Hispanopedia WikiEl Atlas de Expresión es una base de datos mantenida por el Instituto Europeo de Bioinformática que proporciona información sobre patrones de expresión génica a partir de estudios de RNA-Seq y microarrays , y expresión de proteínas a partir de estudios de proteómica . [ 1 ] El Atlas de Expresión permite realizar búsquedas por gen , variante de empalme , atributo de proteína, enfermedad, tratamiento o parte del organismo (tipos de células/tejidos). Se pueden buscar genes individuales o conjuntos de genes. Todos los conjuntos de datos en el Atlas de Expresión tienen sus metadatos curados manualmente y sus datos analizados a través de pipelines de análisis estandarizados. El Atlas de Expresión tiene dos componentes: el Atlas de Referencia y el Atlas Diferencial.
Atlas de referencia
El Atlas de Referencia proporciona información sobre qué productos génicos están presentes (y en qué abundancia) en condiciones "normales". Este componente del Atlas de Expresión consta de experimentos de secuenciación de ARN (RNA-seq) de los repositorios de ArrayExpress. Su objetivo es responder preguntas como:
- ¿Qué genes se expresan específicamente en el riñón?
- ¿Cuál es el patrón de expresión del gen SAA4 en los tejidos normales?
Atlas diferencial
El Atlas Diferencial permite a los usuarios identificar genes que se regulan al alza o a la baja en diferentes condiciones experimentales.
Véase también
Referencias
Lecturas adicionales
- Petryszak R, Burdett T, Fiorelli B, Fonseca NA, Gonzalez-Porta M, Hastings E, et al. (enero de 2014). "Actualización del Atlas de Expresión: una base de datos de expresión génica y de transcritos a partir de experimentos de genómica funcional basados en microarrays y secuenciación" . Nucleic Acids Research . 42 (Número especial de bases de datos). Oxford University Press (OUP): D926-32. doi : 10.1093/nar/gkt1270 . PMC 3964963. PMID 24304889 .
- Kapushesky M, Adamusiak T, Burdett T, Culhane A, Farne A, Filippov A, et al. (enero de 2012). "Actualización del Atlas de Expresión Génica: una base de datos de valor añadido de experimentos de genómica funcional basados en microarrays y secuenciación" . Nucleic Acids Research . 40 (Número especial de bases de datos). Oxford University Press (OUP): D1077-81. doi : 10.1093/nar/gkr913 . PMC 3245177. PMID 22064864 .
Enlaces externos
- "Acerca de Expression Atlas" . Laboratorio Europeo de Biología Molecular - Instituto Europeo de Bioinformática (EMBL-EBI).
- bases de datos genéticas
- Genómica
- Ciencia abierta
- Ciencia y tecnología en Cambridgeshire
- Distrito de South Cambridgeshire