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ExoCarta

ExoCarta es una base de datos curada manualmente de proteínas, ARN y lípidos exosomales . [ 1 ] [ 2 ] Los exosomas son vesículas derivadas de células que están presentes en much...

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ExoCarta es una base de datos curada manualmente de proteínas, ARN y lípidos exosomales . [ 1 ] [ 2 ]

Los exosomas son vesículas derivadas de células que están presentes en muchos, y quizás en todos, los fluidos biológicos, incluyendo la sangre , la orina y el medio de cultivo de células . [ 3 ] [ 4 ] El diámetro reportado de los exosomas está entre 30 y 100  nm, que es mayor que el LDL , pero mucho menor que, por ejemplo, los glóbulos rojos . Los exosomas se liberan de la célula cuando los cuerpos multivesiculares se fusionan con la membrana plasmática o se liberan directamente de la membrana plasmática. [ 5 ] Cada vez es más evidente que los exosomas tienen funciones especializadas y desempeñan un papel clave en, por ejemplo, la coagulación , la señalización intercelular y la gestión de desechos. [ 3 ] En consecuencia, existe un creciente interés en las aplicaciones clínicas de los exosomas. Los exosomas pueden utilizarse potencialmente para el pronóstico, la terapia y como biomarcadores de salud y enfermedad.

Análisis bioinformático de exosomas

Los exosomas contienen ARN, proteínas, lípidos y metabolitos que reflejan el tipo de célula de origen. Dado que los exosomas contienen numerosas moléculas bioactivas, incluyendo proteínas, ácidos nucleicos, lípidos, azúcares y conjugados relacionados, a menudo se realizan análisis a gran escala, incluyendo proteómica y transcriptómica . [ 6 ] Actualmente, para analizar estos datos, se pueden utilizar herramientas no comerciales como FunRich [ 7 ] para identificar grupos de moléculas sobrerrepresentados.

Referencias

  1. ↑ Mathivanan, Suresh; Fahner Cassie J; Reid Gavin E; Simpson Richard J (octubre de 2011). "ExoCarta 2012: base de datos de proteínas, ARN y lípidos exosomales" . Nucleic Acids Research . 40 (número especial sobre bases de datos): D1241–4. doi : 10.1093 / nar/gkr828 . PMC 3245025. PMID 21989406 .  
  2. ↑ Mathivanan S, Simpson RJ (2009). "ExoCarta: Un compendio de proteínas y ARN exosomales". Proteomics . 9 (21): 4997– 5000. doi : 10.1002/pmic.200900351 . PMID 19810033 . S2CID 22275212 .  
  3. 1 2 van der Pol E; Böing, AN; Harrison P; Sturk A; Nieuwland R (2012). "Clasificación, funciones y relevancia clínica de las vesículas extracelulares". Pharmacol. Rev . 64 (3): 676– 705. doi : 10.1124/pr.112.005983 . PMID 22722893 . S2CID 7764903 .  
  4. ↑ Keller S; Sanderson MP; Stoeck A; Altevogt P (2006). "Exosomas: de la biogénesis y secreción a la función biológica". Immunol. Lett . 107 (2): 102– 8. doi : 10.1016/j.imlet.2006.09.005 . PMID 17067686 . 
  5. ↑ Booth AM; Fang Y; Fallon JK; Yang JM; Hildreth JE; Gould SJ (2006). "Exosomas y brotes de Gag del VIH a partir de dominios similares a endosomas de la membrana plasmática de la célula T" . J. Cell Biol . 172 (6): 932–935 . doi : 10.1083/jcb.200508014 . PMC 2063735. PMID 16533950 .  
  6. ↑ Rudraprasad, Dhanwini; Rawat, Aadish; Joseph, Joveeta (2022-01-01). "Exosomas, vesículas extracelulares y el ojo" . Experimental Eye Research . 214 108892. doi : 10.1016/j.exer.2021.108892 . ISSN 0014-4835 . PMID 34896308. S2CID 245028439 .   
  7. ↑ Pathan, M; Keerthikumar, S; Ang, CS; Gangoda, L; Quek, CY; Williamson, NA; Mouradov, D; Sieber, OM; Simpson, RJ; Salim, A; Bacic, A; Hill, A; Stroud, DA; Ryan, MT; Agbinya, JI; Mariadasson, JM; Burgess, AW; Mathivanan, S (2015). "Informe técnico funrich: Una herramienta independiente de acceso abierto para el análisis de redes de interacción y enriquecimiento funcional". Proteomics . 15 (15): 2597– 601. doi : 10.1002/pmic.201400515 . PMID 25921073 . S2CID 28583044 .  
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