Clasificación evolutiva de los dominios proteicos

La Clasificación Evolutiva de Dominios Proteicos ( ECOD , por sus siglas en inglés) es una base de datos biológica que clasifica los dominios proteicos disponibles en el Protein Data Bank . La ECOD intenta determinar las relaciones evolutivas entre las proteínas.

Al igual que Pfam , CATH y SCOP , ECOD compila dominios en lugar de proteínas completas. Sin embargo, ECOD se centra más en las relaciones evolutivas: en lugar de agrupar proteínas por plegamientos , lo que podría representar simplemente una evolución convergente , ECOD agrupa las proteínas por homología demostrable y luego por topología detallada y familias de proteínas ^{[ 1 ].}

La base de datos utiliza una jerarquía de cinco niveles para categorizar los dominios de proteínas, desde formas generales hasta familias específicas:

• (A) Arquitectura: El nivel más alto, que agrupa dominios por composiciones de estructura secundaria similares y disposiciones geométricas (por ejemplo, haces alfa o sándwiches beta).

• (X) Posible homología: Agrupa dominios que comparten similitud estructural donde se sospecha homología pero aún no se ha probado definitivamente.

• (H) Homología: El nivel central de la base de datos, que agrupa dominios con fuertes evidencias de ascendencia común basándose en puntuaciones de estructura de secuencia y similitud funcional.

• (T) Topología: Agrupa dominios con conexiones topológicas similares. Este nivel reconoce que las proteínas homólogas a veces pueden desarrollar plegamientos diferentes.

• (F) Familia: El nivel más específico, que agrupa dominios con similitud de secuencia significativa, a menudo basado en clasificaciones Pfam.

ECOD se ha aplicado a un subconjunto de la base de datos AlphaFold (secuencias de proteínas en SwissProt) ^{[ 2 ]} .