Indel

Indel ( inserción - deleción ) es un término de biología molecular que se refiere a la inserción o deleción de bases en el genoma de un organismo. Los indels de ≥ 50 bases de longitud se clasifican como variantes estructurales . ^{[ 1 ] [ 2 ]}

En las regiones codificantes del genoma, a menos que la longitud de una inserción/deleción (indel) sea un múltiplo de 3, producirá una mutación de cambio de marco de lectura . Por ejemplo, una microinserción/deleción común que produce un cambio de marco de lectura causa el síndrome de Bloom en la población judía o japonesa. ^{[ 3 ]} Las indels se pueden contrastar con una mutación puntual . Una indel inserta o elimina nucleótidos de una secuencia, mientras que una mutación puntual es una forma de sustitución que reemplaza uno de los nucleótidos sin cambiar el número total en el ADN. Las indels también se pueden contrastar con las mutaciones de bases en tándem (TBM), que pueden resultar de mecanismos fundamentalmente diferentes. ^{[ 4 ]} Una TBM se define como una sustitución en nucleótidos adyacentes (principalmente sustituciones en dos nucleótidos adyacentes, pero se han observado sustituciones en tres nucleótidos adyacentes). ^{[ 5 ]}

Las inserciones o deleciones (indels) pueden utilizarse como marcadores genéticos en poblaciones naturales, especialmente en estudios filogenéticos . ^{[ 6 ] [ 7 ]} Se ha demostrado que las regiones genómicas con múltiples indels también pueden utilizarse para procedimientos de identificación de especies. ^{[ 8 ] [ 9 ] [ 10 ]}

Un cambio de inserción/deleción (indel) de un solo par de bases en la parte codificante de un ARNm produce un cambio de marco de lectura durante la traducción del ARNm que podría conducir a un codón de parada inapropiado (prematuro) en un marco de lectura diferente. Las indels que no son múltiplos de 3 son particularmente infrecuentes en las regiones codificantes, pero relativamente comunes en las regiones no codificantes. ^{[ 11 ] [ 12 ]} Hay aproximadamente entre 192 y 280 indels que provocan cambios de marco de lectura en cada persona. ^{[ 13 ]} Es probable que las indels representen entre el 16 % y el 25 % de todos los polimorfismos de secuencia en humanos. ^{[ 14 ]} En la mayoría de los genomas conocidos, incluido el humano, la frecuencia de indels tiende a ser marcadamente menor que la de los polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) , excepto cerca de regiones altamente repetitivas, incluidos los homopolímeros y los microsatélites . ^{[ 15 ]}

El término "indel" ha sido adoptado en los últimos años por los genómicos para su uso en el sentido descrito anteriormente. Esto representa un cambio respecto a su uso y significado originales, que surgieron de la sistemática . En sistemática, los investigadores podían encontrar diferencias entre secuencias, por ejemplo, de dos especies distintas. Sin embargo, era imposible inferir si una especie había perdido la secuencia o si la otra la había adquirido. Por ejemplo, la especie A tiene una secuencia de 4 nucleótidos de guanina (G) en un locus y la especie B tiene 5 G en el mismo locus. Si se desconoce el modo de selección, no se puede determinar si la especie A perdió una G (un evento de "deleción") o si la especie B la adquirió (un evento de "inserción"). Cuando no se puede inferir la dirección filogenética del cambio de secuencia, este se denomina "indel".

Utilizando modelos de ratón con inmunoglobulina de pasajero, un estudio encontró que los eventos indel más frecuentes son los indels de ±1 par de bases (pb) dependientes de la citidina desaminasa inducida por activación (AID), que pueden conducir a resultados perjudiciales, mientras que los indels más largos en el marco de lectura fueron resultados raros. ^{[ 16 ]}

• Inserción (genética)
• Eliminación (genética)