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PLUMED es una biblioteca de código abierto que implementa algoritmos de muestreo mejorado, varios métodos de energía libre y herramientas de análisis para simulaciones de dinámica molecular . Está diseñada para usarse junto con ACEMD, AMBER , DL_POLY, GROMACS , LAMMPS , NAMD , OpenMM , ABIN, CP2K , i-PI, PINY-MD y Quantum ESPRESSO , pero también se puede usar junto con las herramientas de análisis y visualización VMD , HTMD y OpenPathSampling. ^[1]^[2]

Además, PLUMED puede utilizarse como una herramienta independiente para el análisis de trayectorias de dinámica molecular . Está disponible una interfaz gráfica de usuario denominada METAGUI. ^[3]

Variables colectivas

PLUMED ofrece una gran colección de variables colectivas que sirven como descripciones de procesos complejos que ocurren durante simulaciones de dinámica molecular, por ejemplo, ángulos, posiciones, distancias, energías de interacción y energía total. ^[4]

Referencias

^ Bonomi, Massimiliano; Branduardi, Davide; Bussi, Giovanni; Camilloni, Carlo; Provasi, Davide; Raiteri, Paolo; Donadio, Davide; Marinelli, Fabricio; Pietrucci, Fabio (1 de octubre de 2009). "PLUMED: un complemento portátil para cálculos de energía libre con dinámica molecular". Comunicaciones de Física Informática . 180 (10): 1961-1972. arXiv : 0902.0874 . Código Bib : 2009CoPhC.180.1961B. doi :10.1016/j.cpc.2009.05.011. ISSN 0010-4655. S2CID 4852774.
^ Tribello, Gareth A.; Bonomi, Massimiliano; Branduardi, Davide; Camilloni, Carlo; Bussi, Giovanni (1 de febrero de 2014). "PLUMED 2: Nuevas plumas para un pájaro viejo". Computer Physics Communications . 185 (2): 604–613. arXiv : 1310.0980 . Código Bibliográfico :2014CoPhC.185..604T. doi :10.1016/j.cpc.2013.09.018. ISSN 0010-4655. S2CID 17904052.
^ Biarnés, Xevi; Pietrucci, Fabio; Marinelli, Fabrizio; Laio, Alessandro (1 de enero de 2012). "METAGUI. Una interfaz VMD para analizar metadinámica y simulaciones de dinámica molecular". Computer Physics Communications . 183 (1): 203–211. Bibcode :2012CoPhC.183..203B. doi :10.1016/j.cpc.2011.08.020. ISSN 0010-4655.
^ "PLUMED: Introducción". www.plumed.org . Consultado el 23 de mayo de 2019 .

Enlaces externos

Sitio web oficial
METAGUI

[1] Bonomi, Massimiliano; Branduardi, Davide; Bussi, Giovanni; Camilloni, Carlo; Provasi, Davide; Raiteri, Paolo; Donadio, Davide; Marinelli, Fabricio; Pietrucci, Fabio (1 de octubre de 2009). "PLUMED: un complemento portátil para cálculos de energía libre con dinámica molecular". Comunicaciones de Física Informática . 180 (10): 1961-1972. arXiv : 0902.0874 . Código Bib : 2009CoPhC.180.1961B. doi :10.1016/j.cpc.2009.05.011. ISSN 0010-4655. S2CID 4852774.

[2] Tribello, Gareth A.; Bonomi, Massimiliano; Branduardi, Davide; Camilloni, Carlo; Bussi, Giovanni (1 de febrero de 2014). "PLUMED 2: Nuevas plumas para un pájaro viejo". Computer Physics Communications . 185 (2): 604–613. arXiv : 1310.0980 . Código Bibliográfico :2014CoPhC.185..604T. doi :10.1016/j.cpc.2013.09.018. ISSN 0010-4655. S2CID 17904052.

[3] Biarnés, Xevi; Pietrucci, Fabio; Marinelli, Fabrizio; Laio, Alessandro (1 de enero de 2012). "METAGUI. Una interfaz VMD para analizar metadinámica y simulaciones de dinámica molecular". Computer Physics Communications . 183 (1): 203–211. Bibcode :2012CoPhC.183..203B. doi :10.1016/j.cpc.2011.08.020. ISSN 0010-4655.

[4] "PLUMED: Introducción". www.plumed.org . Consultado el 23 de mayo de 2019 .