Notación de líneas SYBYL

Los atributos, cadenas entre corchetes con datos adicionales [key1=value1, key2...], son una característica fundamental de SLN. Los atributos se pueden aplicar a átomos y enlaces. Los atributos no definidos oficialmente están disponibles para que los usuarios los desarrollen mediante extensiones privadas.

Al buscar moléculas, se pueden usar operadores de comparación como en lugar del signo de igual habitual. Un prefijo a un grupo clave/valor invierte el resultado de la comparación.fcharge>-0.125!

Las moléculas o reacciones completas también pueden tener atributos. Los corchetes se cambian por un par de signos.<>

Todo lo que empieza con una letra mayúscula identifica un átomo en SLN. Los hidrógenos no se añaden automáticamente, pero los enlaces simples con hidrógeno se pueden abreviar para compuestos orgánicos, resultando en en CH4lugar de C(H)(H)(H)Hpara el metano . El autor argumenta que los hidrógenos explícitos permiten un análisis más robusto.

Los atributos definidos para los átomos incluyen I=el número de masa isotópica, charge=la carga formal, fchargela carga parcial, s=la estereoquímica y spin=los radicales ( s, d, trespectivamente para singlete , doblete , triplete ). Una carga formal de charge=2puede abreviarse como +2, y viceversa para cargas negativas; -y +se reconoce adicionalmente como cargas −1 o +1. *es una abreviatura de spin=d. La estereoquímica en los átomos es mayoritariamente tetraédrica, con R/ Sy D/ Ldisponibles entre otros; puede ser explícita ( E) o relativa ( R), o especificar una mezcla ( M) de estereoisómeros en este átomo. Se proporciona una notación normal/invertida ( N/ I), equivalente a @@y @en SMILES. Se proporcionan muchos atributos adicionales para la búsqueda.

Además de los átomos elementales, SLN admite la especificación de átomos comodín: Any(coincide con cualquier átomo) y Hev(coincide con cualquier átomo pesado). También cuenta con una extensa sintaxis Markush para especificar bibliotecas combinatorias y consultas RGROUP. SLN dispone de varios tipos de átomos de consulta para la coincidencia de grupos de átomos. Cada tipo incluye el nombre del grupo, seguido de un número entero positivo opcional.

El 0número de masa " " denota el isótopo usual, por lo que N[I=0]es igual N[I=14]a coincidir con ¹⁴ N y N[!I=0]coincidir con cualquier otro isótopo.

SLN utiliza en gran medida la misma notación de enlaces que SMILES, con -, =, #, y :para enlaces simples, dobles, triples y aromáticos. .se utiliza para enlaces de orden cero, de forma similar a SMILES de reacción, aunque +se prefiere a para moléculas distintas.

La mayoría de los enlaces simples son implícitos, por lo que ₍CH3CH3 CH₃CH₃ ₎ puede usarse en lugar de (CH₃ _– CH₃ ₎ para el etano . Los enlaces simples explícitos son útiles para enlaces de tres centros.CH3-CH3

El s=atributo se define para los enlaces dobles, para transmitir información estereoquímica en notación E – Z ( E/ Z) o cis – trans ( c/ ). / está disponible y representa la cadena "principal", que es trans o cis entre sí.tNI

SLN escribe anillos en un patrón más explícito que SMILES, con el benceno especificado como C[1]H:CH:CH:CH:CH:CH:@1. Un átomo se etiqueta como un ancla en el anillo con un único atributo numérico, y @1luego se puede usar para especificar este átomo (en nuestro caso, "número uno") para el enlace de vuelta.

Las ramas SLN son idénticas a las ramas SMILES, con paréntesis que las especifican. El ácido propiónico es CH3CH2C(=O)OH(${\displaystyle {\ce {\scriptstyle CH3CH2C(=O)OH}}}$).

SLN admite reacciones que conectan los reactivos y los productos. Es posible realizar un mapeo de átomos mediante el uso de atributos. El atributo de centro de reacción (rc) se puede agregar a los enlaces, y el atributo de conversión quiral (cc) a los átomos.->[#num]

Se pueden combinar varias líneas en una sola línea sintáctica escribiendo una \barra invertida (\) al final de cada una. Esto permite dividir una línea larga en varias líneas, por ejemplo, en una reacción donde cada molécula se encuentra en una línea diferente.