Neurolex

NeuroLex es un léxico de conceptos de neurociencia respaldado por el proyecto Neuroscience Information Framework , financiado por el NIH Blueprint for Neuroscience Research. ^[1] Es la parte léxica de la base de conocimiento NIF , y NeuroLex tiene como objetivo facilitar la revisión de la literatura y garantizar una terminología y un uso coherentes entre los investigadores para los temas de neurociencia experimental, clínica y transnacional, y para recursos genéticos y genómicos. ^[2] Está estructurado como una wiki semántica , utilizando Semantic MediaWiki .

NIF brinda acceso a recursos relevantes para la neurociencia, estrategias de búsqueda adaptadas al campo y acceso a contenido que tradicionalmente está "oculto" de los motores de búsqueda web . El marco es un inventario de bases de datos de neurociencia, anotadas e integradas con un sistema unificado de terminología biomédica (es decir, NeuroLex). NIF admite consultas basadas en conceptos en múltiples escalas de estructura biológica y múltiples niveles de función biológica.

Como parte del NIF, se proporciona una interfaz de búsqueda para muchas fuentes diferentes de información y datos sobre neurociencia. Para que esta búsqueda sea más eficaz, el NIF está construyendo ontologías para ayudar a organizar los conceptos de neurociencia en jerarquías de categorías, por ejemplo, afirmando que una neurona es una célula . Esto permitirá a los usuarios realizar búsquedas más efectivas y organizar y comprender la información que se devuelve. Pero un complemento importante de esta actividad es definir claramente todos los términos que se utilizan para describir los datos.

Contenido

Las entradas iniciales de NeuroLex se crearon a partir de las ontologías NIFSTD, que incorporaron un vocabulario anterior, BIRNLex. Actualmente, contiene conceptos que abarcan la anatomía macroscópica, las células del sistema nervioso , las estructuras subcelulares, las enfermedades , las funciones y las técnicas. NIF depende de las aportaciones de la comunidad para agregar más contenido y corregir la información actual.

Véase también

Notas y referencias

^ El contenido inicial de este artículo fue adaptado del proyecto NeuroLex, que cuenta con una licencia Creative Commons Attribution License.
^ Larson SD, Martone ME (2013). "NeuroLex.org: un marco en línea para el conocimiento de la neurociencia". Frontiers in Neuroinformatics . 7 : 18. doi : 10.3389/fninf.2013.00018 . PMC 3757470 . PMID 24009581.

Lectura adicional

El NIF apareció en un número especial de Neuroinformatics , publicado en septiembre de 2008:

Bug WJ, Ascoli GA, Grethe JS, Gupta A, Fennema-Notestine C, Laird AR, Larson SD, Rubin D, Shepherd GM, Turner JA, Martone ME (septiembre de 2008). "Los vocabularios NIFSTD y BIRNLex: creación de ontologías integrales para la neurociencia". Neuroinformática . 6 (3): 175– 94. doi :10.1007/s12021-008-9032-z. PMC 2743139 . PMID 18975148. Archivado desde el original el 12 de febrero de 2009.
Gardner D, Akil H, Ascoli GA, Bowden DM, Bug W, Donohue DE, Goldberg DH, Grafstein B, Grethe JS, Gupta A, Halavi M, Kennedy DN, Marenco L, Martone ME, Miller PL, Müller HM, Robert A, Shepherd GM, Sternberg PW, Van Essen DC, Williams RW (septiembre de 2008). "El marco de información de la neurociencia: un entorno de datos y conocimiento para la neurociencia". Neuroinformática . 6 (3): 149– 60. doi :10.1007/s12021-008-9024-z. PMC 2661130 . PMID 18946742.
Gardner D, Goldberg DH, Grafstein B, Robert A, Gardner EP (septiembre de 2008). "Terminología para el descubrimiento de datos en neurociencia: sintaxis multiárbol y semántica derivada del investigador". Neuroinformática . 6 (3): 161– 74. doi :10.1007/s12021-008-9029-7. PMC 2663521 . PMID 18958630.
Gupta A, Bug W, Marenco L, Qian X, Condit C, Rangarajan A, Müller HM, Miller PL, Sanders B, Grethe JS, Astakhov V, Shepherd G, Sternberg PW, Martone ME (septiembre de 2008). "Acceso federado a recursos de información heterogéneos en el marco de información sobre neurociencias (NIF)". Neuroinformática . 6 (3): 205– 17. doi :10.1007/s12021-008-9033-y. PMC 2689790 . PMID 18958629.
Halavi M, Polavaram S, Donohue DE, Hamilton G, Hoyt J, Smith KP, Ascoli GA (septiembre de 2008). "Implementación de neurociencia digital en NeuroMorpho.Org: cobertura densa e integración con el NIF". Neuroinformática . 6 (3): 241– 52. doi :10.1007/s12021-008-9030-1. PMC 2655120 . PMID 18949582.
Marenco L, Ascoli GA, Martone ME, Shepherd GM, Miller PL (septiembre de 2008). "El agente NIF LinkOut: un recurso web para facilitar la integración de datos federados utilizando identificadores NCBI". Neuroinformática . 6 (3): 219– 27. doi :10.1007/s12021-008-9025-y. PMC 2704600 . PMID 18975149.
Marenco L, Li Y, Martone ME, Sternberg PW, Shepherd GM, Miller PL (septiembre de 2008). "Problemas en el diseño de una interfaz piloto de consulta basada en conceptos para el marco de información neuroinformática". Neuroinformática . 6 (3): 229– 39. doi :10.1007/s12021-008-9035-9. PMC 2664632 . PMID 18953674.
Müller HM, Rangarajan A, Teal TK, Sternberg PW (septiembre de 2008). "Textpresso para neurociencia: búsqueda del texto completo de miles de artículos de investigación en neurociencia". Neuroinformática . 6 (3): 195– 204. doi :10.1007/s12021-008-9031-0. PMC 2666735 . PMID 18949581.

Enlaces externos

Sitio de NeuroLex
Sitio web del Marco de información sobre neurociencias (NIF)
Sitio web del Instituto Nacional de Salud (NIF)
Recursos de bioinformática en NeuroLex

[1] El contenido inicial de este artículo fue adaptado del proyecto NeuroLex, que cuenta con una licencia Creative Commons Attribution License.

[2] Larson SD, Martone ME (2013). "NeuroLex.org: un marco en línea para el conocimiento de la neurociencia". Frontiers in Neuroinformatics . 7 : 18. doi : 10.3389/fninf.2013.00018 . PMC 3757470 . PMID 24009581.