QIIME

QIIME ( en inglés: / tʃ aɪ m / ch-eye-m ) es una plataforma de ciencia de datos bioinformáticos , desarrollada originalmente para el análisis de datos de secuenciación de amplicones de genes marcadores del microbioma de alto rendimiento (por ejemplo, genes de ARNr 16S o 18S ) . Existen dos versiones principales de la plataforma QIIME: QIIME 1 ^[¹^]^[²^] y QIIME 2. ^[³^]^[⁴^]

Si bien el análisis de genes marcadores del microbioma sigue siendo un aspecto fundamental de QIIME 2, los desarrolladores lo describen como una plataforma multiómica del microbioma, y ya existe o se está añadiendo soporte para el análisis de datos de metagenómica y metatranscriptómica de secuenciación masiva , así como para datos de espectrometría de masas metabolómica .

El desarrollo de QIIME 1 se inició en el Laboratorio Knight de la Universidad de Colorado en Boulder , y la primera versión de QIIME 1 se lanzó el 26 de enero de 2010. A partir de agosto de 2011, el desarrollo de QIIME 1 fue liderado como una colaboración entre el Laboratorio Caporaso de la Universidad del Norte de Arizona y el Laboratorio Knight.

En enero de 2018, QIIME 2 sucedió a QIIME 1. El desarrollo de QIIME 2 está liderado por el Laboratorio Caporaso , pero el proyecto sigue siendo un esfuerzo comunitario, con desarrolladores dispersos por todo el mundo. Los usuarios y desarrolladores de QIIME 2 pueden obtener ayuda con la plataforma y la red a través del Foro de QIIME 2. ^{[ 5 ]}

"QIIME" se acuñó originalmente como un acrónimo de Quantitative Insights Into Microbial Ecology (Perspectivas Cuantitativas sobre la Ecología Microbiana) , pero desde el desarrollo de QIIME 2 este acrónimo no se ha utilizado (por ejemplo, el acrónimo no se mencionó en la publicación sobre QIIME 2).

Véase también

Sitio web de QIIME 2
Ecología microbiana
Microbioma

Referencias

↑ "QIIME" . qiime.org . Consultado el 19 de enero de 2024 .
↑ Caporaso, J. Gregory; Kuczynski, Justin; Stombaugh, Jesse; Bittinger, Kyle; et al. (mayo de 2010). "QIIME permite el análisis de datos de secuenciación de comunidades de alto rendimiento" . Nature Methods . 7 (5): 335– 336. doi : 10.1038/nmeth.f.303 . PMC 3156573 .
↑ "QIIME 2" . qiime2.org . Consultado el 19 de enero de 2024 .
↑ Bolyen, Evan; Rideout, Jai Ram; Dillon, Matthew R.; Bokulich, Nicholas A.; et al. (agosto de 2019). "Ciencia de datos del microbioma reproducible, interactiva, escalable y extensible utilizando QIIME 2" . Nature Biotechnology . 37 (8): 852– 857. doi : 10.1038/s41587-019-0209-9 . hdl : 1721.1/125325 . PMC 7015180 .
↑ «QIIME 2 ha sucedido a QIIME 1» . Noticias y anuncios de QIIME . 2018-01-03 . Consultado el 19 de enero de 2024 .

[1] "QIIME" . qiime.org . Consultado el 19 de enero de 2024 .

[2] Caporaso, J. Gregory; Kuczynski, Justin; Stombaugh, Jesse; Bittinger, Kyle; et al. (mayo de 2010). "QIIME permite el análisis de datos de secuenciación de comunidades de alto rendimiento" . Nature Methods . 7 (5): 335– 336. doi : 10.1038/nmeth.f.303 . PMC 3156573 .

[3] "QIIME 2" . qiime2.org . Consultado el 19 de enero de 2024 .

[4] Bolyen, Evan; Rideout, Jai Ram; Dillon, Matthew R.; Bokulich, Nicholas A.; et al. (agosto de 2019). "Ciencia de datos del microbioma reproducible, interactiva, escalable y extensible utilizando QIIME 2" . Nature Biotechnology . 37 (8): 852– 857. doi : 10.1038/s41587-019-0209-9 . hdl : 1721.1/125325 . PMC 7015180 .

[5] «QIIME 2 ha sucedido a QIIME 1» . Noticias y anuncios de QIIME . 2018-01-03 . Consultado el 19 de enero de 2024 .

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