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Base de datos de microARN y dianas de microARN

Esta es una compilación de bases de datos, portales web y servidores utilizados para catalogar microARN y sus dianas. Los microARN (miARN) representan una clase importante de AR...

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Esta es una compilación de bases de datos, portales web y servidores utilizados para catalogar microARN y sus dianas. Los microARN (miARN) representan una clase importante de ARN pequeños no codificantes (ARNnc) que regulan la expresión génica al dirigirse y unirse a los ARN mensajeros (ARNm). [ 1 ] La unión entre cada microARN y el ARNm seleccionado ocurre dentro del complejo de silenciamiento inducido por ARN (miRISC) y conduce a una disminución de la expresión de proteínas a través de la represión traslacional y/o la degradación del ARNm. [ 2 ] Dado que el reconocimiento de la diana ocurre a través del apareamiento de bases , se han desarrollado varios modelos de predicción que buscan predecir posibles dianas de ARNm basándose en la complementariedad de secuencia y otras características [ 3 ] [ 4 ] Estos recursos deben distinguirse de las bases de datos que recopilan interacciones experimentales observadas . Además, la evidencia experimental puede deducirse de experimentos de alto rendimiento , que recopilan grandes cantidades de datos pero tienden a ser más propensos a errores, y experimentos de bajo rendimiento, en los que se prueba una sola diana de ARNm o unas pocas dianas. Aunque se han realizado esfuerzos considerables para estandarizar el vocabulario de anotación y los identificadores de ARN para respaldar la integración de datos y mejorar la claridad para los lectores, aún existen discrepancias significativas en los criterios de anotación entre las bases de datos, lo que dificulta que los usuarios determinen qué constituye un interactor genuino. [ 5 ] [ 6 ] .

bases de datos de genes diana de microARN

bases de datos de microARN

Referencias

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  2. ↑ Meister, G.; Tuschl, T. (2004). "Mecanismos de silenciamiento génico por ARN de doble cadena". Nature . 431 (7006): 343– 349. Bibcode : 2004Natur.431..343M . doi : 10.1038/nature02873 . PMID 15372041 . 
  3. ↑ Agarwal, V.; Bell, GW; Nam, JW; Bartel, D. (2015). "Predicción de sitios diana de microARN efectivos en ARNm de mamíferos" . eLife . 4 e05005. doi : 10.7554/eLife.05005 . PMC 4532895. PMID 26267216 .  
  4. ↑ Quillet, A.; Anouar, Y.; Lecroq, T.; Dubessy, C. (2021). "Métodos de predicción para dianas de microARN en animales bilaterales: Hacia una mejor comprensión por parte de los biólogos" . Comput Struct Biotechnol J. 19 : 5811–5825 . doi : 10.1016 /j.csbj.2021.10.025 . PMC 8567327. PMID 34765096 .  
  5. ↑ Huntley, RP; Kramarz, B.; Sawford, T.; Umrao, Z.; Kalea, A.; Acquaah, V.; Martin, M.; Mayr, M.; Lovering, RC (2018). " Ampliando los horizontes de la bioinformática de microARN" . RNA . 24 (8): 1005– 1017. doi : 10.1261/rna.065565.118 . PMC 6049505. PMID 29871895 .  
  6. ↑ Panni, S.; Panneerselvam, K.; Porras, P.; Duesbury, M.; Perfetto, L.; Licata, L.; Hermjakob, H.; Orchard, S. (2023). "El panorama de la anotación de interacciones de microARN: análisis de tres trastornos raros como estudio de caso" . Base de datos (Oxford) baad066. doi : 10.1093/database/baad066 . PMC 10566539. PMID 37819683 .  
  7. ↑ Rokavec, Matjaz; Hermeking, Heiko (septiembre de 2025). "miRTARGET: una herramienta web integrada para la identificación de dianas de microARN con potencial valor terapéutico o pronóstico en el cáncer" . Neoplasia . 67 101202. doi : 10.1016 /j.neo.2025.101202 . PMC 12226135. PMID 40561849 .  
  8. ↑ Yang, J. -H.; Li, J. -H.; Shao, P.; Zhou, H.; Chen, Y. -Q.; Qu, L. -H. (2010). "StarBase: Una base de datos para explorar mapas de interacción microARN-ARNm a partir de datos Argonaute CLIP-Seq y Degradome-Seq" . Nucleic Acids Research . 39 (Número especial de bases de datos): D202– D209. doi : 10.1093/nar/ gkq1056 . PMC 3013664. PMID 21037263 .  
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Lecturas adicionales

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  • Ambros, V (2001). "microARN: pequeños reguladores con gran potencial" . Cell . 107 (7): 823– 826. doi : 10.1016/S0092-8674(01)00616-X . PMID 11779458 . 
  • Base de datos starBase
  • Herramienta StarScan
  • Cupido: reconstrucción simultánea de redes de microARN-diana y ceRNA.
  • Base de datos miRBase
  • base de datos deepBase
  • Escaneo de objetivo
  • picTar
  • base de datos miRecords
  • Base de datos TarBase
  • Biblioteca de identificación de objetivos
  • Base de datos miRTarBase archivada el 24/03/2011 en Wayback Machine .
  • Herramienta MBSTAR