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Articulo de referencia

NeuroLex

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NeuroLex es un léxico de conceptos de neurociencia respaldado por el proyecto Neuroscience Information Framework , financiado por el NIH Blueprint for Neuroscience Research. [ 1 ] Es la parte léxica de la base de conocimiento NIF , y NeuroLex tiene como objetivo facilitar la revisión de la literatura y garantizar una terminología y un uso consistentes entre los investigadores para los temas de neurociencia experimental, clínica y transnacional, y para los recursos genéticos y genómicos. [ 2 ] Está estructurado como una wiki semántica , utilizando Semantic MediaWiki .

NIF proporciona acceso a recursos relevantes para la neurociencia, estrategias de búsqueda adaptadas al campo y acceso a contenido tradicionalmente oculto para los motores de búsqueda web . El Framework es un inventario de bases de datos de neurociencia, anotadas e integradas con un sistema unificado de terminología biomédica (NeuroLex). NIF admite consultas basadas en conceptos en múltiples escalas de estructura biológica y múltiples niveles de función biológica.

Como parte del NIF, se proporciona una interfaz de búsqueda con acceso a diversas fuentes de información y datos sobre neurociencia. Para optimizar esta búsqueda, el NIF está desarrollando ontologías que ayudan a organizar los conceptos neurocientíficos en jerarquías de categorías, por ejemplo, definiendo que una neurona es una célula . Esto permitirá a los usuarios realizar búsquedas más eficaces y organizar y comprender mejor la información obtenida. Sin embargo, un aspecto fundamental de esta actividad es definir con claridad todos los términos utilizados para describir los datos.

Contenido

Las entradas iniciales de NeuroLex se crearon a partir de las ontologías NIFSTD, que a su vez englobaron un vocabulario anterior, BIRNLex. Actualmente, contiene conceptos que abarcan anatomía macroscópica, células del sistema nervioso , estructuras subcelulares, enfermedades , funciones y técnicas. NIF se basa en la colaboración de la comunidad para añadir más contenido y corregir la información actual.

Véase también

Notas y referencias

  1. ↑ El contenido inicial de este artículo se adaptó del proyecto NeuroLex, que está bajo una licencia Creative Commons Attribution .
  2. ↑ Larson SD, Martone ME (2013). "NeuroLex.org: un marco en línea para el conocimiento en neurociencia" . Frontiers in Neuroinformatics . 7 : 18. doi : 10.3389/fninf.2013.00018 . PMC 3757470. PMID 24009581 .  

Lecturas adicionales

NIF apareció en un número especial de Neuroinformatics , publicado en septiembre de 2008:

  • Bug WJ, Ascoli GA, Grethe JS, Gupta A, Fennema-Notestine C, Laird AR, Larson SD, Rubin D, Shepherd GM, Turner JA, Martone ME (septiembre de 2008). "Los vocabularios NIFSTD y BIRNLex: construcción de ontologías integrales para la neurociencia" . Neuroinformatics . 6 (3): 175–94 . doi : 10.1007/s12021-008-9032-z . PMC 2743139. PMID 18975148. Archivado del original el 12 de febrero de 2009.  
  • Gardner D, Akil H, Ascoli GA, Bowden DM, Bug W, Donohue DE, Goldberg DH, Grafstein B, Grethe JS, Gupta A, Halavi M, Kennedy DN, Marenco L, Martone ME, Miller PL, Müller HM, Robert A, Shepherd GM, Sternberg PW, Van Essen DC, Williams RW (septiembre de 2008). "El marco de información de la neurociencia: un entorno de datos y conocimiento para la neurociencia" . Neuroinformatics . 6 ( 3): 149– 60. doi : 10.1007/s12021-008-9024-z . PMC 2661130. PMID 18946742 .  
  • Gardner D, Goldberg DH, Grafstein B, Robert A, Gardner EP (septiembre de 2008). "Terminología para el descubrimiento de datos en neurociencia: sintaxis de árboles múltiples y semántica derivada del investigador" . Neuroinformatics . 6 (3): 161– 74. doi : 10.1007/s12021-008-9029-7 . PMC 2663521. PMID 18958630 .  
  • Gupta A, Bug W, Marenco L, Qian X, Condit C, Rangarajan A, Müller HM, Miller PL, Sanders B, Grethe JS, Astakhov V, Shepherd G, Sternberg PW, Martone ME (septiembre de 2008). "Acceso federado a recursos de información heterogéneos en el Marco de Información de Neurociencia (NIF)" . Neuroinformatics . 6 ( 3): 205–17 . doi : 10.1007/s12021-008-9033-y . PMC 2689790. PMID 18958629 .  
  • Halavi M, Polavaram S, Donohue DE, Hamilton G, Hoyt J, Smith KP, Ascoli GA (septiembre de 2008). " Implementación de neurociencia digital en NeuroMorpho.Org: cobertura densa e integración con el NIF" . Neuroinformatics . 6 (3): 241– 52. doi : 10.1007/s12021-008-9030-1 . PMC 2655120. PMID 18949582 .  
  • Marenco L, Ascoli GA, Martone ME, Shepherd GM, Miller PL (septiembre de 2008). "El intermediario NIF LinkOut: un recurso web para facilitar la integración de datos federados utilizando identificadores NCBI" . Neuroinformatics . 6 ( 3): 219–27 . doi : 10.1007/s12021-008-9025-y . PMC 2704600. PMID 18975149 .  
  • Marenco L, Li Y, Martone ME, Sternberg PW, Shepherd GM, Miller PL (septiembre de 2008). "Problemas en el diseño de una interfaz de consulta piloto basada en conceptos para el marco de información de neuroinformática" . Neuroinformática . 6 ( 3): 229–39 . doi : 10.1007/s12021-008-9035-9 . PMC 2664632. PMID 18953674 .  
  • Müller HM, Rangarajan A, Teal TK, Sternberg PW (septiembre de 2008). "Textpresso para neurociencia: búsqueda en el texto completo de miles de artículos de investigación en neurociencia" . Neuroinformatics . 6 ( 3): 195–204 . doi : 10.1007/s12021-008-9031-0 . PMC 2666735. PMID 18949581 .  
  • Sitio web de NeuroLex
  • Sitio web del Marco de Información sobre Neurociencia (NIF)
  • Sitio web de los Institutos Nacionales de Salud (NIF)
  • Recursos bioinformáticos en NeuroLex