Hispanopedia WikiNematode.net es un recurso de acceso público dedicado al estudio de los nematodos parásitos . [ 1 ] [ 2 ] Surgió de un proyecto de etiquetas de secuencia expresada (EST) que comenzó en el Instituto del Genoma de la Facultad de Medicina de la Universidad de Washington . El sitio se lanzó en 2000 para acompañar el proyecto “Un enfoque genómico de los parásitos del filo Nematoda”, [ 3 ] financiado por el Instituto Nacional de Alergias y Enfermedades Infecciosas ( NIAID ). Fue creado para brindar acceso a los datos de este proyecto y como un recurso más amplio para la comunidad científica que estudia los nematodos parásitos. [ 4 ]
Historia
El primer nematodo modelo que se secuenció fue Caenorhabditis elegans . También fue el primer genoma completamente secuenciado de un organismo multicelular que se completó. [ 5 ] Nematode.net se basó en estos esfuerzos para poner a disposición las secuencias genéticas de nematodos parásitos relevantes desde el punto de vista médico y económico. [ 4 ] Los nematodos parásitos humanos, o gusanos redondos, tienen amplias implicaciones para la salud mundial, produciendo una carga de enfermedad que supera la de la malaria y la tuberculosis . [ 6 ] Los nematodos parásitos de plantas causan más de 100 mil millones de dólares en daños anuales a los cultivos en todo el mundo. [ 7 ]
Herramientas
Cuando Nematode.net comenzó en 2000, proporcionó un repositorio con capacidad de búsqueda de secuencias EST de nematodos que no estaban disponibles en ningún otro lugar. [ 4 ] El sitio ahora también proporciona herramientas para visualizar proteínas y vías metabólicas, [ 8 ] y una plataforma de genómica comparativa que puede ayudar en la investigación de fármacos, vacunas y pesticidas para nematodos. [ 9 ]
Las herramientas disponibles en Nematode.net incluyen:
- HelmCoP: un recurso en línea que tiene como objetivo ayudar a los investigadores a desarrollar estrategias para la priorización de fármacos, vacunas y pesticidas, al tiempo que proporciona una útil plataforma de genómica comparativa . [ 10 ]
- NemaBLAST: una herramienta que permite alinear secuencias de proteínas o nucleótidos definidas por el usuario con transcripciones de nematodos o lecturas de ADNc organizadas por organismo o biblioteca. [ 11 ]
- NemaPath es una herramienta para explorar vías metabólicas (y otras) en diversos nematodos. En el modo de organismo único, esta herramienta genera imágenes de vías metabólicas alineando transcritos o genes con identificadores de ortología KEGG (KO) conocidos en dicha vía. En el modo de organismo dual, permite comparar el uso de vías metabólicas entre dos nematodos cualesquiera de la base de datos. También se ofrecen vistas comparativas específicas para cada huésped y clado. [ 12 ]
- NemaGene: una herramienta de minería de datos que permite al usuario buscar transcripciones por nombre o explorar la expresión de transcripciones por etapa del ciclo de vida en un organismo determinado. [ 13 ]
- NemaFam: una colección de regiones conservadas de proteínas relacionadas con nematodos. [ 14 ]
- NemaBrowse: un visor de datos para genes predichos a partir de genomas de nematodos. [ 15 ]
- NemaSNP: un recurso en línea que muestra variaciones genéticas entre poblaciones de nematodos. [ 16 ]
Referencias
- ^ Martin J, Abubucker S, Heizer E, Taylor CM, Mitreva M. (2012) Actualización de Nematode.net 2011: adición de conjuntos de datos y herramientas que incluyen datos de secuenciación de próxima generación. "Nucleic Acids Research." 40 (Número especial de bases de datos): D720-D728.
- ^ Martin J, Abubucker S, Wylie T, Yin Y, Wang Z, Mitreva M. (2009) Actualización de Nematode.net 2008: mejoras que permiten una minería de datos más eficiente y una genómica comparativa de nematodos. Nucleic Acids Research. 37 (supl. 1): D571-D578.
- ^ Información del proyecto del NIH sobre "Un enfoque genómico para los parásitos del filo Nematoda"
- ^ a b c Wylie T, Martin J, Dante M, Mitreva M, Clifton SC, Chinwalla A, Waterston RH, Wilson RK, McCarter JP. (2004) Nematode.net: una herramienta para navegar secuencias de nematodos parásitos y de vida libre Nucleic Acids Research. 32 (supl. 1): D423-D426.
- ^ Consorcio de Secuenciación de C. elegans . (1998) Secuencia del genoma del nematodo C. elegans: una plataforma para investigar la biología. Science. 11 de diciembre;282(5396): 2012-8.
- ^ Hotez PJ, Brindley PJ, Bethony JM, King CH, Pearce EJ, Jacobson J. (2008) Infecciones por helmintos: las grandes enfermedades tropicales desatendidas. Journal of Clinical Investigation. Abr;118(4):1311-21.
- ^ Jasmer DP, Groverse A, Smant, G. (2003) Interacciones de nematodos parásitos con mamíferos y plantas. Annu. Rev. Phytopathol. 41, 245–270.
- ^ Wylie T, Martin J, Abubucker S, Yin Y, Messina D, Wang Z, McCarter JP, Mitreva M. (2009) NemaPath: exploración en línea de vías metabólicas basadas en KEGG para nematodos. BMC Genomics . 4;9:525.
- ^ Abubucker S, Martin J, Taylor CM, Mitreva M. (2011) HelmCoP: un recurso en línea para la genómica funcional de helmintos y la priorización de objetivos de fármacos y vacunas. PLoS One . 6(7):e21832. Epub 8 de julio de 2011.
- ^ "HelmCoP" . nematode.net .
- ^ "NemaBLAST" . nematode.net .
- ^ "NemaPath" . nematode.net .
- ^ "NemaGene" . nematode.net .
- ^ "NemaFam" . nematode.net .
- ^ "NemaNavegador" . nematode.net .
- ^ "NemaSNP" . nematode.net .
Enlaces externos
- Sitio web oficial
- Investigación en parasitología