
  3. ↑ Hynes, RO; Naba, A. (21 de septiembre de 2011). "Descripción general del matrisoma: un inventario de los constituyentes y funciones de la matriz extracelular" . Cold Spring Harbor Perspectives in Biology . 4 (1) a004903. doi : 10.1101/cshperspect.a004903 . PMC 3249625. PMID 21937732 .  
  4. ↑ Ben-Shlomo, I.; Yu Hsu, S.; Rauch, R.; Kowalski, HW; Hsueh, AJW (17 de junio de 2003). "Receptoma de señalización: una perspectiva genómica y evolutiva de los receptores de la membrana plasmática involucrados en la transducción de señales". Science Signaling . 2003 (187) re9. doi : 10.1126/stke.2003.187.re9 . PMID 12815191. S2CID 12803444 .  
  5. ↑ Zaidel-Bar, Ronen; Itzkovitz, Shalev; Ma'ayan, Avi; Iyengar, Ravi; Geiger, Benjamin (agosto de 2007). " Atlas funcional del adhesoma de integrina" . Nature Cell Biology . 9 (8): 858– 867. doi : 10.1038/ncb0807-858 . PMC 2735470. PMID 17671451 .  
  6. ↑ Horton, Edward R.; Byron, Adam; Askari, Janet A.; Ng, Daniel HJ; Millon-Frémillon, Angélique; Robertson, Joseph; Koper, Ewa J.; Paul, Nikki R.; Warwood, Stacey; Knight, David; Humphries, Jonathan D.; Humphries, Martin J. (19 de octubre de 2015). "Definición de un adhesoma de integrina de consenso y su dinámica durante el ensamblaje y desensamblaje del complejo de adhesión" . Nature Cell Biology . 17 (12): 1577– 1587. doi : 10.1038/ncb3257 . PMC 4663675. PMID 26479319 .  
  7. ↑ Uhlén M, Fagerberg L, Hallström BM, Lindskog C, Oksvold P, Mardinoglu A, et al. (enero de 2015). " Proteómica. Mapa del proteoma humano basado en tejidos". Science . 347 (6220) 1260419. doi : 10.1126/science.1260419 . PMID 25613900. S2CID 802377 .   
  8. ↑ Xu R, Greening DW, Zhu HJ, Takahashi N, Simpson RJ (abril de 2016). "Aislamiento y caracterización de vesículas extracelulares: hacia la aplicación clínica" . The Journal of Clinical Investigation . 126 (4): 1152– 62. doi : 10.1172/JCI81129 . PMC 4811150. PMID 27035807 .  
  9. 1 2 Mukherjee P, Mani S (noviembre de 2013). "Metodologías para descifrar el secretoma celular" . Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteínas y proteómica . 1834 ( 11): 2226– 32. doi : 10.1016/j.bbapap.2013.01.022 . PMC 3652893. PMID 23376189 .  

Lecturas adicionales

  • Secretoma en la lista alfabética de omes y omics de Omics.org
  • Lum G, Min XJ (2011). "FunSecKB: la base de conocimientos del secretoma fúngico" . Base de datos . 2011 bar001. doi : 10.1093/database/bar001 . PMC 3263735. PMID 21300622 .  
  • Meinken J, Walker G, Cooper CR, Min XJ (2015). "MetazSecKB: la base de datos de conocimiento del secretoma y proteoma subcelular humano y animal" . Base de datos . 2015 bav077. doi : 10.1093/database/bav077 . PMC 4529745. PMID 26255309 .