Mark B. Gerstein

Mark Bender Gerstein es un científico estadounidense que trabaja en bioinformática y ciencia de datos . Es profesor Albert L. Williams de Informática Biomédica , profesor de biofísica molecular y bioquímica , profesor de estadística y ciencia de datos , y profesor de informática en la Universidad de Yale . ^{[ 9 ]} También es codirector del programa de Biología Computacional y Bioinformática de Yale . En 2018, Gerstein fue nombrado codirector del Centro de Ciencia de Datos Biomédicos de Yale. ^{[ 10 ]}

Después de graduarse de Harvard College summa cum laude con una licenciatura en física en 1989, Gerstein realizó un doctorado codirigido por Ruth Lynden-Bell ^{[ 6 ]} en la Universidad de Cambridge y Cyrus Chothia en el Laboratorio de Biología Molecular sobre simulación de líquidos y cambio conformacional macromolecular en proteínas, graduándose en 1993. ^{[ 11 ]} Luego pasó a la investigación postdoctoral en bioinformática en la Universidad de Stanford de 1993 a 1996 bajo la supervisión del premio Nobel Michael Levitt .

Gerstein realiza investigaciones en el campo de la bioinformática . ^{[ 4 ] [ 12 ] [ 13 ]} Esto implica la aplicación de una variedad de enfoques computacionales a problemas en biología molecular , incluyendo minería de datos y aprendizaje automático, simulación molecular y diseño de bases de datos. Su grupo de investigación tiene varios enfoques que incluyen la anotación del genoma humano, ^{[ 14 ]} genómica personal , genómica del cáncer , construcción de herramientas AL/ML, análisis de redes moleculares, simulación de movimientos macromoleculares y procesamiento de datos de biosensores e imágenes. Las bases de datos y herramientas notables que el grupo ha desarrollado incluyen la Base de Datos de Movimientos Macromoleculares , ^{[ 7 ] [ 8 ]} que categoriza el cambio conformacional macromolecular ; tYNA, ^{[ 15 ]} que ayuda a analizar redes moleculares; PubNet, ^{[ 16 ]} que analiza redes de publicación; PeakSeq, ^{[ 17 ]} que identifica regiones en el genoma unidas por factores de transcripción particulares; y CNVnator, ^{[ 18 ]} que clasifica las variantes de bloque en el genoma. Gerstein también ha escrito extensamente sobre cómo los problemas generales de la ciencia de datos impactan en la genómica, en particular, en relación con la privacidad ^{[ 19 ]} y la estructuración de la comunicación científica. ^{[ 20 ]}

El trabajo de Gerstein se ha publicado en revistas científicas revisadas por pares ^{[ 21 ] [ 22 ]} y en publicaciones no científicas en foros más populares. ^{[ 23 ]} Su trabajo ha sido altamente citado, con un índice H mayor de 200. ^{[ 4 ]} Forma parte de varios consejos editoriales y asesores, incluidos los de PLoS Computational Biology , Genome Research , Genome Biology y Molecular Systems Biology . Ha sido citado en el New York Times, ^{[ 24 ] [ 25 ] [ 26 ]} incluso en la portada, ^{[ 14 ]} y en otros periódicos importantes. ^{[ 27 ]}

Además de un premio WM Keck Foundation Distinguished Young Scholars, ^{[ 28 ]} Gerstein ha recibido premios de la Marina de los EE. UU. , IBM , Pharmaceutical Research and Manufacturers of America y la Fundación Donaghue . ^{[ 29 ]} Es miembro de la AAAS . ^{[ 1 ]} Otros premios incluyen una beca Herchel-Smith que apoya su trabajo doctoral en Emmanuel College, Cambridge y una beca postdoctoral de la Fundación Damon Runyon para la Investigación del Cáncer . Es colaborador de varios consorcios científicos, incluidos ENCODE , ^{[ 30 ]} modENCODE , ^{[ 31 ] [ 32 ] [ 33 ]} 1000 Genomes Project , Brainspan , ^{[ 34 ]} y DOE Kbase . Fue nombrado miembro de la Sociedad Internacional de Biología Computacional (ISCB) en 2015 ^{[ 2 ]} y también recibió un premio a los logros de un científico sénior de la ISCB en 2023. ^{[ 3 ]}

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