Articulo de referencia

Halorubrum

"},"type_species":{"wt":"''[[Halorubrum saccharovorum]]''"},"type_species_authority":{"wt":"(Tomlinson & Hochstein 1977) McGenity & Grant 1996"},"subdivision_ranks":{"wt":"[[Spe...

Halorubrum es un género de la familia Halorubraceae . Las especies de Halorubrum suelen ser halófilas y se pueden encontrar en aguas con alta concentración de sal, como el Mar Muerto o el lago Zabuye .

Intercambio genético

Una población de la haloarquea Halorubrum en su entorno natural de alta concentración de sal intercambió información genética frecuentemente por recombinación. [ 2 ] Esta población exhibió un grado de equilibrio de ligamiento cercano al de una población sexual.

Especies

Halorubrum ejinorense fue aislado por primera vez del lago Ejinor en Mongolia Interior , China. [ 3 ]

Halorubrum lacusprofundi fue aislado por primera vez en la década de 1980 del lago Deep , en la Antártida . [ 4 ] Su genoma , secuenciado en 2008, consta de dos cromosomas (uno de 2,74 Mb y el otro de 0,53 Mb) y un plásmido (0,43 Mb). [ 5 ] Su enzima β-galactosidasa ha sido ampliamente estudiada para comprender cómo funcionan las proteínas en ambientes de baja temperatura y alta salinidad. [ 6 ] [ 7 ] Una cepa de H. lacusprofundi contiene un plásmido para la transferencia horizontal de genes , que tiene lugar a través de un mecanismo que utiliza partículas similares a virus encerradas en vesículas. [ 8 ]

Halorubrum sodomense se identificó por primera vez en el Mar Muerto en 1980. Requiere una mayor concentración de iones Mg²⁺ para su crecimiento que otros halófilos relacionados . [ 9 ] Su membrana celular contiene arquerodopsina -3 (AR3), una proteína fotorreceptora que capta la energía de la luz solar para generar una fuerza protón-motriz que se utiliza para la síntesis de ATP . [ 10 ] [ 11 ] Los mutantes de AR3 se utilizan ampliamente como herramientas en optogenética para la investigación en neurociencia. [ 12 ]

Halorubrum tibetense fue aislado por primera vez del lago Zabuye en el Tíbet, China. [ 13 ]

Halorubrum xinjiangense fue aislado por primera vez del lago Xiao-Er-Kule en Xinjiang, China. [ 14 ]

Especies propuestas

Se han propuesto varias especies y nuevos nombres binomiales, pero no se han publicado válidamente.

  • " Halorubrum africanae " Kharroub et al. 2007b y " Halorubrum Constantinense " Kharroub et al. 2007b fueron aislados en Argelia y propuestos como nuevas especies en 2007 [ 15 ] y 2005. [ 16 ]
  • " Halorubrum alimentarium " Nam et al. 2008 nom. nud. y " Halorubrum koreense " Nam et al. 2008 nom. nud. son los nombres propuestos para las cepas no descritas B43 y B6 , que aparecen en una publicación de 2008. [ 17 ]
  • " Halorubrum halotolerans " Sabet et al. 2009 es el nombre propuesto para una cepa no descrita aislada de salinas solares en Baja California en 2009. [ 18 ]
  • Halorubrum hochsteniumes el nombre propuesto para el genoma completo de la cepa no descrita ATCC 700873 , suministrado a las bases de datos en 2014. [ 19 ] [ 20 ]
  • " Halorubrum jeotgali " Roh et al. 2007b fue aislado de muestras de mariscos tradicionales coreanos y propuesto como nueva especie en 2007. [ 21 ] Halorubrum cibarium fue propuesto en la misma publicación. Fue propuesto nuevamente bajo el nombre H. cibi y aceptado en 2009.
  • " Halorubrum kribbense " Nkamga, Henrissat & Drancourt 2017 y " Halorubrum norisence " Nkamga, Henrissat & Drancourt 2017 son nombres propuestos para cepas no aisladas del microbioma intestinal humano, referenciadas en una publicación de 2017. [ 22 ]
  • H. miltondacostae Albuquerque et al. 2025
  • " Halorubrum salipaludis " Gong et al. 2021 se publicó por primera vez en 2021. [ 23 ]
  • " Halorubrum salsolis "
  • Halorubrum salsamentifue aislada de salmuera y propuesta como nueva especie en 2017. [ 24 ]
  • " Halorubrum sfaxense " Trigui et al. 2011 fue aislada en Túnez y propuesta como nueva especie en 2017. [ 25 ]
  • " Halorubrum tropicale "fue aislada en Puerto Rico y propuesta como nueva especie en 2016. [ 26 ]

