ProBiS

ProBiS es un software que permite predecir los sitios de unión y sus ligandos correspondientes para una estructura proteica dada. Inicialmente, ProBiS fue desarrollado como un algoritmo por Janez Konc y Dušanka Janežič en 2010 ^{[ 1 ]} y ahora está disponible como servidor ProBiS, servidor ProBiS CHARMMing, algoritmo ProBiS y complemento ProBiS. El nombre ProBiS proviene del propósito del software, que es predecir, para una estructura proteica dada , los sitios de unión y sus ligandos correspondientes.

El software ProBiS comenzó como un algoritmo ProBiS que detecta sitios estructuralmente similares en superficies proteicas mediante la alineación de la estructura superficial local utilizando un algoritmo rápido de clique máximo . Posteriormente, se desarrolló el servidor ProBiS, que proporciona acceso al programa ProBiS para la detección de sitios de unión de proteínas a partir de alineaciones estructurales locales. Existen dos servidores ProBiS disponibles: el servidor ProBiS y el servidor ProBiS CHARMMing. Este último conecta los servidores ProBiS y CHARMMing en una unidad funcional que permite la predicción de complejos proteína-ligando, así como la optimización de su geometría y el cálculo de la energía de interacción. El servidor ProBiS CHARMMing, con estas funciones adicionales, solo puede utilizarse en los Institutos Nacionales de la Salud (NIH) de EE. UU. En otros casos, funciona como un servidor ProBiS convencional. Además, se han creado un complemento ProBiS PyMOL y un complemento ProBiS UCSF Chimera . Ambos complementos se conectan a través de internet a una base de datos de reciente creación con comparaciones de sitios de unión precalculados, lo que permite la predicción rápida de sitios de unión en proteínas existentes del Protein Data Bank. Permiten visualizar los sitios de unión previstos y las conformaciones de los ligandos en gráficos tridimensionales.

Detectar sitios de unión estructuralmente similares

Esta herramienta toma como entrada una proteína de consulta o un sitio de unión. El algoritmo ProBiS compara estructuralmente la consulta, independientemente de su secuencia o plegamiento, con una base de datos de estructuras proteicas no redundantes. El resultado de esta herramienta es una representación tridimensional de la proteína de consulta, coloreada según su grado de conservación estructural (desde azul, no conservada, hasta rojo, conservada estructuralmente) en el visor Jmol, y una tabla de proteínas similares.

Alineación estructural local por pares

Esta herramienta toma como entrada dos proteínas o sitios de unión. El algoritmo ProBiS compara las estructuras basándose en su geometría y propiedades fisicoquímicas, y devuelve su alineación estructural local.

Servidor web ProBiS Servicios web RESTful

El servidor web ProBiS incorpora servicios web RESTful (Representational State Transfer) para que las similitudes de los sitios de unión y las alineaciones locales por pares de cualquier estructura proteica PDB sean fácilmente accesibles desde cualquier script.

Acceso a la base de datos ProBiS

Se puede acceder a la base de datos ProBiS directamente desde el servidor ProBiS (CHARMMing), mediante el widget de la base de datos ProBiS, que se puede incluir en cualquier página web para proporcionar acceso a la base de datos ProBiS, o mediante servicios web RESTful, que hacen que la base de datos ProBiS sea fácilmente accesible desde cualquier script.

• Algoritmo ProBiS para la detección de sitios de unión de proteínas estructuralmente similares mediante alineación estructural local (marzo de 2010) ^{[ 1 ]}
• ProBiS: Un servidor web para la detección de sitios de unión de proteínas estructuralmente similares (febrero de 2010) ^{[ 2 ]}
• Base de datos ProBiS: similitudes de sitios de unión precalculadas y alineaciones locales por pares de estructuras Pdb (diciembre de 2011) ^{[ 3 ]}
• ProBiS - 2012: Servidor web y servicios web para la detección de sitios de unión estructuralmente similares en proteínas (febrero de 2012) ^{[ 4 ]}
• Parallel-ProBiS: Algoritmo paralelo rápido para la comparación estructural local de estructuras proteicas y sitios de unión (marzo de 2012) ^{[ 5 ]}
• ProBiS-ligands: un servidor web para la predicción de ligandos mediante el examen de sitios de unión de proteínas (febrero de 2014) ^{[ 6 ]}
• ProBiS-Charmming: Interfaz web para la predicción y optimización de ligandos en sitios de unión de proteínas (agosto de 2015) ^{[ 7 ]}

• Servidor ProBiS