Nitrospinota

Nitrospinota es un filo bacteriano. A pesar de que sólo se han descrito unas pocas especies, los miembros de este filo son importantes bacterias oxidantes de nitritos en las aguas superficiales de los océanos. Mediante la oxidación de nitrito a nitrato, son importantes en el proceso de nitrificación en ambientes marinos. ^[3]

Aunque el género Nitrospina es una bacteria aeróbica, se ha demostrado que oxida el nitrito también en la zona de mínimo oxígeno del océano. El agotamiento del oxígeno en dichas zonas conduce a la preferencia de los procesos anaeróbicos como la desnitrificación y la pérdida de nitrógeno a través de anammox . Por lo tanto, Nitrospina compensa la pérdida de nitrógeno por nitrificación también en estas zonas con agotamiento de oxígeno. ^[4]^[5]

Entre los aislados cultivados dentro del género Nitrospina se encuentran Nitrospina gracilis ^[6]^[3] y Nitrospina watsonii . ^[7] Se resolvieron otros genomas mediante binning de metagenomas independiente del cultivo . ^[5] Sin embargo, las dos especies de Nitrospina están lejanamente relacionadas con Nitrospinota ambientalmente abundante y no cultivada. ^[8] Las otras dos cepas se cultivaron en 2020 cada una en el cultivo binario con heterótrofo alfaproteobacteriano . Se denominan " Candidatus Nitrohelix vancouverensis " y " Candidatus Nitronauta litoralis ". " Nitrohelix vancouverensis " está estrechamente relacionada con los clados 1 y 2 de Nitrospinota ambientalmente abundante y no cultivada. ^[8]

Taxonomía

La taxonomía actualmente aceptada se basa en la Lista de nombres procariotas con posición en la nomenclatura (LPSN) ^[12] y el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) ^[13].

Filo Nitrospinota Lücker et al. 2021

Clase "Nitrospinia" Lücker et al. 2013
- Orden "Nitrospinales" Lücker et al. 2013
  - Familia Nitrospinaceae Garrity, Bell y Lilburn 2006
    - Género " Candidatus Nitrohelix" Mueller et al. 2021
      - " Ca. N. vancouverensis" Mueller et al. 2021
    - Género " Candidatus Nitromaritima" Ngugi et al. 2016
    - Género " Candidatus Nitronauta" Mueller et al. 2021
      - " Ca. N. litoralis" Mueller et al. 2021
    - Género Nitrospina Watson & Waterbury 1971
      - N. gracilis Watson y Waterbury 1971
      - " N. watsonii " Spiek y col. 2014

Referencias

^ Oren A, Garrity GM (2021). "Publicación válida de los nombres de cuarenta y dos filos de procariotas". Int J Syst Evol Microbiol . 71 (10): 5056. doi : 10.1099/ijsem.0.005056 . PMID 34694987. S2CID 239887308.
^ "Nitrospinae". Global Biodiversity Information Facility . Consultado el 5 de septiembre de 2021 .
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[1] Oren A, Garrity GM (2021). "Publicación válida de los nombres de cuarenta y dos filos de procariotas". Int J Syst Evol Microbiol . 71 (10): 5056. doi : 10.1099/ijsem.0.005056 . PMID 34694987. S2CID 239887308.

[2] "Nitrospinae". Global Biodiversity Information Facility . Consultado el 5 de septiembre de 2021 .

[Lücker_2013-3] Lücker S, Nowka B, Rattei T, Spieck E, Daims H (2013). "El genoma de Nitrospina gracilis ilumina el metabolismo y la evolución del principal oxidante marino de nitrito". Frontiers in Microbiology . 4 : 27. doi : 10.3389/fmicb.2013.00027 . PMC 3578206 . PMID 23439773.

[4] Beman JM, Leilei Shih J, Popp BN (noviembre de 2013). "Oxidación de nitrito en la columna de agua superior y la zona mínima de oxígeno del océano Pacífico tropical oriental norte". The ISME Journal . 7 (11): 2192– 205. doi :10.1038/ismej.2013.96. PMC 3806268 . PMID 23804152.

[Sun_2019-5] Sun X, Kop LF, Lau MC, Frank J, Jayakumar A, Lücker S, Ward BB (octubre de 2019). "Las especies similares a Nitrospina no cultivadas son las principales bacterias oxidantes de nitrito en zonas de mínimo oxígeno". The ISME Journal . 13 (10): 2391– 2402. doi :10.1038/s41396-019-0443-7. PMC 6776041 . PMID 31118472.

[6] Watson, Stanley W.; Waterbury, John B. (1971). "Características de dos bacterias oxidantes de nitrito marinas, Nitrospina gracilis nov. gen. nov. sp. y Nitrococcus mobilis nov. gen. nov. sp". Archivo de Microbiología . 77 (3): 203– 230. doi :10.1007/bf00408114. ISSN 0302-8933. S2CID 35169111.

[7] Spieck, Eva; Keuter, Sabine; Wenzel, Thilo; Bock, Eberhard; Ludwig, Wolfgang (mayo de 2014). "Caracterización de una nueva bacteria oxidante de nitrito marina, Nitrospina watsonii sp. nov., un miembro del filo recientemente propuesto "Nitrospinae"". Microbiología sistemática y aplicada . 37 (3): 170– 176. doi :10.1016/j.syapm.2013.12.005. ISSN 0723-2020. PMID 24581679.

[:0-8] Mueller, Anna J.; Jung, Man-Young; Strachan, Cameron R.; Herbold, Craig W.; Kirkegaard, Rasmus H.; Wagner, Michael; Daims, Holger (marzo de 2021). "Análisis genómico y cinético de nuevas Nitrospinae enriquecidas mediante clasificación celular". The ISME Journal . 15 (3): 732– 745. doi : 10.1038/s41396-020-00809-6 . ISSN 1751-7362. PMC 8026999 . PMID 33067588.

[about-9] "GTDB release 07-RS207". Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 20 de junio de 2022 .

[tree-10] "ar53_r207.sp_label". Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 20 de junio de 2022 .

[taxon_history-11] "Historia del taxón". Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 20 de junio de 2022 .

[12] JP Euzéby. «"Nitrospinae"». Lista de nombres procariotas con posición en la nomenclatura (LPSN) . Consultado el 17 de noviembre de 2020 .

[13] . Sayers; et al. "Nitrospinae". Base de datos de taxonomía del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) . Consultado el 17 de noviembre de 2020 .