Hispanopedia WikiEl Molecular Modelling Toolkit ( MMTK ) es un paquete de software de código abierto escrito en Python , que realiza tareas comunes en el modelado molecular . [1]
El Molecular Modeling Toolkit es una biblioteca que implementa técnicas comunes de simulación molecular, con énfasis en simulaciones biomoleculares. Utiliza técnicas modernas de ingeniería de software (diseño orientado a objetos, un lenguaje de alto nivel) para superar las limitaciones asociadas con los grandes programas de simulación monolíticos que se utilizan comúnmente para biomoléculas. Sus principales ventajas son (1) fácil extensión y combinación con otras bibliotecas debido al diseño modular de la biblioteca, (2) se utiliza un solo lenguaje de programación de propósito general de alto nivel (Python) para la implementación de la biblioteca así como para los scripts de aplicación, (3) uso de formatos documentados e independientes de la máquina para todos los archivos de datos, e (4) interfaces con otros programas de simulación y visualización.
— Konrad Hinsen, El kit de herramientas de modelado molecular: un nuevo enfoque para las simulaciones moleculares [1]
Al 28 de abril de 2011 [actualizar], MMTK consta de aproximadamente 18.000 líneas de código Python, 12.000 líneas de código C escrito a mano y algo de código C generado por máquina.
Características
- Construcción de sistemas moleculares, con especial apoyo a proteínas y ácidos nucleicos
- sistemas infinitos o condiciones de contorno periódicas (celdas elementales ortorrómbicas)
- Operaciones geométricas comunes sobre coordenadas
- ajustes de cuerpo rígido
- Visualización mediante visualizadores externos PDB y VRML; animación de trayectorias dinámicas y modos normales
- El campo de fuerza AMBER 94, con varias opciones para manejar interacciones electrostáticas
- Un campo de fuerza de deformación para cálculos rápidos en modo normal sobre proteínas.
- minimización de energía (descenso más pronunciado y gradiente conjugado)
- Dinámica molecular (con termostato opcional, barostato y restricciones de distancia)
- análisis del modo normal
- operaciones de trayectoria
- La carga puntual encaja
- cálculos de superficie molecular
- interfaces con otros programas
Véase también
Referencias
- ^ ab Hinsen K (2000). "El kit de herramientas de modelado molecular: un nuevo enfoque para simulaciones moleculares". J. Comput. Chem . 21 (2): 79–85. doi :10.1002/(SICI)1096-987X(20000130)21:2<79::AID-JCC1>3.0.CO;2-B.
Enlaces externos
- Sitio web oficial
- Información de fondo