Software científico OpenEye

OpenEye Scientific Software es una empresa de software estadounidense fundada por Anthony Nicholls en 1997. ^{[ 1 ]} Desarrolla aplicaciones y herramientas de modelado molecular a gran escala . Tras la adquisición de OpenEye por Cadence Design Systems por 500 millones de dólares en septiembre de 2022, la empresa pasó a llamarse OpenEye Cadence Molecular Sciences y opera como una unidad de negocio dentro de Cadence. ^{[ 2 ] [ 1 ]} 

Orientado principalmente al descubrimiento y diseño de fármacos , sus áreas de aplicación incluyen la generación de conformaciones, el acoplamiento molecular , la comparación de formas, la carga / electrostática , la quimioinformática y la visualización. El software está diseñado para ofrecer rigor científico, así como velocidad, escalabilidad e independencia de plataforma .

OpenEye pone a disposición gran parte de su tecnología en forma de kits de herramientas adecuados para el desarrollo personalizado. Estos kits están disponibles en varios lenguajes: C++ , Python , Java y C# .

• AFITT - Refinamiento y análisis cristalográfico .
• BROOD - Identificación de bioisósteros mediante similitud de forma, química y electrostática .
• EON - Análisis de similitud química mediante la comparación de superposiciones electrostáticas .
• FastROCS: búsquedas en tiempo real de formas moleculares en 3D mediante tecnología GPU.
• FILTRO - Cribado y selección molecular basados ​​en propiedades físicas o grupos funcionales.
• OEDocking: herramientas de acoplamiento molecular que incluyen FRED (acoplamiento rápido), HYBRID (acoplamiento guiado por ligando) y POSIT (predicción de la conformación guiada por ligando).
• OMEGA: Generación rápida y precisa de conformeros para moléculas lineales y macrocíclicas.
• pKa Prospector: una base de datos de mediciones de pKa de alta calidad.
• QUACPAC - Tautómeros, estados de protonación y cargas para moléculas pequeñas y proteínas .
• ROCS - Análisis de similitud química mediante búsquedas rápidas de formas moleculares en 3D.
• SZMAP: Identifica los sitios de unión al agua en un sitio de unión de proteínas para mejorar la potencia del ligando.
• SZYBKI: Optimización rápida de campos de fuerza de ligandos en fase gaseosa , en solución o dentro del sitio activo de una proteína .
• VIDA: Interfaz gráfica de usuario que visualiza, analiza y gestiona colecciones corporativas de estructuras moleculares e información.

Bibliotecas de programación que proporcionan a las aplicaciones una mayor variedad de funcionalidades con acceso orientado a objetos a un conjunto determinado de capacidades.

• OEChem TK - Manejo de moléculas clave, quimioinformática y manejo de datos moleculares 3D.
• Bioisóstero TK - Reemplazo de fragmentos 3D.
• OEDepict TK: representación y visualización de moléculas en 2D.
• OEDocking TK - Acoplamiento molecular y puntuación.
• OEFF TK - Funciones objetivo moleculares, adaptadores y optimizadores.
• Grapheme TK: Convierte información 3D compleja en 2D para un análisis simplificado.
• GraphSim TK: huellas moleculares 2D y cálculos de similitud.
• EON TK - Descripción, optimización y comparaciones de superposición de electrostática 3D.
• FastROCS TK: comparaciones de formas extremadamente rápidas.
• Lexichem TK: Interconversión de última generación de nombres y estructuras de compuestos con soporte para múltiples idiomas extranjeros.
• MolProp TK - Cálculo y filtrado de propiedades moleculares.
• MedChem TK: análisis de pares moleculares coincidentes, utilidades de fragmentación y métricas de complejidad molecular.
• Quacpac TK - Enumeración de tautómeros y asignación de carga.
• Omega TK: Generación de conformadores rápida y precisa.
• Shape TK: descripción, optimización y comparaciones de superposición de formas moleculares en 3D.
• Sitehopper TK: Comparación rápida de sitios de enlace, con soporte para GPU.
• Spicoli TK - Generación, manipulación e interrogación rápida de superficies moleculares.
• Spruce TK - Preparación y modelado de proteínas.
• Szmap TK - Comprensión de las interacciones del agua en un sitio de unión de proteínas.
• Szykbi TK - Energética molecular con campos de fuerza. Optimización de funciones generalizadas, por ejemplo, optimización de la estructura molecular.
• Zap TK: un eficiente solucionador de electrostática de Poisson-Boltzmann .

• Química computacional

• "Descargas y actualizaciones: AFITT 2.3, GenBank 197.0 y el banco de datos de proteínas" . BioInform . Genomeweb LLC. 16 de agosto de 2013. Consultado el 28 de agosto de 2013 .
• "Descripción general de la empresa OpenEye Scientific Software, Inc." Bloomberg Businessweek . Bloomberg LP. Archivado del original el 5 de marzo de 2009. Consultado el 28 de agosto de 2013 .
• Yang, Jeremy J. (otoño de 2011). "Desarrollo de software de quimioinformática: estudios de caso" (PDF) . Escuela de Informática y Computación de la Universidad de Indiana . Recuperado el 28 de agosto de 2013 .
• https://docs.eyesopen.com/toolkits/python/intro.html

• Sitio web oficial