GROMOS

Los átomos de hidrógeno alifáticos y aromáticos se incluyeron implícitamente al representar el átomo de carbono y los átomos de hidrógeno unidos como un grupo centrado en el átomo de carbono, un campo de fuerza de átomo unificado. Los parámetros de fuerza de van der Waals se derivaron de cálculos de las estructuras cristalinas de hidrocarburos y de aminoácidos utilizando radios de corte no enlazados cortos (0,8 nm). ^{[ 7 ]} 

En 1996, se publicó una reescritura sustancial del paquete de software. ^{[ 8 ] [ 9 ]} El campo de fuerza también se mejoró, por ejemplo, de la siguiente manera: los grupos CH _n alifáticos se representaron como átomos unidos con interacciones de van der Waals reparametrizadas en base a una serie de simulaciones de dinámica molecular de alcanos líquidos modelo utilizando  radios de corte no enlazados largos (1,4 nm). ^{[ 10 ]} Esta versión se está refinando continuamente y hay varios conjuntos de parámetros diferentes disponibles. GROMOS96 incluye estudios de dinámica molecular, dinámica estocástica y minimización de energía . El componente de energía también fue parte del GROMOS anterior, llamado GROMOS87. GROMOS96 fue planificado y concebido durante un tiempo de 20 meses. El paquete está hecho de 40 programas diferentes, cada uno con una función esencial diferente. Dos ejemplos de programas importantes dentro de GROMOS96 son PROGMT, encargado de construir la topología molecular , y PROPMT, que transforma la topología molecular clásica en la topología molecular de integral de trayectoria.

En 2005 se introdujo una versión actualizada del paquete de software. ^{[ 11 ]}

La versión actual de GROMOS se publicó en noviembre de 2023 y se actualizó en abril de 2024. Desde el lanzamiento de GROMOS11, el paquete consta de dos subpaquetes: gromos++ y md++. El paquete gromos++ incluye numerosos programas más pequeños que facilitan la configuración y el análisis de simulaciones moleculares. El paquete md++ contiene los motores de dinámica molecular propiamente dichos, capaces de realizar minimizaciones de energía, simulaciones dinámicas estocásticas y simulaciones de dinámica molecular. Estos motores pueden incorporar cálculos de energía libre (alquímica) o métodos de muestreo mejorados.

Las nuevas funcionalidades de la versión 1.6.1 incluyen soporte para átomos virtuales con interacciones no enlazadas, campo de reacción desplazado, ^{[ 12 ]} red neuronal de región de búfer, ^{[ 13 ]} TI combinado con (A-)EDS ^{[ 14 ]} y MD acelerada gaussiana selectiva . ^{[ 15 ]}

• 54A8 ^{[ 6 ]} - recalibración de los parámetros de interacción no enlazada para las cadenas laterales de aminoácidos cargadas, basadas en análogos de cadenas laterales iónicas.
• 54A7 ^{[ 16 ]} - 53A6 tomados y ajustados términos de ángulo de torsión para reproducir mejor las propensiones helicoidales, repulsión alterada N–H, C=O, nuevo grupo de carga CH ₃ , parametrización de Na ⁺ y Cl ⁻ para mejorar la energía libre de hidratación y nuevos diedros impropios.
• 54B7 ^{[ 16 ]} - 53B6 en vacío tomado y cambiado de la misma manera que 53A6 a 54A7.

• 53A5 ^{[ 5 ]} - optimizado mediante un primer ajuste para reproducir las propiedades termodinámicas de líquidos puros de una gama de moléculas polares pequeñas y las entalpías libres de solvatación de análogos de aminoácidos en ciclohexano , es una expansión y renumeración de 45A3.
• 53A6 ^{[ 5 ]} - 53A5 cargas parciales tomadas y ajustadas para reproducir entalpías libres de hidratación en agua, recomendadas para simulaciones de biomoléculas en agua explícita.

• 45A3 ^{[ 4 ]} - adecuado para aplicar a agregados lipídicos como membranas y micelas , para sistemas mixtos de alifáticos con o sin agua, para polímeros y otros sistemas apolares que pueden interactuar con diferentes biomoléculas.
• 45A4 ^{[ 17 ]} - 45A3 reparametrizado para mejorar la representación del ADN .

• 43A1 ^{[ 18 ]}
• 43A2 ^{[ 18 ]}