Alineación generalizada de árboles

En filogenética computacional , el alineamiento generalizado de árboles es el problema de producir un alineamiento de secuencias múltiples y un árbol filogenético en un conjunto de secuencias simultáneamente, en lugar de por separado. ^{[ 1 ]}

Formalmente, la alineación generalizada de árboles es el siguiente problema de optimización.

Entrada : Un conjunto${\displaystyle S}$y una función de distancia de edición${\displaystyle d}$entre secuencias,

Salida : Un árbol${\displaystyle T}$etiquetada con hojas por${\displaystyle S}$y etiquetadas con secuencias en los nodos internos, de tal manera que${\displaystyle \Sigma _{e\in T}d(e)}$se minimiza, donde${\displaystyle d(e)}$es la distancia de edición entre los puntos finales de${\displaystyle e}$. ^{[ 2 ]}

Cabe destacar que esto contrasta con la alineación de árboles , donde el árbol se proporciona como entrada.