Hispanopedia Wiki
Articulo de referencia

Base de datos de identificaciones proteómicas

La base de datos PRIDE ( PRoteomics IDEntifications database ) es un repositorio público de datos de proteómica basados ​​en espectrometría de masas , y es mantenida por el Inst...

Hispanopedia WikiContenido en espanolLectura gratuita

La base de datos PRIDE ( PRoteomics IDEntifications database ) es un repositorio público de datos de proteómica basados ​​en espectrometría de masas , y es mantenida por el Instituto Europeo de Bioinformática como parte del Equipo de Proteómica. [ 1 ]

Diseñado originalmente por Lennart Martens en 2003 durante una estancia en el Instituto Europeo de Bioinformática como becario Marie Curie de la Comisión Europea en el Programa "Calidad de Vida" (Número de contrato: QLRI-1999-50595), PRIDE se estableció como un servicio de producción en 2005. [ 2 ] El documento original de solicitud de subvención de junio de 2013 para comenzar la construcción de PRIDE se ha publicado desde entonces en un artículo de opinión. [ 3 ] [ 4 ] Se han construido varias bases de datos de proteómica similares, incluidas GPMDB, PeptideAtlas , Proteinpedia y NCBI Peptidome. [ 1 ]

La base de datos PRIDE constituye un repositorio de datos estructurado y almacena los datos experimentales originales de los investigadores sin ningún control editorial sobre los datos enviados.

En total, PRIDE contiene datos de aproximadamente 60 especies, la mayor parte de los cuales proviene de muestras humanas (incluidos los datos de los dos borradores de proteomas humanos [ 5 ] [ 6 ] ), seguidos por la mosca de la fruta Drosophila melanogaster y el ratón. [ 1 ]

Formatos y proceso de envío

Dado que actualmente no es posible recopilar datos proteómicos detallados a partir de la literatura existente, la fuente de datos de PRIDE son exclusivamente las contribuciones de investigadores académicos.

PRIDE es un repositorio público que cumple con los estándares, lo que significa que su propio formato de intercambio de datos basado en XML para envíos, PRIDE XML, se construyó en torno al estándar mzData de la Iniciativa de Estándares de Proteómica para espectrometría de masas . Recientemente, PRIDE se ha adaptado para funcionar con los estándares modernos mzML [ 7 ] y mzIdentML [ 8 ] de la Iniciativa de Estándares de Proteómica . [ 9 ] Un formato adicional, denominado mzTab, puede utilizarse como una forma simplificada de enviar datos cuantitativos de proteómica . [ 10 ]

Debido a la gran variedad de instrumentos de espectrometría de masas y formatos de software disponibles en el mercado, los científicos de laboratorio sin una sólida formación en bioinformática ni soporte informático tenían dificultades para convertir sus datos a PRIDE XML. El desarrollo de PRIDE Converter ayudó a solucionar este problema. [ 11 ] PRIDE Converter es una herramienta, escrita en el lenguaje de programación Java , que convierte 15 formatos diferentes de datos de espectrometría de masas a PRIDE XML mediante una interfaz gráfica de usuario intuitiva . Es de libre acceso y de código abierto bajo la permisiva Licencia Apache . En 2012 se lanzó una nueva versión de PRIDE Converter, denominada PRIDE Converter 2. [ 12 ] Esta nueva versión supuso una reescritura completa, centrada en una fácil adaptación a diferentes fuentes de datos (en constante evolución).

Navegación, búsqueda y minería de datos PRIDE

Actualmente, se pueden consultar datos de PRIDE a través de la interfaz web de PRIDE, mediante el cliente Java independiente PRIDE Inspector, [ 13 ] o directamente con varios motores de búsqueda a través de PeptideShaker. [ 14 ] Además, una nueva API RESTful permite un acceso programático conveniente al archivo de PRIDE. [ 15 ]

El uso extensivo de vocabularios controlados (VC) y ontologías para la anotación de datos de forma flexible pero sensible al contexto, junto con la capacidad de realizar consultas inteligentes mediante estas anotaciones, son características clave de PRIDE. [ 16 ]