Filogenia

La taxonomía actualmente aceptada se basa en la Lista de nombres procariotas con estatus en la nomenclatura (LPSN) [ 1 ] y el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI). [ 27 ]

Referencias

  1. 1 2 3 J.P. Euzéby. "Halorubrum" . Lista de nombres procariotas con estatus en la nomenclatura (LPSN) . Recuperado el 10 de octubre de 2023 .
  2. Papke RT, Koenig JE, Rodríguez-Valera F, Doolittle WF (diciembre de 2004). "Recombinación frecuente en una población de Halorubrum de salinas". Science . 306 (5703): 1928– 9. Bibcode : 2004Sci...306.1928P . doi : 10.1126/science.1103289 . PMID 15591201 . S2CID 21595153 .  
  3. ^ Castillo AM, Gutiérrez MC, Kamekura M, Xue Y, Ma Y, Cowan DA, Jones BE, Grant WD, Ventosa A (2007). "Halorubrum Ejinorense Sp. Nov., aislado del lago Ejinor, Mongolia Interior, China" . Revista Internacional de Microbiología Sistemática y Evolutiva . 57 (11): 2538–2542 . doi : 10.1099/ijs.0.65241-0 . PMID 17978215 . 
  4. Franzmann PD, Stacklebrandt E, Sanderson K, Volkman JK, Camberon DE, Stevenson PL, McMeekin TA, Burton HR (1988). " Halobacterium lacusprofundii sp. nov., una bacteria halófila aislada del lago Deep, Antártida". Systematic and Applied Microbiology . 11 (1): 20– 27. doi : 10.1016/S0723-2020(88)80044-4 .
  5. Anderson IJ, DasSarma P, Lucas S, Copeland A, Lapidus A, Del Rio T, Tice H, Dalin E, Bruce DC, Goodwin L, Pitluck S, Sims D, Brettin TS, Detter JC, Han CS, Larimer F, Hauser L, Land M, Ivanova N, Richardson P, Cavicchioli R, DasSarma S, Woese CR, Kyrpides (2008). " Secuencia genómica completa de la cepa tipo Halorubrum lacusprofundi antártica ACAM 34" . Standards in Genomic Sciences . 11 (1): 70. doi : 10.1186/s40793-016-0194-2 . PMC 5018182. PMID 27617060 .  
  6. Karan R, Capes MD, DasSarma P, DasSarma S (2013). "Clonación, sobreexpresión, purificación y caracterización de una β-galactosidasa poliextremófila del haloarqueón antártico Halorubrum lacusprofundi " . BMC Biotechnol . 13 : 10.1186/1472-6750-13-3. doi : 10.1186/1472-6750-13-3 . PMC 3556326. PMID 23320757 .  
  7. Laye VJ, Karan R, Kim JM, Pecher WT, DasSarma P, DasSarma S (2017). "Residuos de aminoácidos clave que confieren una mayor actividad enzimática a bajas temperaturas en una β-galactosidasa poliextremófila antártica" . PNAS . 114 ( 47): 12530–35 . Bibcode : 2017PNAS..11412530L . doi : 10.1073/pnas.1711542114 . PMC 5703305. PMID 29109294 .  
  8. Erdmann S, Tschitschko B, Zhong L, Raftery MJ, Cavicchioli R (9 de septiembre de 2017). "Un plásmido de una haloarquea antártica utiliza vesículas de membrana especializadas para diseminarse e infectar células libres de plásmidos". Nature Microbiology . 2 (10): 1446– 1455. doi : 10.1038/s41564-017-0009-2 . hdl : 1959.4/unsworks_49908 . PMID 28827601 . S2CID 38729395 .  
  9. Oren A (1983). " Halobacterium sodomense sp. nov., una halobacteria del Mar Muerto con un requerimiento de magnesio extremadamente alto" . International Journal of Systematic Bacteriology . 33 (2): 381– 386. doi : 10.1099/00207713-33-2-381 .
  10. ^ Ihara K, Umemura T, Katagiri I, Kitajima-Ihara T, Sugiyama Y, Kimura Y, Mukohata Y (enero de 1999). "Evolución de las rodopsinas arqueales: cambios en la tasa de evolución por duplicación de genes y diferenciación funcional". Revista de biología molecular . 285 (1): 163– 74. doi : 10.1006/jmbi.1998.2286 . PMID 9878396 . 
  11. Bada Juarez JF, Judge PJ, Adam S, Axford D, Vinals J, Birch J, Kwan TO, Hoi KK, Yen HY, Vial A, Milhiet PE, Robinson CV, Schapiro I, Moraes I, Watts A (2021). "Las estructuras del transportador arquerodopsina 3 revelan que el desorden de las redes internas de agua sustenta la sensibilización del receptor" . Nature Communications . 12 (1): 629. Bibcode : 2021NatCo..12..629B . doi : 10.1038/ s41467-020-20596-0 . PMC 7840839. PMID 33504778 .  
