STRIDE (algoritmo)

En la estructura de proteínas , STRIDE ( Identificación estructural ) es un algoritmo para la asignación de elementos de estructura secundaria de proteínas a partir de las coordenadas atómicas de la proteína, definidas por cristalografía de rayos X , RMN de proteínas u otro método de determinación de la estructura de proteínas. Además de los criterios de enlaces de hidrógeno utilizados por el algoritmo DSSP más común , los criterios de asignación de STRIDE también incluyen potenciales de ángulo diedro . Por lo tanto, sus criterios para definir estructuras secundarias individuales son más complejos que los de DSSP. La función de energía de STRIDE contiene un término de enlace de hidrógeno que contiene un potencial dependiente de la distancia tipo Lennard-Jones 8-6 y dos factores de dependencia angular que reflejan la planaridad de la geometría optimizada del enlace de hidrógeno. Los criterios para los elementos estructurales secundarios individuales, que se dividen en los mismos grupos que los informados por DSSP, también contienen factores de probabilidad estadística derivados de exámenes empíricos de estructuras resueltas con elementos de estructura secundaria asignados visualmente extraídos del Protein Data Bank .

Aunque DSSP es el método más antiguo y sigue siendo el más utilizado, la definición original de STRIDE informó que proporcionaba una asignación estructural más satisfactoria en al menos el 70% de los casos. En particular, se observó que STRIDE corregía la propensión de DSSP a asignar estructuras secundarias más cortas que las que asignaría un cristalógrafo experto, generalmente debido a las pequeñas variaciones locales en la estructura que son más comunes cerca de los extremos de los elementos de la estructura secundaria. ^{[ 1 ]} Utilizando un método de ventana deslizante para suavizar las variaciones en la asignación de residuos terminales individuales, se informa que las implementaciones actuales de STRIDE y DSSP coinciden hasta en el 95,4% de los casos. ^{[ 2 ]} Se cree que tanto STRIDE como DSSP, entre otros métodos comunes de asignación de estructura secundaria, subestiman las hélices pi . ^{[ 3 ]}

• DSSP

• STRIDE - incluye interfaz web, una copia impresa del documento original de STRIDE y documentación del software.
• Documento sobre la implementación original del servidor web