Participación en ProteomeXchange

El consorcio ProteomeXchange se creó para facilitar el envío coordinado de datos de proteómica por espectrometría de masas a los principales repositorios de proteómica existentes y para fomentar una difusión óptima de los datos. [ 17 ] El consorcio incluye varias bases de datos miembros, como PRIDE y PeptideAtlas . La idea original de ProteomeXchange surgió de una reunión en la conferencia HUPO 2005 en Múnich, [ 18 ] donde los principales repositorios de datos de proteómica de la época acordaron en principio intercambiar sus datos y, por lo tanto, proporcionar un medio para que el usuario encontrara datos de proteómica públicos en cualquiera de las bases de datos participantes. Debido al rápido desarrollo del campo y a la necesidad de desarrollar primero estándares adecuados para el intercambio de datos, transcurrieron casi diez años desde esa reunión hasta la implementación de este sistema, un esfuerzo que fue financiado por la subvención de la Acción de Coordinación «ProteomeXchange» del Séptimo Programa Marco de la Comisión Europea. [ 19 ]

Recuperación de datos tras la interrupción de Peptidome

La base de datos Peptidome del NCBI se descontinuó en 2011, pero un esfuerzo conjunto de los equipos PRIDE y Peptidome dio como resultado la transferencia de todos los datos de Peptidome a PRIDE. [ 20 ] [ 21 ] [ 22 ]