  12. Flytzanis NC, Bedbrook CN, Chiu H, Engqvist MK, Xiao C, Chan KY, Sternberg PW, Arnold FH, Gradinaru V (2014). "Variantes de arquerodopsina con fluorescencia sensible al voltaje mejorada en neuronas de mamíferos y Caenorhabditis elegans " . Nature Communications . 5 : 4894. Bibcode : 2014NatCo...5.4894F . doi : 10.1038/ncomms5894 . PMC 4166526. PMID 25222271 .  
  13. Fan H, Xue Y, Ma Y, Ventosa A, Grant WD (2004). " Halorubrum tibetense sp. nov., una nueva arquea haloalcalifílica del lago Zabuye en el Tíbet, China" . International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 54 (4): 1213– 1216. doi : 10.1099/ijs.0.03032-0 . hdl : 2381/15040 . PMID 15280294 . 
  14. Feng J, Zhou PJ, Liu SJ (2004). " Halorubrum xinjiangense sp. nov., un nuevo halófilo aislado de lagos salinos en China" . International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 54 (5): 1789– 1791. doi : 10.1099/ijs.0.63209-0 . PMID 15388744 . 
  15. ^ Explorador de taxonomía NCBI (Halorubrum africanae) , consultado el 14 de julio de 2022
  16. Navegador de taxonomía del NCBI (Halorubrum constantinense) , consultado el 14 de julio de 2022
  17. Nam Young-Do; Chang Ho-Won; Kim Kyoung-Ho; Roh Seong Woon; Kim Min-Soo; Jung Mi-Ja; Lee Si-Woo; Kim Jong-Yeol; Yoon Jung-Hoon; Bae Jin-Woo (2008). "Diversidad bacteriana, arqueal y eucariota en los intestinos de personas coreanas". Journal of Microbiology . 46 (5): 491– 501. doi : 10.1007/s12275-008-0199-7 . PMID 18974948. S2CID 24070213 .  
  18. Sabet S, Diallo L, Hays L, Jung W, Dillon JG (2009). "Caracterización de halófilos aislados de salinas solares en Baja California, México". Extremophiles . 13 (4): 643– 656. doi : 10.1007/s00792-009-0247-1 . PMID 19418017 . S2CID 1040194 .  
  19. Navegador de taxonomía del NCBI (Halorubrum hochstenium ATCC 700873) , consultado el 14 de julio de 2022
  20. Página: "Halorubrum hochstenium 1-13-28" en Integrated Microbial Genomes&Microbioms , consultado el 14 de julio de 2022.
  21. ^ Explorador de taxonomía NCBI (Halorubrum cibarium) , consultado el 14 de julio de 2022
  22. Nkamga, Vanessa Demonfort; Henrissat, Bernard; Drancourt, Michel (2017). "Arqueas: habitantes esenciales de la microbiota digestiva humana" . Human Microbiome Journal . 3 : 1–8 . doi : 10.1016/j.humic.2016.11.005 .
  23. Página: "Especie: Halorubrum salipaludis" en "LPSN - Lista de nombres procarióticos con Standing en Nomenclatura" . Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen . Consultado el 14 de julio de 2022 .
  24. Navegador de taxonomía del NCBI (Halorubrum salsamenti) , consultado el 14 de julio de 2022
  25. Navegador de taxonomía del NCBI (Halorubrum sfaxense) , consultado el 14 de julio de 2022
  26. Navegador de taxonomía del NCBI (Halorubrum tropicale) , consultado el 14 de julio de 2022
  27. Sayers; et al. "Halorubrum" . Base de datos de taxonomía del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) . Recuperado el 10 de octubre de 2023 . 
  28. "El LTP" . Consultado el 10 de diciembre de 2024 .
  29. "Árbol LTP_all en formato newick" . Consultado el 10 de diciembre de 2024 .
  30. "Notas de la versión LTP_10_2024" (PDF) . Consultado el 10 de diciembre de 2024 .
  31. "GTDB versión 10-RS226" . Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 1 de mayo de 2025 .
  32. "ar53_r226.sp_label" . Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 1 de mayo de 2025 .
  33. "Historial de taxones" . Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 1 de mayo de 2025 .

