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OrthoFinder es una herramienta de software de línea de comandos para genómica comparativa . [1] [2] OrthoFinder determina la correspondencia entre genes en diferentes organismos (también conocido como análisis de ortología). Esta correspondencia proporciona un marco para comprender la evolución de la vida en la Tierra y permite la extrapolación y transferencia de conocimiento biológico entre organismos.
OrthoFinder toma archivos FASTA de secuencias de proteínas como entrada (uno por especie) y como salida proporciona:
- Ortogrupos
- Árboles filogenéticos enraizados de todos los ortogrupos
- Un árbol de especies enraizado para el conjunto de especies incluidas en el conjunto de datos de entrada
- Ortogrupos jerárquicos para cada nodo del árbol de especies
- Ortólogos entre todas las especies
- Eventos de duplicación de genes asignados a ramas en el árbol de especies
- Estadísticas genómicas comparativas
Hasta agosto de 2021, la herramienta ha sido referenciada en más de 1500 estudios publicados. [3]
Véase también
- Bioinformática
- Homología (biología)
- Homología de secuencia
- Familia de proteínas
- Agrupamiento de secuencias
Referencias
- ^ Emms, David M; Kelly Steven (2015). "OrthoFinder: la resolución de sesgos fundamentales en las comparaciones de todo el genoma mejora drásticamente la precisión de la inferencia de ortogrupos". Genome Biology . 16 (157): 157. doi : 10.1186/s13059-015-0721-2 . PMC 4531804 . PMID 26243257.
- ^ Emms, David M; Kelly Steven (2019). "OrthoFinder: inferencia de ortología filogenética para genómica comparativa". Genome Biology . 20 (238): 238. doi : 10.1186/s13059-019-1832-y . PMC 6857279 . PMID 31727128.
- ^ "Citas de Emms & Kelly 2015". Google Scholar . Consultado el 6 de agosto de 2021 .