Referencias

  1. 1 2 3 Vizcaíno, JA; Côté, R; Reisinger, F; Barsnes, H; Foster, JM; Rameseder, J; Hermjakob, H; Martens, L (2010). "La base de datos de identificaciones proteómicas: actualización de 2010" . Nucleic Acids Res . 38 (Base de datos): D736–42. doi : 10.1093/nar/ gkp964 . PMC 2808904. PMID 19906717 .  
  2. ^ Martens, L; Hermjakob, H; Jones, P; Adamski, M; Taylor, C; Estados, D; Gevaert, K; Vandekerckhove, J; Apweiler, R (agosto de 2005). "PRIDE: La base de datos de PRoteomics IDEntifications" . Proteómica . 5 (13): 3537– 45. doi : 10.1002/pmic.200401303 . PMID 16041671 . S2CID 28998489 .  
  3. ↑ "Solicitud de formación en el centro de formación Marie Curie de la UE del EMBL-EBI" (PDF) .
  4. ↑ Martens, Lennart (marzo de 2016). "Datos proteómicos públicos: cómo el campo ha evolucionado desde la investigación escéptica hasta la promesa de la proteómica in silico" . EuPA Open Proteomics . 11 : 42–44 . doi : 10.1016/j.euprot.2016.02.005 . PMC 5988554. PMID 29900110 .  
  5. ↑ Guillermo, M; Schlegl, J; Hahne, H; Moghaddas Gholami, A; Lieberenz, M; Savitski, MM; Ziegler, E; Butzmann, L; Gessulat, S; Marx, H; Mathieson, T; Lemeer, S; Schnatbaum, K; Reimer, U; Wenschuh, H; Mollenhauer, M; Slotta-Huspenina, J; Boese, JH; Bantscheff, M; Gerstmair, A; Faerber, F; Kuster, B (29 de mayo de 2014). "Borrador del proteoma humano basado en espectrometría de masas". Naturaleza . 509 (7502): 582– 7. Bibcode : 2014Natur.509..582W . doi : 10.1038/naturaleza13319 . PMID 24870543 . S2CID 4467721 .  
  6. ^ Kim, MS; Pinto, SM; Getnet, D; Nirujogi, RS; Manda, SS; Chaerkady, R; Madugundu, Alaska; Kelkar, DS; Isserlin, R; Jainista, S; Thomas, JK; Muthusamy, B; Leal-Rojas, P; Kumar, P; Sahasrabuddhe, NA; Balakrishnan, L; Advani, J; Jorge, B; Renusa, S; Selván, LD; Patil, AH; Nanjappa, V; Radhakrishnan, A; Prasad, S; Subbannayya, T; Raju, R; Kumar, M; Sreenivasamurthy, SK; Marimuthu, A; Sathe, GJ; Chaván, S; Datta, KK; Subbannayya, Y; Sahu, A; Yelamanchi, SD; Jayaram, S; Rajagopalan, P; Sharma, J; Murthy, KR; Syed, N; Goel, R; Khan, AA; Ahmad, S; Dey, G; Mudgal, K; Chatterjee, A; Huang, TC; Zhong, J; Wu, X; Shaw, PG; Freed, D; Zahari, MS; Mukherjee, KK; Shankar, S; Mahadevan, A; Lam, H; Mitchell, CJ; Shankar, SK; Satishchandra, P; Schroeder, JT; Sirdeshmukh, R; Maitra, A; Leach, SD; Drake, CG; Halushka, MK; Prasad, TS; Hruban, RH; Kerr, CL; Bader, GD; Iacobuzio-Donahue, CA; Gowda, H; Pandey, A (29 de mayo de 2014). "Un mapa preliminar del proteoma humano" . Nature . 509 (7502): 575– 81. Bibcode : 2014Natur.509..575K . doi : 10.1038/ nature13302 . PMC 4403737. PMID 24870542 .  
  7. ↑ Martens, L; Chambers, M; Sturm, M; Kessner, D; Levander, F; Shofstahl, J; Tang, WH; Römpp, A; Neumann, S; Pizarro, AD; Montecchi-Palazzi, L; Tasman, N; Coleman, M; Reisinger, F; Souda, P; Hermjakob, H; Binz, PA; Deutsch, EW (enero de 2011). "mzML: un estándar comunitario para datos de espectrometría de masas" . Molecular & Cellular Proteomics . 10 (1) R110.000133. doi : 10.1074/ mcp.R110.000133 . PMC 3013463. PMID 20716697 .  
  8. ↑ Jones, AR; Eisenacher, M; Mayer, G; Kohlbacher, O; Siepen, J; Hubbard, SJ; Selley, JN; Searle, BC; Shofstahl, J; Seymour, SL; Julian, R; Binz, PA; Deutsch, EW; Hermjakob, H; Reisinger, F; Griss, J; Vizcaíno, JA; Chambers, M; Pizarro, A; Creasy, D (julio de 2012). "El estándar de datos mzIdentML para resultados de proteómica basados ​​en espectrometría de masas" . Molecular & Cellular Proteomics . 11 (7) M111.014381. doi : 10.1074/mcp.M111.014381 . PMC 3394945. PMID 22375074 .  
  9. ↑ Deutsch, EW; Albar, JP; Binz, PA; Eisenacher, M; Jones, AR; Mayer, G; Omenn, GS; Orchard, S; Vizcaíno, JA; Hermjakob, H (mayo de 2015). "Desarrollo de estándares de representación de datos por la iniciativa de estándares de proteómica de la organización del proteoma humano" . Journal of the American Medical Informatics Association . 22 (3): 495– 506. doi : 10.1093/jamia/ocv001 . PMC 4457114. PMID 25726569 .  
