Esta es una lista de bases de datos de ARN no codificante largo , que proporcionan información sobre los lncRNA . [ 1 ] [ 2 ]
Bases de datos de ARN largos no codificantes
Referencias
- ↑ Rinn, JL; Chang, HY (2012). "Regulación del genoma por ARN largos no codificantes" . Annual Review of Biochemistry . 81 : 145–166 . doi : 10.1146/annurev-biochem-051410-092902 . PMC 3858397. PMID 22663078 .
- ↑ Martin, L.; Chang, HY (2012). "Descubriendo el papel de la "materia oscura" genómica en las enfermedades humanas" . Journal of Clinical Investigation . 122 (5): 1589– 1595. doi : 10.1172/JCI60020 . PMC 3336981. PMID 22546862 .
- ↑ Zheng, LL; Li, JH; Wu, J; Sun, WJ; Liu, S; Wang, ZL; Zhou, H; Yang, JH; Qu, LH (4 de enero de 2016). "deepBase v2.0: identificación, expresión, evolución y función de ARN pequeños, ARN no codificantes largos y ARN circulares a partir de datos de secuenciación profunda" . Nucleic Acids Research . 44 (D1): D196–202. doi : 10.1093 / nar/gkv1273 . PMC 4702900. PMID 26590255 .
- ↑ Volders, P. -J.; Helsens, K.; Wang, X.; Menten, B.; Martens, L.; Gevaert, K.; Vandesompele, J.; Mestdagh, P. (2012). "LNCipedia: Una base de datos para secuencias y estructuras de transcritos de lncRNA humanos anotados" . Nucleic Acids Research . 41 (Número especial de bases de datos): D246– D251. doi : 10.1093/nar/gks915 . PMC 3531107. PMID 23042674 .
- ^ Volders, PJ; Verheggen, K; Menschaert, G; Vandepoele, K; Martens, L; Vandesompele, J; Mestdagh, P (2015). "Una actualización de LNCipedia: una base de datos para secuencias de lncRNA humano anotadas" . Investigación de ácidos nucleicos . 43 (Problema de la base de datos): D174–180. doi : 10.1093/nar/gku1060 . PMC 4383901 . PMID 25378313 .
- ↑ Amaral, PP; Clark, MB; Gascoigne, DK; Dinger, ME; Mattick, JS (2010). "LncRNAdb: Una base de datos de referencia para ARN largos no codificantes" . Nucleic Acids Research . 39 (Número especial de bases de datos): D146– D151. doi : 10.1093/nar/ gkq1138 . PMC 3013714. PMID 21112873 .
- ↑ Ma, Lina; Li, Ang; Zou, Dong; Xu, Xingjian; Xia, Lin; Yu, Jun; Bajic, Vladimir B.; Zhang, Zhang (2015). "LncRNAWiki: aprovechamiento del conocimiento de la comunidad en la curación colaborativa de ARN largos no codificantes humanos" . Nucleic Acids Research . 43 (número especial de bases de datos): D187– D92. doi : 10.1093/nar/gku1167 . PMC 4383965. PMID 25399417 .
- ↑ Ma, Lina; Cao, Jiabao; Liu, Lin; Du, Qiang; Li, Zhao; Zou, Dong; Bajic, Vladimir B.; Zhang, Zhang (2019). "LncBook: una base de conocimiento curada de ARN largos no codificantes humanos" . Nucleic Acids Research . 47 (número especial de bases de datos): D128– D134. doi : 10.1093/nar/gky960 . PMC 6323930. PMID 30329098 .
- ↑ Josset L, Tchitchek N, Gralinski LE, Ferris MT, Eisfeld AJ, Green RR; et al. (2014). "Anotación de ARN largos no codificantes expresados en ratones fundadores de cruces colaborativos en respuesta a la infección por virus respiratorios revela una nueva clase de transcritos estimulados por interferón" . RNA Biol . 11 (7): 875–90 . doi : 10.4161/rna.29442 . PMC 4179962. PMID 24922324 .
{{cite journal}}: CS1 maint: varios nombres: lista de autores ( enlace ) - ↑ Bu, D.; Yu, K.; Sun, S.; Xie, C.; Skogerbø, G.; Miao, R.; Xiao, H.; Liao, Q.; Luo, H.; Zhao, G.; Zhao, H.; Liu, Z.; Liu, C.; Chen, R.; Zhao, Y. (2011). "NONCODE v3.0: Anotación integradora de ARN largos no codificantes" . Nucleic Acids Research . 40 (número especial de bases de datos): D210– D215. doi : 10.1093 / nar/gkr1175 . PMC 3245065. PMID 22135294 .
