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APBS (software)

APBS (anteriormente también Advanced Poisson-Boltzmann Solver ) es un software libre y de código abierto para resolver las ecuaciones de electrostática continua destinada princi...

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APBS (anteriormente también Advanced Poisson-Boltzmann Solver ) es un software libre y de código abierto para resolver las ecuaciones de electrostática continua destinada principalmente a los grandes sistemas biomoleculares. [ 1 ] [ 2 ] Está disponible bajo la licencia BSD .

PDB2PQR prepara los archivos de estructura de proteínas del Protein Data Bank para su uso con APBS. Los pasos de preparación incluyen, entre otros, la adición de átomos pesados ​​faltantes a las estructuras y la asignación de cargas a partir de varios campos de fuerza . [ 3 ] [ 4 ] El formato del archivo de salida es PQR [ 5 ] y de ahí proviene el nombre del software.

Referencias

  1. ↑ Jurrus, Elizabeth; Engel, Dave; Star, Keith; Monson, Kyle; Brandi, Juan; Felberg, Lisa E.; Brookes, David H.; Wilson, Leighton; Chen, Jiahui (24 de agosto de 2017). "Mejoras en el paquete de software de solvatación biomolecular APBS: Mejoras en el paquete de software APBS" . Protein Science . 27 (1): 112–128 . doi : 10.1002/pro.3280 . PMC 5734301. PMID 28836357 .  
  2. ↑ McCammon, J. Andrew; Holst, Michael J.; Joseph, Simpson; Sept, David; Baker, Nathan A. (2001-08-28). " Electrostática de nanosistemas: Aplicación a microtúbulos y al ribosoma" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias . 98 (18): 10037– 10041. Bibcode : 2001PNAS...9810037B . doi : 10.1073/pnas.181342398 . ISSN 0027-8424 . PMC 56910. PMID 11517324 .   
  3. ↑ Baker, Nathan A.; McCammon, J. Andrew; Nielsen, Jens E.; Dolinsky, Todd J. (2004-07-01). "PDB2PQR: una canalización automatizada para la configuración de cálculos electrostáticos de Poisson-Boltzmann" . Nucleic Acids Research . 32 (supl. 2 ): W665– W667. doi : 10.1093/nar/gkh381 . ISSN 0305-1048 . PMC 441519. PMID 15215472 .   
  4. ↑ Baker, Nathan A.; Klebe, Gerhard; Jensen, Jan H.; Nielsen, Jens E.; Li, Hui; Czodrowski, Paul; Dolinsky, Todd J. (2007-07-01). "PDB2PQR: expansión y mejora de la preparación automatizada de estructuras biomoleculares para simulaciones moleculares" . Nucleic Acids Research . 35 (supl. 2 ): W522– W525. doi : 10.1093/nar/gkm276 . ISSN 0305-1048 . PMC 1933214. PMID 17488841 .   
  5. ↑ "Formato de estructura molecular PQR — Documentación APBS-PDB2PQR 1.6" . apbs-pdb2pqr.readthedocs.io . Consultado el 23 de mayo de 2019 .
  • Sitio web oficial
  • Documentación oficial
  • APBS, PDB2PQR y software relacionado - GitHub