  10. ↑ Griss, J; Jones, AR; Sachsenberg, T; Walzer, M; Gatto, L; Hartler, J; Thallinger, GG; Salek, RM; Steinbeck, C; Neuhauser, N; Cox, J; Neumann, S; Fan, J; Reisinger, F; Xu, QW; Del Toro, N; Pérez-Riverol, Y; Ghali, F; Bandeira, N; Xenarios, I; Kohlbacher, O; Vizcaíno, JA; Hermjakob, H (octubre de 2014). "El formato de intercambio de datos mzTab: comunicar los resultados experimentales de proteómica y metabolómica basados ​​en espectrometría de masas a un público más amplio" . Molecular & Cellular Proteomics . 13 (10): 2765–75 . doi : 10.1074/mcp.o113.036681 . PMC 4189001 . PMID 24980485 .  
  11. ↑ Barsnes, H; Vizcaíno, JA; Eidhammer, I; Martens, L (2009). "PRIDE Converter: haciendo que compartir datos de proteómica sea fácil". Nat Biotechnol . 27 (7): 598– 9. doi : 10.1038/nbt0709-598 . PMID 19587657. S2CID 205269351 .  
  12. ^ Costa, RG; Griss, J; Dianes, JA; Wang, R; Wright, JC; van den Toorn, HW; van Breukelen, B; Diablos, AJ; Hulstaert, N; Martens, L; Reisinger, F; Csordas, A; Ovelleiro, D; Pérez-Rivevol, Y; Barsnes, H; Hermjakob, H; Vizcaíno, JA (diciembre de 2012). "El marco PRoteomics IDEntification (PRIDE) Converter 2: un conjunto mejorado de herramientas para facilitar el envío de datos a la base de datos PRIDE y al consorcio ProteomeXchange" . Proteómica molecular y celular . 11 (12): 1682– 9. doi : 10.1074/mcp.o112.021543 . PMC 3518121 . PMID 22949509 .  
  13. ^ Wang, R; Fabregat, A; Ríos, D; Ovelleiro, D; fomentar, JM; Côté, RG; Griss, J; Csordas, A; Pérez-Riverol, Y; Reisinger, F; Hermjakob, H; Martens, L; Vizcaíno, JA (febrero de 2012). "PRIDE Inspector: una herramienta para visualizar y validar datos proteómicos de MS" . Biotecnología de la Naturaleza . 30 (2): 135– 7. doi : 10.1038/nbt.2112 . PMC 3277942 . PMID 22318026 .  
  14. ↑ Vaudel, M; Burkhart, JM; Zahedi, RP; Oveland, E; Berven, FS; Sickmann, A; Martens, L; Barsnes, H (enero de 2015). "PeptideShaker permite el reanálisis de conjuntos de datos proteómicos derivados de MS". Nature Biotechnology . 33 (1): 22– 4. doi : 10.1038/nbt.3109 . PMID 25574629 . S2CID 27922651 .  
  15. ↑ Reisinger, F; Del-Toro, N; Ternent, T; Hermjakob, H; Vizcaíno, JA (22 de abril de 2015). "Presentación de los servicios web RESTful del archivo PRIDE" . Nucleic Acids Research . 43 (W1): W599–604. doi : 10.1093/nar/ gkv382 . PMC 4489246. PMID 25904633 .  
  16. ↑ Vizcaíno, JA; Côté, R; Reisinger, F; Mueller, M; Foster, JM; Rameseder, J; Hermjakob, H; Martens, L (2009). "Una guía para la proteómica" . Identifications Database Proteomics Data Repository . 9 (18 ) : 4276– 83. doi : 10.1002/pmic.200900402 . PMC 2970915. PMID 19662629 .  
  17. ↑ Vizcaíno, JA; Deutsch, EW; Wang, R; Csordas, A; Reisinger, F; Ríos, D; Dianes, JA; Sol, Z; Farrah, T; Bandeira, N; Binz, Pensilvania; Xenarios, yo; Eisenacher, M; Mayer, G; Gatto, L; Campos, A; Chalkley, RJ; Kraus, HJ; Alba, JP; Martínez-Bartolomé, S; Apweiler, R; Presagio, GS; Martens, L; Jones, AR; Hermjakob, H (marzo de 2014). "ProteomeXchange proporciona envío y difusión de datos proteómicos coordinados a nivel mundial" . Biotecnología de la Naturaleza . 32 (3): 223– 6. doi : 10.1038/nbt.2839 . PMC 3986813 . PMID 24727771 .  
  18. ↑ Hermjakob, H; Apweiler, R (febrero de 2006). "La base de datos de identificaciones proteómicas (PRIDE) y el consorcio ProteomExchange: haciendo accesibles los datos proteómicos" . Expert Review of Proteomics . 3 (1): 1– 3. doi : 10.1586/14789450.3.1.1 . PMID 16445344 . 
  19. ↑ "Comisión Europea : CORDIS : Proyectos y resultados: Intercambio internacional de datos y estándares de representación de datos para proteómica" . cordis.europa.eu . Consultado el 22 de septiembre de 2017 .  
  20. ↑ Csordas, A; Wang, R; Ríos, D; Reisinger, F; Foster, JM; Slotta, DJ; Vizcaíno, JA; Hermjakob, H (mayo de 2013). "Del peptidoma a PRIDE: migración de datos proteómicos públicos a gran escala" . Proteomics . 13 ( 10–11 ): 1692–5 . doi : 10.1002/pmic.201200514 . PMC 3717177. PMID 23533138 .  
  21. ↑ Martens, L (mayo de 2013). "Resiliencia en el ecosistema de datos de proteómica: cómo el campo cuida sus datos" . Proteomics . 13 ( 10–11 ) : 1548–50 . doi : 10.1002/pmic.201300118 . hdl : 1854/LU-4166053 . PMID 23596016. S2CID 8041195 .  
  22. ↑ "Peptidoma - Recurso de datos de péptidos del NCBI" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Archivado del original el 7 de julio de 2009.
  • Página principal de PRIDE