- ↑ Dinger, ME; Pang, KC; Mercer, TR; Crowe, ML; Grimmond, SM; Mattick, JS (2009). "NRED: Una base de datos de expresión de ARN no codificante largo" . Nucleic Acids Research . 37 (Número especial de bases de datos): D122– D126. doi : 10.1093/nar/ gkn617 . PMC 2686506. PMID 18829717 .
- ↑ Weirick, T.; David, J.; Stefanie, D.; Uchida, S. (2015). "C-It-Loci: una base de datos de conocimiento para loci enriquecidos en tejidos" . Bioinformatics . 31 (21): 3537– 3543. doi : 10.1093/bioinformatics/btv410 . PMID 26163692 .
- ↑ Iyer, Matthew K.; Niknafs, Yashar S.; Malik, Rohit; Singhal, Udit; Sahu, Anirban; Hosono, Yasuyuki; Barrette, Terrence R.; Prensner, John R.; Evans, Joseph R. (marzo de 2015). "El panorama de los ARN largos no codificantes en el transcriptoma humano" . Nature Genetics . 47 (3): 199–208 . doi : 10.1038/ng.3192 . ISSN 1546-1718 . PMC 4417758. PMID 25599403 .
- ↑ Chen, Jenny; Shishkin, Alexander A.; Zhu, Xiaopeng; Kadri, Sabah; Maza, Itay; Guttman, Mitchell; Hanna, Jacob H.; Regev, Aviv; Garber, Manuel (2016-02-02). "Análisis evolutivo en mamíferos revela clases distintas de ARN largos no codificantes" . Genome Biology . 17 19. doi : 10.1186/s13059-016-0880-9 . ISSN 1474-760X . PMC 4739325. PMID 26838501 .
- ^ Carlevaro-Fita, Joana; Lanzós, Andrés; Feuerbach, Lars; Hong, Chen; Mas-Ponte, David; Skou Pedersen, Jakob; Johnson, Rory (2020). "El censo de LncRNA de cáncer revela evidencia de una conservación funcional profunda de ARN largos no codificantes en la tumorigénesis" . Biología de las Comunicaciones . 3 (1): 56. doi : 10.1038/s42003-019-0741-7 . PMC 7002399 . PMID 32024996 .
- ↑ You, Bo-Hyun; Yoon, Sang-Ho; Nam, Jin-Wu (2017-06-01). "Mapas de transcriptoma codificantes y no codificantes de alta confianza" . Genome Research . 27 (6): 1050– 1062. doi : 10.1101/gr.214288.116 . ISSN 1088-9051 . PMC 5453319. PMID 28396519 .
- ↑ Seifuddin, Fayaz; Singh, Komudi; Suresh, Abhilash; Judy, Jennifer T.; Chen, Yun-Ching; Chaitankar, Vijender; Tunc, Ilker; Ruan, Xiangbo; Ping, Li; Chen, Yi; Cao, Haiming; Lee, Richard S.; Goes, Fernando S.; Zandi, Peter P.; Jafri, M. Saleet; Pirooznia, Mehdi (2020-10-05). "lncRNAKB, una base de conocimiento de anotación funcional específica de tejido y asociación de rasgos de ARN no codificante largo" . Scientific Data . 7 (1) 326: 326. Bibcode : 2020NatSD...7..326S . doi : 10.1038/s41597-020-00659-z . PMC 7536183 . PMID 33020484 .
- ^ Marino, Giacomo B; Wojciechowicz, Megan L; Clarke, Daniel JB; Kuleshov, Máximo V; Xie, Zhuorui; Jeon, Minji; Lachmann, Alejandro; Ma'ayan, Avi (4 de marzo de 2023). "lncHUB2: conocimiento agregado e inferido sobre lncRNA humanos y de ratón" . Base de datos . 2023 malo009. doi : 10.1093/base de datos/baad009 . ISSN 1758-0463 . PMC 9985331 . PMID 36869839 .
Categorías :
- Listas relacionadas con bases de datos
- bases de datos genéticas
- Listas relacionadas con la genética
- ARN
- ARN no codificante