PROSITIO

PROSITE es una base de datos de proteínas . ^[1]^[2] Consiste en entradas que describen las familias de proteínas , dominios y sitios funcionales , así como patrones y perfiles de aminoácidos en ellas. Estas son curadas manualmente por un equipo del Instituto Suizo de Bioinformática y estrechamente integradas en la anotación de proteínas Swiss-Prot . PROSITE fue creada en 1988 por Amos Bairoch , quien dirigió el grupo durante más de 20 años. Desde julio de 2018, el director de PROSITE y Swiss-Prot es Alan Bridge.

Los usos de PROSITE incluyen la identificación de posibles funciones de proteínas recién descubiertas y el análisis de proteínas conocidas para detectar una actividad no determinada previamente. Las propiedades de genes bien estudiados se pueden propagar a organismos biológicamente relacionados y, para genes diferentes o poco conocidos, se pueden predecir funciones bioquímicas a partir de similitudes. PROSITE ofrece herramientas para el análisis de secuencias de proteínas y la detección de motivos (consulte motivo de secuencia , patrones de PROSITE ). Es parte de los servidores de análisis proteómico ExPASy .

La base de datos ProRule se basa en las descripciones de dominio de PROSITE. ^[3] Proporciona información adicional sobre aminoácidos funcional o estructuralmente críticos. Las reglas contienen información sobre residuos biológicamente significativos, como sitios activos, sitios de unión de sustratos o cofactores , sitios de modificación postraduccional o enlaces disulfuro , para ayudar a la determinación de funciones. Estas pueden generar automáticamente anotaciones basadas en motivos PROSITE.

Estadística

Al 26 de febrero de 2022 ^[actualizar], la versión 2022_01 tiene 1902 entradas de documentación, 1311 patrones, 1336 perfiles y 1352 ProRules.

Véase también

Uniprot — la base de datos universal de proteínas , un recurso central sobre información sobre proteínas: PROSITE le agrega datos.
InterPro es una base de datos centralizada que agrupa datos de bases de datos de familias de proteínas, dominios y sitios funcionales; parte de los datos provienen de PROSITE.
Predicción de la localización subcelular de proteínas : otro ejemplo del uso de PROSITE.

Referencias

^ De Castro E, Sigrist CJA, Gattiker A, Bulliard V, Langendijk-Genevaux PS, Gasteiger E, Bairoch A, Hulo N (2006). "ScanProsite: detección de coincidencias de firmas PROSITE y residuos funcionales y estructurales asociados a ProRule en proteínas". Nucleic Acids Res . 34 (edición del servidor web): W362–365. doi :10.1093/nar/gkl124. PMC 1538847 . PMID 16845026.
^ Hulo N, Bairoch A, Bulliard V, Cerutti L, Cuche B, De Castro E, Lachaize C, Langendijk-Genevaux PS, Sigrist CJA (2007). "Los 20 años de PROSITE". Ácidos nucleicos Res . 36 (Problema de la base de datos): D245–9. doi : 10.1093/nar/gkm977. PMC 2238851 . PMID 18003654.
^ Sigrist CJ, De Castro E, Langendijk-Genevaux PS, Le Saux V, Bairoch A, Hulo N (2005). "ProRule: una nueva base de datos que contiene información funcional y estructural sobre los perfiles de PROSITE". Bioinformática . 21 (21): 4060–4066. doi :10.1093/bioinformatics/bti614. PMID 16091411.

Enlaces externos

Sitio web oficial
ProRule: base de datos de reglas basadas en predictores PROSITE

[DeCastro2006-1] De Castro E, Sigrist CJA, Gattiker A, Bulliard V, Langendijk-Genevaux PS, Gasteiger E, Bairoch A, Hulo N (2006). "ScanProsite: detección de coincidencias de firmas PROSITE y residuos funcionales y estructurales asociados a ProRule en proteínas". Nucleic Acids Res . 34 (edición del servidor web): W362–365. doi :10.1093/nar/gkl124. PMC 1538847 . PMID 16845026.

[Hulo2007-2] Hulo N, Bairoch A, Bulliard V, Cerutti L, Cuche B, De Castro E, Lachaize C, Langendijk-Genevaux PS, Sigrist CJA (2007). "Los 20 años de PROSITE". Ácidos nucleicos Res . 36 (Problema de la base de datos): D245–9. doi : 10.1093/nar/gkm977. PMC 2238851 . PMID 18003654.

[Sigrist2005-3] Sigrist CJ, De Castro E, Langendijk-Genevaux PS, Le Saux V, Bairoch A, Hulo N (2005). "ProRule: una nueva base de datos que contiene información funcional y estructural sobre los perfiles de PROSITE". Bioinformática . 21 (21): 4060–4066. doi :10.1093/bioinformatics/bti614. PMID 16091411.