Genostar

• Mapeo de un conjunto de secuencias sobre una secuencia de referencia.
• entre una secuencia de referencia y contigs, entre dos secuencias o entre dos conjuntos de secuencias
• Búsqueda de coincidencias exactas con longitud mínima utilizando MUMmer
• detección de regiones específicas y SNP
• creación de una secuencia ensamblada en relación con secuencias de referencia

• Predicción genética: predicción genética ab initio mediante un método basado en modelos ocultos de Markov.
• BlastX
• Transferencia automática de anotaciones mediante BlastP

Metabolic Pathway Builder integra varios métodos dedicados a la anotación de proteínas:

• Predicción de dominios Pfam usando HMMER
• Varios métodos EMBOSS (antigénicos, predicción de estructura 2D)

La solución de datos de expresión (EDS) de Genostar conecta los datos de microarrays con genes, productos génicos y reacciones bioquímicas, basándose en palabras clave y anotaciones. Este software permite:

• Asigne valores de expresión a los nombres e identificadores de los genes.
• Identificar genes coexpresados ​​y analizar visualmente las reacciones y vías metabólicas en las que participan.
• Identificar y analizar genes corregulados en términos de localización genómica, anotación funcional y metabolismo.
• Colorea las secuencias codificantes (CDS) de interés en los mapas genómicos según sus valores de expresión y resalta las reacciones correspondientes en los mapas metabólicos interactivos de KEGG.
• Analizar la significancia de los datos funcionales de una colección o subcolección de CDS ( GO , KEGG y más): prueba de Fisher
• Recopile y visualice todos los datos funcionales en tablas y mapas exportables.

La base de datos MicroB de Genostar consta de datos genómicos, proteicos, bioquímicos y metabólicos de aproximadamente 1100 organismos bacterianos y arqueales.