Lecturas adicionales

Revistas científicas

  • Oren A, Ventosa A (2000). "Subcomité del Comité Internacional de Bacteriología Sistemática sobre la taxonomía de Halobacteriaceae. Actas de las reuniones, 16 de agosto de 1999, Sídney, Australia" . Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 50 (3): 1405–1407 . doi : 10.1099/00207713-50-3-1405 . PMID 10843089 . 
  • Oren A, Ventosa A (1996). "Una propuesta para la transferencia de Halorubrobacterium distributum y Halorubrobacterium coriense al género Halorubrum como Halorubrum distributum comb. nov. y Halorubrum coriense comb. nov., respectivamente" . Int. J. Sistema. Bacteriol . 46 (4): 1180. doi : 10.1099/00207713-46-4-1180 .
  • McGenity TJ, Grant WD (1995). "Transferencia de Halobacterium saccharovorum, Halobacterium sodomense, Halobacterium trapanicum NRC 34021 y Halobacterium lacusprofundi al género Halorubrum gen. nov., como Halorubrum saccharovorum comb. nov., Halorubrumsodomense comb. nov., Halorubrum trapanicum comb. nov. y Halorubrum lacusprofundi comb.nov". Sistema. Aplica. Microbiol . 18 (2): 237– 243. doi : 10.1016/s0723-2020(11)80394-2 .
  • Kamekura M, Dyall-Smith ML (1995). "Taxonomía de la familia Halobacteriaceae y descripción de dos nuevos géneros Halorubrobacterium y Natrialba" . J. Gen. Appl. Microbiol . 41 (4): 333– 350. doi : 10.2323/jgam.41.333 .
  • Papke T, Fullmer M, Soucy S, Swithers K, Makkay A, Wheeler R, Ventosa A, Gogarten P (11 de abril de 2014). " Análisis poblacional y genómico del género Halorubrum" . Frontiers in Microbiology . 5 (Artículo n.º: 140): 140. doi : 10.3389/fmicb.2014.00140 . PMC 3990103. PMID 24782836 .  

Libros científicos

  • Gibbons, NE (1974). "Familia V. Halobacteriaceae fam. nov." En RE Buchanan; NE Gibbons (eds.). Bergey's Manual of Determinative Bacteriology (8.ª  ed.). Baltimore: The Williams & Wilkins Co. ISBN 0-683-01117-0.
  • Halorubrum en Bac Dive : la base de datos de metadatos de diversidad bacteriana
Obtenido de " https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Halorubrum&oldid=1344918418 "