Hispanopedia Wiki
Articulo de referencia

PDBWiki

PDBWiki era una wiki que funcionaba como una base de datos de anotaciones de estructuras proteicas aportadas por los usuarios , listando todas las estructuras proteicas disponib...

Hispanopedia WikiContenido en espanolLectura gratuita

PDBWiki era una wiki que funcionaba como una base de datos de anotaciones de estructuras proteicas aportadas por los usuarios , listando todas las estructuras proteicas disponibles en el Protein Data Bank (PDB). Estuvo en funcionamiento con la aplicación wiki MediaWiki desde 2007 hasta 2013. [ 1 ] [ 2 ] El sitio web dejó de estar disponible en 2014 y desde entonces no ha habido forma de acceder a la información aportada. PDBWiki contenía detalles de más de 50 000 estructuras proteicas y más de 50 anotaciones aportadas por los usuarios, lo que la convertía en un recurso importante para la comunidad de biología estructural.

Motivación

El Protein Data Bank (PDB) es el archivo central de estructuras biomoleculares resueltas experimentalmente. Sin embargo, el PDB solo permite la recuperación de datos y no ofrece funcionalidades para la colaboración ni la retroalimentación de los usuarios. En cambio, PDBWiki permite compartir el conocimiento experto sobre las estructuras depositadas en el PDB. Proporciona herramientas para debatir y anotar proteínas de forma colaborativa. El objetivo es crear un repositorio central y de libre acceso con información aportada por los usuarios que sea útil para cualquier persona que trabaje con estructuras del PDB. Por lo tanto, PDBWiki puede considerarse parte de un esfuerzo más amplio en la curación de bases de datos biológicas basadas en la comunidad. [ 3 ] [ 4 ]

Acerca de

PDBWiki se desarrolló como parte de la iniciativa BioWiki y participó en el tercer Concurso Internacional de Contenidos de Bioinformación de Acceso Abierto organizado por BiO.CC, un sitio web de información biológica operado por KOBIC .

El sitio web dejó de estar disponible en enero de 2014 y fue reemplazado por un aviso que redirigía a Proteopedia , un proyecto de base de datos de biología estructural similar basado en una wiki.

Véase también

  • Proyecto Wiki de Biología Molecular y Celular

Referencias

  1. ↑ Stehr, H.; Duarte, JM; Lappe, M.; Bhak, J.; Bolser, DM (2010-03-20), "PDBWiki: valor añadido mediante la anotación comunitaria del Protein Data Bank", Database the Journal of Biological Databases and Curation , vol. 2010, pp. baq009, doi : 10.1093/database/baq009 , PMC 2911844 , PMID 20624717    
  2. ↑ Comunicado de prensa de PDBWiki (en alemán), Instituto Max Planck de Genética Molecular, 5 de octubre de 2007, archivado del original el 12 de noviembre de 2007 , consultado el 17 de junio de 2008.
  3. ↑ Hu, James C.; Aramayo, R; Bolser, DM; Conway, T; Elsik, CG; Gribskov, M; Kelder, T; Kihara, D; Knight Jr, TF (2008-06-06), "El mundo emergente de las wikis" , Science , vol. 320, n.º 5881, págs. 1289–90 , doi : 10.1126/science.320.5881.1289b , PMID 18535227 , S2CID 206580672     
  4. ↑ Stehr, H.; Duarte, JM; Lappe, M.; Bhak, J.; Bolser, DM (22 de abril de 2009), "PDBWiki" , Nature Precedings , Berlín, Alemania, doi : 10.1038/npre.2009.3123.1
  • La página principal de PDBWiki
  • Acerca de PDBWiki
  • El Banco Mundial de Datos de Proteínas