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Articulo de referencia

ProtCID

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Ejemplo de grupo de interfaces similares de proteínas homólogas identificadas por ProtCID: homodímeros similares de quinasas ERBB (EGFR, ERBB2, ERBB4) asociados con la activación de la quinasa. [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] Cada monómero está coloreado de azul a rojo desde el extremo N al extremo C. ProtCID proporciona scripts de PyMol para cada grupo para producir imágenes similares.

La base de datos de interfaces comunes de proteínas ( ProtCID ) es una base de datos de interfaces proteína-proteína similares en estructuras cristalinas de proteínas homólogas . [ 1 ] [ 5 ]

Su objetivo principal es identificar y agrupar las interfaces homodiméricas y heterodiméricas observadas en múltiples formas cristalinas de proteínas homólogas. Dichas interfaces, especialmente las de proteínas o complejos proteicos no idénticos, se han asociado con interacciones biológicamente relevantes. [ 6 ]

Una interfaz común en ProtCID indica interacciones cadena-cadena o dominio-dominio que ocurren en diferentes formas cristalinas. A todas las secuencias de proteínas de estructura conocida en el Protein Data Bank (PDB) [ 7 ] se les asigna una " arquitectura de cadena Pfam ", que denota las asignaciones Pfam [ 8 ] ordenadas para esa secuencia, p. ej. (Pkinase) o (Cyclin_N)_(Cyclin_C). Se comparan las interfaces homodiméricas en todos los cristales que contienen arquitecturas de dominio o cadena particulares, independientemente de si hay otros tipos de proteínas en los cristales. También se comparan todas las interfaces entre dos dominios Pfam diferentes o arquitecturas Pfam en todas las entradas PDB que los contienen (p. ej., (Pkinase) y (Cyclin_N)_(Cyclin_C)). Tanto para homodímeros como para heterodímeros, las interfaces se agrupan en interfaces comunes en función de una puntuación de similitud.

ProtCID informa sobre el número de formas cristalinas que contienen una interfaz común, el número de entradas PDB, el número de anotaciones de ensamblaje biológico PDB y PISA [ 9 ] que contienen la misma interfaz, el área superficial promedio y la identidad de secuencia mínima de las proteínas que contienen la interfaz. ProtCID proporciona una verificación independiente de las anotaciones de interacciones biológicas disponibles públicamente para las entradas PDB.

ProtCID también contiene grupos de interfaces entre dominios proteicos y péptidos, ácidos nucleicos y ligandos.

Véase también

Referencias

  1. 1 2 Xu, Q.; Dunbrack, RL (2010). "La base de datos de interfaz común de proteínas (ProtCID): una base de datos integral de interacciones de proteínas homólogas en múltiples formas cristalinas" . Nucleic Acids Research . 39 (número especial de bases de datos): D761–70. doi : 10.1093/nar/gkq1059 . PMC 3013667. PMID 21036862 .  
  2. ↑ Zhang, X.; Gureasko, J.; Shen, K.; Cole, PA; Kuriyan, J. (2006). "Un mecanismo alostérico para la activación del dominio quinasa del receptor del factor de crecimiento epidérmico" . Cell . 125 (6): 1137– 1149. doi : 10.1016/j.cell.2006.05.013 . PMID 16777603 . 
  3. ^ Aertgeerts, K.; Skene, R.; Yano, J.; Sang, B.-C.; Zou, H.; Snell, G.; Jennings, A.; Iwamoto, K.; Habuka, N.; Hirokawa, A.; Ishikawa, T.; Tanaka, T.; Miki, H.; Ohta, Y.; Sogabe, S. (2011). "Análisis estructural del mecanismo de inhibición y activación alostérica del dominio quinasa de la proteína HER2" . Revista de Química Biológica . 286 (21): 18756– 18765. doi : 10.1074/jbc.M110.206193 . PMC 3099692 . PMID 21454582 .  
  4. ↑ Qiu, C.; Tarrant, MK; Choi, SH; Sathyamurthy, A.; Bose, R.; Banjade, S.; Pal, A.; Bornmann, WG; Lemmon, MA ; Cole, PA; Leahy, DJ (2008). "Mecanismo de activación e inhibición de la quinasa HER4/ErbB4" . Structure . 16 (3): 460– 467. doi : 10.1016/j.str.2007.12.016 . PMC 2858219 . PMID 18334220 .  
  5. ↑ Xu, Q; Dunbrack, RL (5 de febrero de 2020). "ProtCID: un recurso de datos para información estructural sobre interacciones proteicas" . Nature Communications . 11 (1): 711. Bibcode : 2020NatCo..11..711X . doi : 10.1038/s41467-020-14301-4 . PMC 7002494. PMID 32024829 .  
  6. ↑ Xu, Qifang; Canutescu, Adrian A.; Wang, Guoli; Shapovalov, Maxim; Obradovic, Zoran; Dunbrack, Roland L. (2008). " Análisis estadístico de la similitud de la interfaz en cristales de proteínas homólogas" . Journal of Molecular Biology . 381 (2): 487– 507. doi : 10.1016/j.jmb.2008.06.002 . PMC 2573399. PMID 18599072 .  
  7. ^ Berman, HM; Battistuz, T.; Bhat, TN; Bluhm, WF; Bourne, PE; Burkhardt, K.; Feng, Z.; Gilliland, GL; Tipo, L.; Jainista, S.; Fagan, P.; Marvin, J.; Padilla, D.; Ravichandran, V.; Schneider, B.; Gracias, N.; Weissig, H.; Westbrook, JD; Zardecki, C. (2002). "El banco de datos de proteínas" . Acta Crystallographica Sección D. 58 (Parte 6 No 1): 899– 907. Bibcode : 2002AcCrD..58..899B . doi : 10.1107/S0907444902003451 . PMID 12037327 . 
  8. ↑ Punta, M.; Coggill, PC; Eberhardt, RY; Mistry, J.; Tate, J.; Boursnell, C.; Pang, N.; Forslund, K.; Ceric, G.; Clements, J.; Heger, A.; Holm, L.; Sonnhammer, ELL; Eddy, SR; Bateman, A.; Finn, RD (2011). "La base de datos de familias de proteínas Pfam" . Nucleic Acids Research . 40 (número especial de bases de datos): D290– D301. doi : 10.1093 / nar/gkr1065 . PMC 3245129. PMID 22127870 .  
  9. ↑ Krissinel, E.; Henrick, K. (2007). "Inferencia de ensamblajes macromoleculares a partir del estado cristalino". Journal of Molecular Biology . 372 (3): 774– 797. doi : 10.1016/j.jmb.2007.05.022 . PMID 17681537 . 
  • https://dunbrack2.fccc.edu/protcid
  • Interfaces, superficies y ensamblajes de proteínas (PISA)
  • https://www.rcsb.org